More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0890 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0539  integrase family protein  94.27 
 
 		 436 aa  857    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.19804 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0890  integrase family protein  100 
 
 		 436 aa  907    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.304857  normal  0.483711 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0974  integrase family protein  60.97 
 
 		 430 aa  553  1e-156  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0711773  normal  0.0223597 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4202  integrase family protein  32.86 
 
 		 406 aa  219  8.999999999999998e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2366  integrase family protein  31.97 
 
 		 415 aa  212  1e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0952  integrase family protein  31.57 
 
 		 412 aa  211  2e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.571908  normal  0.0199815 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5219  integrase family protein  30.96 
 
 		 406 aa  209  9e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.759008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0145  integrase family protein  31.38 
 
 		 411 aa  191  2e-47  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.468231  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4345  phage integrase family protein  29.33 
 
 		 435 aa  183  5.0000000000000004e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11843  putative transposase  29.7 
 
 		 416 aa  170  4e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.383494  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1435  integrase  30.18 
 
 		 408 aa  150  3e-35  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.102507 
 
 
-
 
NC_002950  PG1113  integrase  26.35 
 
 		 407 aa  140  6e-32  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0819  integrase  26.43 
 
 		 409 aa  124  3e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1454  integrase  26.43 
 
 		 409 aa  124  3e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3248  integrase family protein  25.39 
 
 		 437 aa  119  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0820  integrase  23.45 
 
 		 400 aa  111  3e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1453  integrase  23.45 
 
 		 400 aa  111  3e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0838  integrase  23.98 
 
 		 432 aa  87.4  5e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.116388 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00445  tyrosine type site-specific recombinase  22.43 
 
 		 405 aa  70.1  0.00000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.459489  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2069  phage integrase family protein  29.28 
 
 		 419 aa  69.7  0.00000000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0530977  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1600  phage integrase family protein  22.9 
 
 		 404 aa  65.9  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0602  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.75 
 
 		 324 aa  60.8  0.00000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00926796 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0616  integrase family protein  24.42 
 
 		 394 aa  60.5  0.00000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2501  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.72 
 
 		 312 aa  59.3  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.504706  normal  0.936606 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  25.58 
 
 		 302 aa  58.5  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1173  phage integrase family site specific recombinase  27.51 
 
 		 354 aa  58.2  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  25.9 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2584  integrase family protein  25.66 
 
 		 608 aa  57  0.0000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4727  integrase family protein  25.66 
 
 		 608 aa  57  0.0000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  25.57 
 
 		 300 aa  57  0.0000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2671  integrase family protein  25.66 
 
 		 608 aa  57  0.0000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0676  integrase family protein  27.49 
 
 		 390 aa  56.2  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  25.95 
 
 		 309 aa  55.8  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  25.95 
 
 		 309 aa  55.8  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4262  integrase family protein  22.92 
 
 		 379 aa  56.2  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  24.84 
 
 		 300 aa  55.5  0.000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0211  integrase family protein  23.13 
 
 		 384 aa  55.1  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000967186 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5872  integrase family protein  24 
 
 		 433 aa  54.7  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  25.95 
 
 		 300 aa  54.7  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  24.26 
 
 		 308 aa  54.3  0.000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.52 
 
 		 330 aa  54.3  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1462  Tn5520-like integrase (transfer factor)  24.07 
 
 		 402 aa  54.3  0.000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.174557  normal  0.0965208 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  25.95 
 
 		 309 aa  54.3  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  24.01 
 
 		 321 aa  53.9  0.000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  23.03 
 
 		 354 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  23.03 
 
 		 354 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.82 
 
 		 313 aa  53.9  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  27.91 
 
 		 332 aa  54.3  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.62 
 
 		 298 aa  54.3  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3331  tyrosine recombinase XerD  25.25 
 
 		 300 aa  54.3  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.62 
 
 		 298 aa  53.5  0.000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  27.62 
 
 		 298 aa  53.5  0.000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.62 
 
 		 298 aa  53.5  0.000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  27.62 
 
 		 298 aa  53.5  0.000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.62 
 
 		 298 aa  53.5  0.000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.62 
 
 		 298 aa  53.5  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.62 
 
 		 298 aa  53.5  0.000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.65 
 
 		 299 aa  53.9  0.000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.62 
 
 		 298 aa  53.5  0.000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.62 
 
 		 298 aa  53.5  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.62 
 
 		 298 aa  53.5  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  25.71 
 
 		 404 aa  53.5  0.000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  26.49 
 
 		 303 aa  53.5  0.000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.62 
 
 		 298 aa  53.5  0.000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.62 
 
 		 298 aa  53.5  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.62 
 
 		 298 aa  53.5  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3592  phage integrase family protein  24.51 
 
 		 419 aa  53.5  0.000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7620  integrase family protein  28.48 
 
 		 343 aa  53.5  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.998258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  25.24 
 
 		 300 aa  53.5  0.000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  29.75 
 
 		 328 aa  53.1  0.000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  23.62 
 
 		 325 aa  53.1  0.000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  25.25 
 
 		 295 aa  53.1  0.000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4114  site-specific tyrosine recombinase XerC  21.33 
 
 		 322 aa  53.1  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5336  integrase family protein  23.65 
 
 		 378 aa  53.1  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.850487 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  29.75 
 
 		 328 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.45 
 
 		 308 aa  52.8  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  23.26 
 
 		 295 aa  52  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.15 
 
 		 296 aa  52.4  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.15 
 
 		 296 aa  52.4  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.15 
 
 		 296 aa  52  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.15 
 
 		 296 aa  52.4  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1934  phage integrase family protein  28.3 
 
 		 297 aa  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0893  tyrosine recombinase XerD  25.73 
 
 		 304 aa  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0105661 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.15 
 
 		 296 aa  52.4  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2359  integrase family protein  23.14 
 
 		 398 aa  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.522134  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.06 
 
 		 299 aa  52  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.83 
 
 		 294 aa  52.4  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008696  Tpen_1891  phage integrase family protein  23.67 
 
 		 278 aa  52  0.00002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0677  integrase family protein  29.75 
 
 		 291 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.92563 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2782  phage integrase family protein  26.67 
 
 		 356 aa  51.6  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.507501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3139  phage integrase family protein  26.75 
 
 		 344 aa  51.6  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.424721  normal  0.214127 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.11 
 
 		 299 aa  51.6  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.11 
 
 		 299 aa  51.6  0.00003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.33 
 
 		 299 aa  51.6  0.00003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6955  integrase family protein  27.85 
 
 		 343 aa  51.2  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3658  putative bacteriophage integrase  31.86 
 
 		 444 aa  51.2  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.11 
 
 		 299 aa  51.6  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.11 
 
 		 298 aa  51.2  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4000  phage integrase family protein  21.92 
 
 		 389 aa  50.8  0.00004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.14 
 
 		 296 aa  50.8  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>