65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3827 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3827  integrase family protein  100 
 
 		 354 aa  733    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.730502  normal  0.406581 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5872  integrase family protein  32.5 
 
 		 433 aa  193  4e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0850  integrase family protein  32.14 
 
 		 429 aa  149  9e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0838  integrase  31.5 
 
 		 432 aa  101  2e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.116388 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5219  integrase family protein  26.07 
 
 		 406 aa  62.4  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.759008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2366  integrase family protein  25.71 
 
 		 415 aa  58.5  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  28.4 
 
 		 313 aa  56.2  0.0000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  25.31 
 
 		 317 aa  56.2  0.0000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0142  Phage integrase  24.59 
 
 		 343 aa  53.5  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  23.75 
 
 		 299 aa  52  0.00001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4231  integrase/recombinase  26.41 
 
 		 322 aa  52.4  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000000145909  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  22.98 
 
 		 302 aa  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11843  putative transposase  27.11 
 
 		 416 aa  50.8  0.00003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.383494  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0189  Phage integrase  24.87 
 
 		 343 aa  50.1  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  21.69 
 
 		 310 aa  49.7  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.1 
 
 		 330 aa  49.7  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6147  Integrase  23.64 
 
 		 344 aa  49.7  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.236662  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1624  phage/XerD family site-specific recombinase  23.11 
 
 		 341 aa  48.9  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.389199 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4353  integrase family protein  29.72 
 
 		 470 aa  48.9  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.130136  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0608  phage integrase family protein  22.55 
 
 		 348 aa  48.5  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.02 
 
 		 296 aa  48.1  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  24 
 
 		 296 aa  48.5  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0952  integrase family protein  24.88 
 
 		 412 aa  48.5  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.571908  normal  0.0199815 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0753  tyrosine recombinase XerD subunit  23.61 
 
 		 297 aa  47.8  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000038176  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  24.79 
 
 		 302 aa  47.4  0.0004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5470  tyrosine recombinase XerD  22.49 
 
 		 316 aa  47.4  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.602612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  22.93 
 
 		 303 aa  47.4  0.0004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0330  hypothetical protein  36.21 
 
 		 148 aa  47.4  0.0004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.13206  hitchhiker  0.000000768464 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3590  integrase family protein  24.54 
 
 		 189 aa  47.4  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  0.0592429  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2702  site-specific recombinase  22.83 
 
 		 299 aa  47  0.0005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.56 
 
 		 296 aa  47  0.0005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.56 
 
 		 296 aa  47  0.0005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1585  site-specific recombinase XerD-like  25 
 
 		 332 aa  46.6  0.0007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.264485  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.58 
 
 		 296 aa  45.4  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.58 
 
 		 296 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.58 
 
 		 296 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0820  integrase  23.84 
 
 		 400 aa  45.8  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.58 
 
 		 296 aa  45.4  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.58 
 
 		 296 aa  45.4  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.58 
 
 		 296 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.58 
 
 		 296 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1453  integrase  23.84 
 
 		 400 aa  45.8  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  24.69 
 
 		 304 aa  46.2  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3453  integrase family protein  23.9 
 
 		 189 aa  44.7  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.590005  normal  0.791222 
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  23.55 
 
 		 308 aa  44.7  0.002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3980  phage integrase family protein  36.92 
 
 		 365 aa  45.1  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.356268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011727  PCC8801_4563  integrase domain protein SAM domain protein  24.1 
 
 		 314 aa  45.1  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0539  integrase family protein  22.38 
 
 		 436 aa  44.7  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.19804 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0890  integrase family protein  22.01 
 
 		 436 aa  44.3  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.304857  normal  0.483711 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2695  tyrosine recombinase XerC  25.83 
 
 		 342 aa  44.3  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.400065  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3153  hypothetical protein  38.71 
 
 		 101 aa  44.7  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2788  tyrosine recombinase XerC  26.8 
 
 		 343 aa  44.7  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0114244  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0221  integrase domain protein SAM domain protein  22.45 
 
 		 223 aa  44.3  0.003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03935  integrase  22.61 
 
 		 406 aa  43.9  0.004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.439206  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0145  integrase family protein  27.85 
 
 		 411 aa  43.9  0.004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.468231  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0676  integrase family protein  25.12 
 
 		 390 aa  43.5  0.006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  24.05 
 
 		 309 aa  43.5  0.006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2894  integrase domain protein SAM domain protein  26.48 
 
 		 356 aa  43.5  0.006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  23.6 
 
 		 270 aa  43.1  0.007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0974  integrase family protein  19.91 
 
 		 430 aa  43.1  0.008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0711773  normal  0.0223597 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0563  phage integrase family protein  36.17 
 
 		 191 aa  42.7  0.009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  hitchhiker  0.00000738062  normal  0.655724 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  24.22 
 
 		 297 aa  42.7  0.009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2881  tyrosine recombinase XerC  26.35 
 
 		 343 aa  42.7  0.009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312354  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0945  phage integrase family protein  36.17 
 
 		 211 aa  42.7  0.01  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.237394  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.53 
 
 		 336 aa  42.7  0.01  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>