178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_1462 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_1462  Tn5520-like integrase (transfer factor)  100 
 
 
402 aa  811    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.174557  normal  0.0965208 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1729  hypothetical protein  39.55 
 
 
404 aa  304  2.0000000000000002e-81  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000763037 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3099  integrase family protein  34.08 
 
 
441 aa  214  1.9999999999999998e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.979662 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5173  integrase family protein  33.91 
 
 
411 aa  199  5e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.54702 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03935  integrase  31.46 
 
 
406 aa  181  2e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.439206  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1953  integrase family protein  28.99 
 
 
405 aa  140  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.247559  normal  0.500213 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00445  tyrosine type site-specific recombinase  27.43 
 
 
405 aa  131  2.0000000000000002e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.459489  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6168  integrase family protein  26.11 
 
 
411 aa  121  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5531  integrase family protein  29.96 
 
 
461 aa  114  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000725821  normal  0.462507 
 
 
-
 
NC_002950  PG0819  integrase  23.86 
 
 
409 aa  88.6  2e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1454  integrase  23.86 
 
 
409 aa  88.6  2e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1768  hypothetical protein  24.85 
 
 
433 aa  80.5  0.00000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00932927 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5219  integrase family protein  25 
 
 
406 aa  77  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.759008  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11843  putative transposase  25.48 
 
 
416 aa  76.6  0.0000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.383494  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4345  phage integrase family protein  26.98 
 
 
435 aa  75.9  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0145  integrase family protein  25.49 
 
 
411 aa  69.7  0.0000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.468231  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2366  integrase family protein  22.99 
 
 
415 aa  68.6  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2069  phage integrase family protein  26.92 
 
 
419 aa  65.1  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0530977  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4202  integrase family protein  26.36 
 
 
406 aa  64.7  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  27.39 
 
 
283 aa  64.3  0.000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0952  integrase family protein  22.66 
 
 
412 aa  64.3  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.571908  normal  0.0199815 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4262  integrase family protein  25.08 
 
 
379 aa  60.1  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1435  integrase  24.53 
 
 
408 aa  58.5  0.0000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.102507 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  26.5 
 
 
282 aa  58.5  0.0000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0974  integrase family protein  21.38 
 
 
430 aa  58.2  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0711773  normal  0.0223597 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0421  integrase family protein  23.28 
 
 
329 aa  57.8  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1113  integrase  23.99 
 
 
407 aa  56.6  0.0000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0068  phage integrase  26.17 
 
 
302 aa  56.6  0.0000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  24.29 
 
 
304 aa  56.6  0.0000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  23.87 
 
 
311 aa  56.2  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2378  tyrosine recombinase XerD  24.48 
 
 
296 aa  56.2  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2872  phage integrase family protein  30.41 
 
 
279 aa  56.2  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000984905  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0370  integrase family protein  21.81 
 
 
332 aa  55.8  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  25.23 
 
 
277 aa  55.1  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0890  integrase family protein  24.07 
 
 
436 aa  54.3  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.304857  normal  0.483711 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0466  Fis family transcriptional regulator  26.45 
 
 
362 aa  53.5  0.000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0039  tyrosine recombinase XerD  25.12 
 
 
312 aa  53.5  0.000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  23.98 
 
 
308 aa  53.5  0.000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3629  integrase family protein  27.08 
 
 
290 aa  53.1  0.000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3661  integrase family protein  27.08 
 
 
290 aa  53.1  0.000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.311976  decreased coverage  0.00000149049 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  26.51 
 
 
311 aa  52.4  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  25.38 
 
 
311 aa  52.8  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3291  integrase family protein  21.78 
 
 
450 aa  52.8  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.671392  normal  0.608056 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  25.3 
 
 
335 aa  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1481  phage integrase family protein  25.9 
 
 
311 aa  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0281722  normal  0.205606 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0634  phage integrase family protein  27.16 
 
 
321 aa  52  0.00002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.650036  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  27.52 
 
 
305 aa  51.6  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.08 
 
 
298 aa  51.2  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0325  tyrosine recombinase XerC  23.05 
 
 
297 aa  51.2  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1137  phage integrase  23.97 
 
 
296 aa  50.8  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  24.25 
 
 
284 aa  50.8  0.00004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  27.27 
 
 
295 aa  50.8  0.00004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  27.27 
 
 
295 aa  50.8  0.00004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1148  phage integrase family site specific recombinase  29.3 
 
 
328 aa  50.4  0.00005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0281308  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0858  phage integrase  26.06 
 
 
289 aa  50.8  0.00005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  25.42 
 
 
301 aa  50.4  0.00006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  30.28 
 
 
294 aa  50.1  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.2 
 
 
296 aa  50.1  0.00007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.61 
 
 
296 aa  49.7  0.00008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.61 
 
 
296 aa  49.7  0.00008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1600  phage integrase family protein  24 
 
 
404 aa  49.7  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  26.17 
 
 
325 aa  49.3  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  30.14 
 
 
305 aa  49.3  0.0001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  23.24 
 
 
328 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  23.24 
 
 
328 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  24 
 
 
310 aa  49.3  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  24.42 
 
 
317 aa  48.9  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.2 
 
 
296 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.2 
 
 
296 aa  48.5  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.2 
 
 
296 aa  48.5  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.2 
 
 
296 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.2 
 
 
296 aa  48.5  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0341  phage integrase family site specific recombinase  29.86 
 
 
311 aa  48.9  0.0002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.2 
 
 
296 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  23.14 
 
 
315 aa  48.5  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1249  integrase family protein  21.76 
 
 
388 aa  48.9  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.447999  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  22.92 
 
 
362 aa  48.5  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2260  integrase family protein  24.84 
 
 
395 aa  48.5  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.46728  normal  0.0539974 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.2 
 
 
296 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  26.12 
 
 
295 aa  48.1  0.0003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3470  phage integrase family protein  25 
 
 
302 aa  47.8  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.229271  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.32 
 
 
313 aa  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5043  integrase family protein  23.08 
 
 
160 aa  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5165  integrase family protein  24.14 
 
 
291 aa  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  22.86 
 
 
307 aa  47.4  0.0004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  23.08 
 
 
332 aa  47.4  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0243  integrase family protein  23.57 
 
 
408 aa  47.4  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  26.67 
 
 
290 aa  47  0.0006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.32 
 
 
317 aa  47  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5431  tyrosine recombinase XerD  24.36 
 
 
299 aa  46.6  0.0007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.060431  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3592  phage integrase family protein  25.39 
 
 
419 aa  46.6  0.0007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  28.17 
 
 
302 aa  47  0.0007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11716  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.59 
 
 
311 aa  46.6  0.0008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.162629 
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  23.91 
 
 
308 aa  46.6  0.0009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  23.73 
 
 
313 aa  46.6  0.0009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  23.48 
 
 
307 aa  46.2  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1239  hypothetical protein  21.59 
 
 
299 aa  45.8  0.001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.968724 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1743  Phage integrase  26.95 
 
 
270 aa  45.8  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.33 
 
 
299 aa  45.8  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  21.48 
 
 
321 aa  46.2  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>