More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5219 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_5219  integrase family protein  100 
 
 		 406 aa  843    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.759008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4202  integrase family protein  56.93 
 
 		 406 aa  504  9.999999999999999e-143  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2366  integrase family protein  57.64 
 
 		 415 aa  501  1e-140  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0952  integrase family protein  47.9 
 
 		 412 aa  401  9.999999999999999e-111  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.571908  normal  0.0199815 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4345  phage integrase family protein  44.83 
 
 		 435 aa  362  5.0000000000000005e-99  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11843  putative transposase  38.73 
 
 		 416 aa  303  4.0000000000000003e-81  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.383494  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0145  integrase family protein  34.89 
 
 		 411 aa  256  4e-67  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.468231  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0819  integrase  31.65 
 
 		 409 aa  216  5.9999999999999996e-55  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1454  integrase  31.65 
 
 		 409 aa  216  5.9999999999999996e-55  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0539  integrase family protein  31.45 
 
 		 436 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.19804 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0974  integrase family protein  32.25 
 
 		 430 aa  210  3e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0711773  normal  0.0223597 
 
 
-
 
NC_002950  PG1435  integrase  34.28 
 
 		 408 aa  209  6e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.102507 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0890  integrase family protein  30.96 
 
 		 436 aa  209  8e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.304857  normal  0.483711 
 
 
-
 
NC_002950  PG1113  integrase  31.25 
 
 		 407 aa  204  3e-51  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3248  integrase family protein  29.06 
 
 		 437 aa  170  4e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0820  integrase  25.71 
 
 		 400 aa  124  2e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1453  integrase  25.71 
 
 		 400 aa  124  2e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5336  integrase family protein  33.21 
 
 		 378 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.850487 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2069  phage integrase family protein  29.72 
 
 		 419 aa  106  7e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0530977  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3281  integrase family protein  30.2 
 
 		 372 aa  104  4e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.739809 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6168  integrase family protein  24.75 
 
 		 411 aa  100  4e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0838  integrase  25.71 
 
 		 432 aa  97.8  3e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.116388 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3592  phage integrase family protein  33.33 
 
 		 419 aa  97.4  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1173  phage integrase family site specific recombinase  30.4 
 
 		 354 aa  96.7  6e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2705  phage integrase family protein  32.1 
 
 		 386 aa  95.5  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.248695  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2633  phage integrase family protein  33.21 
 
 		 419 aa  95.9  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0211  integrase family protein  29.34 
 
 		 384 aa  96.3  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000967186 
 
 
-
 
NC_002950  PG0874  mobilizable transposon, int protein  29.48 
 
 		 367 aa  94  5e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0746163 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4262  integrase family protein  27.87 
 
 		 379 aa  93.6  5e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5173  integrase family protein  22.33 
 
 		 411 aa  92.4  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.54702 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2090  integrase family protein  25.9 
 
 		 392 aa  90.1  7e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.30003  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1729  hypothetical protein  22.81 
 
 		 404 aa  89.4  1e-16  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000763037 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1600  phage integrase family protein  30 
 
 		 404 aa  89  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00445  tyrosine type site-specific recombinase  24.5 
 
 		 405 aa  88.2  2e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.459489  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5872  integrase family protein  27.24 
 
 		 433 aa  81.6  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0063  integrase family protein  27.17 
 
 		 409 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4000  phage integrase family protein  27.76 
 
 		 389 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1462  Tn5520-like integrase (transfer factor)  25 
 
 		 402 aa  77  0.0000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.174557  normal  0.0965208 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3099  integrase family protein  23.98 
 
 		 441 aa  74.7  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.979662 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3762  phage integrase  29.65 
 
 		 379 aa  75.5  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.288729  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03935  integrase  25.12 
 
 		 406 aa  72  0.00000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.439206  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1953  integrase family protein  21.43 
 
 		 405 aa  70.1  0.00000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.247559  normal  0.500213 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  25.51 
 
 		 295 aa  67.8  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  24.82 
 
 		 302 aa  64.7  0.000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  23.96 
 
 		 307 aa  64.3  0.000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0676  integrase family protein  23.4 
 
