More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0952 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0952  integrase family protein  100 
 
 		 412 aa  860    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.571908  normal  0.0199815 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4202  integrase family protein  49.39 
 
 		 406 aa  403  1e-111  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5219  integrase family protein  47.9 
 
 		 406 aa  401  9.999999999999999e-111  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.759008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2366  integrase family protein  46.02 
 
 		 415 aa  389  1e-107  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4345  phage integrase family protein  40 
 
 		 435 aa  321  1.9999999999999998e-86  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11843  putative transposase  39.37 
 
 		 416 aa  306  6e-82  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.383494  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0145  integrase family protein  32.76 
 
 		 411 aa  228  1e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.468231  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0539  integrase family protein  32.49 
 
 		 436 aa  217  2.9999999999999998e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.19804 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0974  integrase family protein  30.95 
 
 		 430 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0711773  normal  0.0223597 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0890  integrase family protein  31.57 
 
 		 436 aa  211  1e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.304857  normal  0.483711 
 
 
-
 
NC_002950  PG0819  integrase  31.31 
 
 		 409 aa  198  2.0000000000000003e-49  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1454  integrase  31.31 
 
 		 409 aa  198  2.0000000000000003e-49  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1113  integrase  28.82 
 
 		 407 aa  183  4.0000000000000006e-45  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1435  integrase  32.39 
 
 		 408 aa  183  4.0000000000000006e-45  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.102507 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3248  integrase family protein  28.97 
 
 		 437 aa  157  4e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0820  integrase  28.12 
 
 		 400 aa  140  3.9999999999999997e-32  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1453  integrase  28.12 
 
 		 400 aa  140  3.9999999999999997e-32  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0838  integrase  27.36 
 
 		 432 aa  129  1.0000000000000001e-28  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.116388 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3592  phage integrase family protein  30.92 
 
 		 419 aa  101  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2633  phage integrase family protein  31.98 
 
 		 419 aa  100  4e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2069  phage integrase family protein  28.06 
 
 		 419 aa  97.1  6e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0530977  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5173  integrase family protein  25.94 
 
 		 411 aa  94  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.54702 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1729  hypothetical protein  24.94 
 
 		 404 aa  89.7  9e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000763037 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5336  integrase family protein  28.69 
 
 		 378 aa  88.2  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.850487 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0211  integrase family protein  29.34 
 
 		 384 aa  87.4  4e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000967186 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1600  phage integrase family protein  28.63 
 
 		 404 aa  86.3  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4262  integrase family protein  32.96 
 
 		 379 aa  85.1  0.000000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3281  integrase family protein  30.73 
 
 		 372 aa  83.2  0.000000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.739809 
 
 
-
 
NC_002950  PG0874  mobilizable transposon, int protein  30.49 
 
 		 367 aa  82.8  0.00000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0746163 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4000  phage integrase family protein  28.4 
 
 		 389 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5872  integrase family protein  26.08 
 
 		 433 aa  78.2  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00445  tyrosine type site-specific recombinase  24.21 
 
 		 405 aa  75.5  0.000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.459489  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1173  phage integrase family site specific recombinase  28.97 
 
 		 354 aa  74.3  0.000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2090  integrase family protein  24.6 
 
 		 392 aa  73.9  0.000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.30003  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6168  integrase family protein  25 
 
 		 411 aa  74.3  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2705  phage integrase family protein  27.86 
 
 		 386 aa  73.9  0.000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.248695  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1953  integrase family protein  22.46 
 
 		 405 aa  73.2  0.000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.247559  normal  0.500213 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3099  integrase family protein  24.07 
 
 		 441 aa  72.8  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.979662 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  29.08 
 
 		 305 aa  72  0.00000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  27.89 
 
 		 317 aa  70.1  0.00000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0063  integrase family protein  26.33 
 
 		 409 aa  70.1  0.00000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  26.03 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  25.33 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  35.26 
 
