More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_4000 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_4000  phage integrase family protein  100 
 
 		 389 aa  808    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1600  phage integrase family protein  68.3 
 
 		 404 aa  561  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4262  integrase family protein  61.82 
 
 		 379 aa  482  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0211  integrase family protein  45.26 
 
 		 384 aa  319  3.9999999999999996e-86  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000967186 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5336  integrase family protein  35.94 
 
 		 378 aa  213  5.999999999999999e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.850487 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3281  integrase family protein  35.54 
 
 		 372 aa  212  1e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.739809 
 
 
-
 
NC_002950  PG0874  mobilizable transposon, int protein  35.2 
 
 		 367 aa  204  2e-51  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0746163 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2705  phage integrase family protein  32.98 
 
 		 386 aa  194  2e-48  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.248695  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3592  phage integrase family protein  36.62 
 
 		 419 aa  171  2e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2633  phage integrase family protein  35.76 
 
 		 419 aa  171  3e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2069  phage integrase family protein  32.97 
 
 		 419 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0530977  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1173  phage integrase family site specific recombinase  27.3 
 
 		 354 aa  123  5e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0616  integrase family protein  27.67 
 
 		 394 aa  105  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0676  integrase family protein  27.56 
 
 		 390 aa  96.7  7e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11843  putative transposase  25.85 
 
 		 416 aa  95.9  1e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.383494  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1113  integrase  26.32 
 
 		 407 aa  79  0.0000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0952  integrase family protein  28.4 
 
 		 412 aa  78.2  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.571908  normal  0.0199815 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0145  integrase family protein  24.21 
 
 		 411 aa  78.2  0.0000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.468231  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5219  integrase family protein  27.76 
 
 		 406 aa  77.4  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.759008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4202  integrase family protein  25.95 
 
 		 406 aa  77  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2366  integrase family protein  27.04 
 
 		 415 aa  76.3  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  31 
 
 		 310 aa  75.9  0.000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00445  tyrosine type site-specific recombinase  23.76 
 
 		 405 aa  75.9  0.000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.459489  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6168  integrase family protein  28.12 
 
 		 411 aa  75.1  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  30.49 
 
 		 301 aa  72  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  25.29 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  30.04 
 
 		 332 aa  69.7  0.00000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  33.52 
 
 		 295 aa  68.9  0.0000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.86 
 
 		 296 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0419  integrase family protein  27.56 
 
 		 414 aa  68.2  0.0000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00000230336  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.86 
 
 		 296 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  23.53 
 
 		 290 aa  68.6  0.0000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  27.99 
 
 		 307 aa  67.8  0.0000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0974  integrase family protein  26.25 
 
 		 430 aa  67.8  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0711773  normal  0.0223597 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  27.48 
 
 		 308 aa  68.2  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  26.79 
 
 		 307 aa  67.8  0.0000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0893  tyrosine recombinase XerD  25.7 
 
 		 304 aa  67  0.0000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0105661 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0600  phage integrase family protein  27.89 
 
 		 329 aa  67  0.0000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  27.99 
 
 		 307 aa  67  0.0000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0820  integrase  24.11 
 
 		 400 aa  66.6  0.0000000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1453  integrase  24.11 
 
 		 400 aa  66.6  0.0000000007  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6303  integrase family protein  25 
 
 		 416 aa  66.6  0.0000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.66477  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.48 
 
 		 296 aa  66.2  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.1 
 
 		 296 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.1 
 
 		 296 aa  65.5  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.1 
 
 		 296 aa  65.5  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.48 
 
 		 296 aa  66.2  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.1 
 
 		 296 aa  65.5  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.48 
 
 		 296 aa  66.2  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.1 
 
 		 296 aa  65.9  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1823  integrase family protein  28.15 
 
 		 253 aa  65.9  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.987007  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2959  phage integrase family protein  31.01 
 
 		 283 aa  65.5  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.164424 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  27.65 
 
 		 292 aa  64.7  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  25.69 
 
 		 282 aa  65.1  0.000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1787  phage integrase family protein  31.01 
 
 		 283 aa  65.1  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  29.55 
 
 		 309 aa  64.7  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.38 
 
 		 298 aa  64.3  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.27 
 
 		 298 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0279  phage integrase family protein  27.19 
 
 		 282 aa  64.7  0.000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.033075  hitchhiker  0.000013626 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.37 
 
 		 296 aa  63.9  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1917  integrase  30.3 
 
 		 375 aa  63.5  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.39 
 
 		 299 aa  63.5  0.000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  28.71 
 
 		 294 aa  63.5  0.000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  27.51 
 
 		 302 aa  63.5  0.000000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  25.88 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.71 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  24.15 
 
 		 297 aa  63.2  0.000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2205  DNA integration/recombination/invertion protein  24.4 
 
 		 369 aa  62.8  0.000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00883749  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5364  integrase  29.65 
 
 		 332 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.301624  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 298 aa  62  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0358  integrase family protein  24.37 
 
 		 287 aa  61.6  0.00000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0880  phage integrase family protein  23.75 
 
 		 291 aa  62  0.00000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0027577 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0762  phage integrase family protein  26.51 
 
 		 287 aa  61.6  0.00000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1187  integrase family protein  27.17 
 
 		 370 aa  62  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.474728  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  24.19 
 
 		 304 aa  61.6  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  27.23 
 
 		 306 aa  61.2  0.00000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  27.15 
 
 		 303 aa  60.8  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3738  prophage LambdaBa03, site-specific recombinase, phage integrase family  27.5 
 
 		 304 aa  61.2  0.00000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000543556  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2589  DNA integration/recombination/invertion protein  24.1 
 
 		 369 aa  61.2  0.00000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.62 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1780  phage integrase family protein  30.3 
 
 		 256 aa  61.2  0.00000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000232909  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0067  phage integrase family protein  25.59 
 
 		 328 aa  61.2  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.183253 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  27.98 
 
 		 304 aa  61.2  0.00000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  25.89 
 
 		 308 aa  61.2  0.00000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3204  integron integrase  44.16 
 
 		 322 aa  61.2  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0959  Phage integrase  27.2 
 
 		 392 aa  60.8  0.00000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  22.48 
 
 		 359 aa  60.8  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  27.83 
 
 		 290 aa  60.8  0.00000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.39 
 
 		 298 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1953  integrase family protein  28.95 
 
 		 405 aa  60.8  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.247559  normal  0.500213 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  28.5 
 
 		 407 aa  60.5  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2978  integrase family protein  26.48 
 
 		 377 aa  60.5  0.00000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.230554  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0653  integrase family protein  27.71 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.319783  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  28.57 
 
 		 317 aa  59.7  0.00000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_002620  TC0626  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.73 
 
 		 315 aa  59.3  0.0000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  27.72 
 
 		 292 aa  59.3  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0173  tyrosine recombinase XerD  25.51 
 
 		 309 aa  59.3  0.0000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.861385  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2850  tyrosine recombinase XerD  25.66 
 
 		 302 aa  58.9  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  24.36 
 
 		 304 aa  58.9  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  26.12 
 
 		 302 aa  59.3  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>