 		 390 aa  63.5  0.000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3827  integrase family protein  26.07 
 
 		 354 aa  62.4  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.730502  normal  0.406581 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2359  integrase family protein  27.76 
 
 		 398 aa  62  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.522134  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  23.05 
 
 		 295 aa  61.2  0.00000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0401  integrase family protein  23.3 
 
 		 310 aa  61.6  0.00000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  29.41 
 
 		 284 aa  59.3  0.0000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5531  integrase family protein  23.94 
 
 		 461 aa  58.5  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000725821  normal  0.462507 
 
 
-
 
NC_002978  WD1148  phage integrase family site specific recombinase  38.16 
 
 		 328 aa  58.2  0.0000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0281308  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3450  tyrosine recombinase XerD  30.13 
 
 		 322 aa  57.4  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1013  integrase domain protein SAM domain protein  23.51 
 
 		 404 aa  57.8  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.256622  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  23.21 
 
 		 294 aa  57  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  23.67 
 
 		 313 aa  57  0.0000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.86 
 
 		 298 aa  56.6  0.0000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  26.05 
 
 		 302 aa  56.6  0.0000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_008696  Tpen_1891  phage integrase family protein  26.06 
 
 		 278 aa  55.8  0.000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0602  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.7 
 
 		 324 aa  55.5  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00926796 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0616  integrase family protein  22.14 
 
 		 394 aa  55.1  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  23.61 
 
 		 309 aa  55.5  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0608  phage integrase family protein  26.11 
 
 		 348 aa  55.1  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  28.86 
 
 		 291 aa  55.5  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0850  integrase family protein  23.91 
 
 		 429 aa  55.1  0.000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0590  tyrosine recombinase XerD  40.79 
 
 		 306 aa  54.3  0.000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  25.17 
 
 		 305 aa  54.7  0.000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  22.38 
 
 		 277 aa  55.1  0.000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  23.31 
 
 		 304 aa  54.7  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  43.08 
 
 		 304 aa  54.7  0.000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  36.76 
 
 		 295 aa  54.7  0.000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2584  integrase family protein  25.34 
 
 		 608 aa  54.3  0.000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2671  integrase family protein  25.34 
 
 		 608 aa  54.3  0.000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4727  integrase family protein  25.34 
 
 		 608 aa  54.3  0.000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0762  phage integrase family protein  27.85 
 
 		 287 aa  54.3  0.000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  40.79 
 
 		 295 aa  53.9  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  46.03 
 
 		 306 aa  53.9  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  23.64 
 
 		 320 aa  53.9  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  28.21 
 
 		 404 aa  53.5  0.000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3139  phage integrase family protein  26.52 
 
 		 344 aa  53.5  0.000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.424721  normal  0.214127 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  28.85 
 
 		 325 aa  53.5  0.000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  24.03 
 
 		 295 aa  53.5  0.000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  34.86 
 
 		 302 aa  53.5  0.000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  34.48 
 
 		 302 aa  53.5  0.000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  34.86 
 
 		 302 aa  53.1  0.000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.04 
 
 		 296 aa  53.1  0.000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.04 
 
 		 296 aa  53.1  0.000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.04 
 
 		 296 aa  53.1  0.000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.04 
 
 		 296 aa  53.1  0.000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.04 
 
 		 296 aa  53.1  0.000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  26.57 
 
 		 298 aa  53.1  0.000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  35 
 
 		 308 aa  53.1  0.000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0409  Phage integrase  22.5 
 
 		 317 aa  53.1  0.000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.383536  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.04 
 
 		 296 aa  53.1  0.000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3629  integrase family protein  28.98 
 
 		 290 aa  53.1  0.000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3661  integrase family protein  28.98 
 
 		 290 aa  53.1  0.000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.311976  decreased coverage  0.00000149049 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.04 
 
 		 296 aa  53.1  0.000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  34.86 
 
 		 302 aa  53.1  0.000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.04 
 
 		 296 aa  53.1  0.000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>