 		 325 aa  64.3  0.000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1462  Tn5520-like integrase (transfer factor)  22.66 
 
 		 402 aa  64.3  0.000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.174557  normal  0.0965208 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  26.29 
 
 		 291 aa  63.9  0.000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  26.75 
 
 		 302 aa  63.9  0.000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03935  integrase  23.6 
 
 		 406 aa  63.5  0.000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.439206  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1481  phage integrase family protein  24.82 
 
 		 311 aa  63.5  0.000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0281722  normal  0.205606 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  24.82 
 
 		 311 aa  63.2  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2359  integrase family protein  28.33 
 
 		 398 aa  63.2  0.000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.522134  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0569  integrase family protein  32.61 
 
 		 251 aa  63.2  0.000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0286562 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1432  tyrosine recombinase XerD  26.22 
 
 		 321 aa  62.4  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0895087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  28.81 
 
 		 307 aa  62.4  0.00000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0676  integrase family protein  24.05 
 
 		 390 aa  62  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0585  integrase family protein  29.41 
 
 		 251 aa  61.2  0.00000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5531  integrase family protein  27.72 
 
 		 461 aa  61.2  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000725821  normal  0.462507 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1279  phage integrase family protein  24.11 
 
 		 323 aa  61.2  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0644752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.55 
 
 		 308 aa  60.8  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3891  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.83 
 
 		 317 aa  60.5  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125291  decreased coverage  0.00274094 
 
 
-
 
NC_002978  WD1148  phage integrase family site specific recombinase  27.31 
 
 		 328 aa  60.1  0.00000007  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0281308  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.86 
 
 		 313 aa  60.1  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3598  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.24 
 
 		 317 aa  60.1  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6131  integrase family protein  25.61 
 
 		 305 aa  59.7  0.00000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7575  tyrosine recombinase XerD subunit  26.55 
 
 		 308 aa  58.9  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  24.38 
 
 		 296 aa  59.7  0.0000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  26.92 
 
 		 297 aa  59.7  0.0000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008696  Tpen_1891  phage integrase family protein  29.83 
 
 		 278 aa  59.3  0.0000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  37.89 
 
 		 304 aa  58.5  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0677  integrase family protein  24.19 
 
 		 291 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.92563 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.78 
 
 		 296 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  26.44 
 
 		 308 aa  58.9  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3762  phage integrase  28.5 
 
 		 379 aa  58.2  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.288729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  40.85 
 
 		 294 aa  58.2  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  28.07 
 
 		 311 aa  58.9  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  27.23 
 
 		 295 aa  58.2  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1619  phage integrase family protein  31.94 
 
 		 286 aa  57.8  0.0000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0626  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.15 
 
 		 315 aa  57.8  0.0000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  25.74 
 
 		 296 aa  57.4  0.0000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.25 
 
 		 298 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  26.39 
 
 		 277 aa  57  0.0000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  28.36 
 
 		 312 aa  57  0.0000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.97 
 
 		 298 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0488  tyrosine recombinase XerD  26.12 
 
 		 319 aa  56.6  0.0000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  24.07 
 
 		 300 aa  56.6  0.0000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.63 
 
 		 298 aa  56.6  0.0000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.35 
 
 		 296 aa  56.6  0.0000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  25 
 
 		 296 aa  56.6  0.0000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  25.96 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.63 
 
 		 298 aa  56.6  0.0000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  31.61 
 
 		 322 aa  56.6  0.0000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.35 
 
 		 296 aa  56.6  0.0000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.35 
 
 		 296 aa  56.6  0.0000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  25.11 
 
 		 308 aa  56.2  0.0000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.31 
 
 		 296 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.92 
 
 		 296 aa  56.2  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.92 
 
 		 296 aa  56.2  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0131  integrase family protein  23.81 
 
 		 312 aa  56.2  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.144823 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0788  phage integrase family protein  26.91 
 
 		 293 aa  55.8  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.92 
 
 		 296 aa  56.2  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>