More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3629 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009955  Dshi_3661  integrase family protein  100 
 
 		 290 aa  594  1e-169  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.311976  decreased coverage  0.00000149049 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3629  integrase family protein  100 
 
 		 290 aa  594  1e-169  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3700  integrase family protein  61.97 
 
 		 295 aa  372  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0858  phage integrase  56.43 
 
 		 289 aa  318  7.999999999999999e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  55.24 
 
 		 301 aa  314  9e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4806  phage integrase  52.96 
 
 		 291 aa  298  6e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8452  integrase family protein  56.74 
 
 		 286 aa  296  4e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.032039  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4502  integrase family protein  53 
 
 		 290 aa  295  6e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1196  phage integrase  52.96 
 
 		 291 aa  291  8e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0822  putative phage integrase  55.16 
 
 		 291 aa  290  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.341397 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6657  integrase family protein  54.58 
 
 		 291 aa  288  6e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.358251 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1077  integrase family protein  54.58 
 
 		 291 aa  288  6e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3470  phage integrase family protein  50.18 
 
 		 302 aa  275  6e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.229271  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0262  integrase family protein  50.88 
 
 		 291 aa  272  4.0000000000000004e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0068  phage integrase  50.88 
 
 		 302 aa  272  5.000000000000001e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0826  putative phage integrase  53.88 
 
 		 266 aa  255  7e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6605  integrase family protein  44.57 
 
 		 292 aa  231  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7462  integrase family protein  44.57 
 
 		 292 aa  231  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.105755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7619  integrase family protein  44.57 
 
 		 292 aa  231  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.192826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6957  integrase family protein  44.57 
 
 		 292 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0373  integrase domain protein SAM domain protein  47.44 
 
 		 259 aa  204  9e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5165  integrase family protein  38.15 
 
 		 291 aa  181  2e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  34.97 
 
 		 283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4832  phage integrase  36.33 
 
 		 291 aa  165  6.9999999999999995e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3066  integrase family protein  38.06 
 
 		 390 aa  163  4.0000000000000004e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0221886  normal  0.652565 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1585  phage integrase  39 
 
 		 286 aa  162  5.0000000000000005e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.791115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2872  phage integrase family protein  38.31 
 
 		 279 aa  155  9e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000984905  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1189  integrase family protein  35.14 
 
 		 287 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00933678  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1162  integrase family protein  35.14 
 
 		 287 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1683  phage integrase family protein  34.75 
 
 		 287 aa  151  1e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2528  phage integrase family site specific recombinase  33.98 
 
 		 287 aa  150  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2036  phage integrase family site specific recombinase  33.98 
 
 		 287 aa  149  4e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2164  phage integrase family site specific recombinase  33.85 
 
 		 287 aa  149  5e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2211  phage integrase family site specific recombinase  33.85 
 
 		 287 aa  149  5e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2736  integrase family protein  33.98 
 
 		 287 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0269003  normal  0.414698 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1145  putative transcriptional regulator, TetR family  35.87 
 
 		 408 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.239655 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2013  integrase family protein  33.98 
 
 		 287 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000617639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1695  phage integrase family protein  32.76 
 
 		 296 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.363626  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2241  integrase family protein  32.42 
 
 		 296 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000667129 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0978  phage integrase family protein  32.26 
 
 		 283 aa  143  4e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3109  phage integrase family protein  35.34 
 
 		 290 aa  142  7e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1624  phage integrase family protein  34.03 
 
 		 235 aa  142  9e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2132  integron integrase  31.99 
 
 		 319 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000290373 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1137  phage integrase  31.21 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  32.36 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5342  integrase/recombinase  34.36 
 
 		 337 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  31.43 
 
 		 296 aa  133  3.9999999999999996e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1377  site-specific recombinase XerD  33.44 
 
 		 333 aa  132  7.999999999999999e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000056918  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0120  integrase/recombinase  34.05 
 
 		 337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.400978 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0067  integrase/recombinase  34.05 
 
 		 337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.325485 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0143  integrase IntI1 for transposon Tn21  34.05 
 
 		 337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2037  phage integrase family site specific recombinase  31.61 
 
 		 319 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1723  integrase family protein  41.21 
 
 		 210 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0273744  normal  0.126779 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1682  integron integrase  30.79 
 
 		 319 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3360  integron integrase  30.48 
 
 		 319 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0466  Fis family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 362 aa  129  5.0000000000000004e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1799  integron integrase  34.78 
 
 		 462 aa  129  5.0000000000000004e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  32.65 
 
 		 304 aa  129  8.000000000000001e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  32.97 
 
 		 270 aa  128  9.000000000000001e-29  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0257  integron integrase  33.03 
 
 		 338 aa  128  9.000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0364142  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1720  integron integrase  30.79 
 
 		 319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.945826  normal  0.140223 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003169  integron integrase IntI4  34.81 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3427  integron integrase  32.09 
 
 		 327 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3665  integrase family protein  33.55 
 
 		 313 aa  126  3e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00230  putative tyrosine recombinase  36.16 
 
 		 265 aa  126  4.0000000000000003e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  32.03 
 
 		 295 aa  125  8.000000000000001e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0410  integron integrase  31.35 
 
 		 334 aa  124  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.761535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03738  putative integrase  32.39 
 
 		 322 aa  124  3e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0542  integrase  32.48 
 
 		 330 aa  123  3e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1787  phage integrase family protein  28.08 
 
 		 283 aa  122  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0696  phage integrase  32.59 
 
 		 338 aa  122  5e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2249  putative transcriptional regulator, TetR family  31.89 
 
 		 325 aa  122  6e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2959  phage integrase family protein  27.86 
 
 		 283 aa  122  7e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.164424 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03940  site-specific recombinase  37.55 
 
 		 291 aa  122  7e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.781769  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  32.97 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02003  integrase  34.22 
 
 		 318 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  36.49 
 
 		 311 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1355  phage integrase family site specific recombinase  30 
 
 		 318 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.73063 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  33.79 
 
 		 297 aa  121  1.9999999999999998e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  32.98 
 
 		 295 aa  121  1.9999999999999998e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  32.82 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  34.6 
 
 		 294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  31.89 
 
 		 282 aa  120  3e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  33.82 
 
 		 306 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  32.27 
 
 		 319 aa  119  4.9999999999999996e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2576  integron integrase  32.81 
 
 		 453 aa  119  6e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00600674  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  33.68 
 
 		 301 aa  119  6e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  33.21 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  32.64 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2616  integron integrase  32.28 
 
 		 468 aa  118  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4307  integron integrase  28.62 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  31.83 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  35.53 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.94 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5043  integrase family protein  46.76 
 
 		 160 aa  117  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0319  tyrosine recombinase XerD  35.87 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.944891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  37.43 
 
 		 290 aa  116  3e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  30.79 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  34.75 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1215  integron integrase  32.01 
 
 		 326 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.522408  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>