More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E1917 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E1917  integrase  100 
 
 		 375 aa  778    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3066  integrase  44.79 
 
 		 337 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0315896  hitchhiker  0.000000103666 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3848  integrase family protein  48.16 
 
 		 327 aa  305  8.000000000000001e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.250043  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2810  integrase  46.01 
 
 		 336 aa  301  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4348  site-specific recombinase, phage integrase family  47.24 
 
 		 326 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.175546  hitchhiker  0.00000000567763 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2932  integrase family protein  45.65 
 
 		 318 aa  289  7e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4307  phage integrase family site specific recombinase  47.55 
 
 		 326 aa  288  1e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0756066  hitchhiker  0.00146275 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0981  phage integrase family site specific recombinase  44.51 
 
 		 331 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.896677  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0909  phage integrase family site specific recombinase  40.98 
 
 		 343 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.046478  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00832  hypothetical protein  41.28 
 
 		 338 aa  253  3e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0428035  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2795  integrase family protein  40.6 
 
 		 350 aa  253  3e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0861235  normal  0.105042 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2882  phage integrase  40.77 
 
 		 341 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.948794  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3066  phage integrase  40.77 
 
 		 341 aa  244  1.9999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2951  phage integrase  39.58 
 
 		 336 aa  243  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.339524  hitchhiker  3.4545800000000002e-18 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1340  phage integrase family protein  37.91 
 
 		 339 aa  242  7e-63  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.755571  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3514  phage integrase family protein  37.58 
 
 		 336 aa  241  1e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.123025  normal  0.0375273 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00815  integrase for prophage  41.16 
 
 		 314 aa  237  2e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0720843  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2649  integrase family protein  41.74 
 
 		 333 aa  237  3e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.413706  hitchhiker  0.000000656425 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2622  integrase family protein  39.64 
 
 		 335 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.647869  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3507  phage integrase family protein  37.66 
 
 		 345 aa  232  8.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000014558 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0269  integrase family protein  39.27 
 
 		 405 aa  230  3e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2307  integrase family protein  38.14 
 
 		 335 aa  229  8e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.109793  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3152  integrase family protein  39.36 
 
 		 352 aa  228  1e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0716  integrase  37.86 
 
 		 394 aa  227  3e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1079  integrase  36.47 
 
 		 343 aa  224  1e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0900  phage integrase family site specific recombinase  39.56 
 
 		 334 aa  220  3.9999999999999997e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.198351  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1008  phage integrase  38.53 
 
 		 347 aa  215  8e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48880  putative bacteriophage integrase  39.25 
 
 		 338 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000942528  hitchhiker  0.000000101575 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2110  phage integrase family protein  39.26 
 
 		 335 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.717737  hitchhiker  0.00928356 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0882  integrase family protein  38.72 
 
 		 313 aa  209  8e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05002  integrase  34.4 
 
 		 345 aa  207  2e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5040  prophage CP-933T integrase  36.71 
 
 		 371 aa  207  2e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.530892  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53570  putative integrase  41.8 
 
 		 258 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000326616  decreased coverage  0.0000890956 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5364  integrase  34.85 
 
 		 332 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.301624  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0092  Fels-2 prophage protein  42.05 
 
 		 191 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000678287  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1313  putative integrase  37.57 
 
 		 172 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0718359  normal  0.288713 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1314  phage integrase  47.86 
 
 		 121 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0188949  normal  0.27853 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63440  bacteriophage integrase  47.46 
 
 		 126 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  31.02 
 
 		 367 aa  96.7  5e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3056  integrase family protein  60.87 
 
 		 164 aa  92  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0372474 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3398  integrase  27.13 
 
 		 293 aa  88.6  2e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.292469  normal  0.438437 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0116  Phage integrase, N-terminal SAM- like  30 
 
 		 309 aa  87.8  3e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  29.31 
 
 		 407 aa  87  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  27.95 
 
 		 304 aa  86.3  8e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  31.08 
 
 		 402 aa  85.5  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1698  integrase family protein  26.64 
 
 		 314 aa  85.1  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.23599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0098  integrase family protein  26.69 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  26.42 
 
 		 353 aa  84.3  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  27.8 
 
 		 397 aa  83.6  0.000000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0758  phage integrase family protein  29.27 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.000222973  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  25.9 
 
 		 421 aa  82.8  0.000000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3928  integrase family protein  25.99 
 
 		 290 aa  82  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3561  Phage integrase  26.69 
 
 		 275 aa  82  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  29.38 
 
 		 337 aa  80.9  0.00000000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  27.42 
 
 		 304 aa  80.9  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  25.62 
 
 		 354 aa  80.9  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  25.62 
 
 		 354 aa  80.9  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0142  integrase family protein  27.4 
 
 		 292 aa  80.1  0.00000000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  27.06 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0825  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.45 
 
 		 277 aa  80.1  0.00000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0104756  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  26.96 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  29.46 
 
 		 251 aa  79  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  25.87 
 
 		 308 aa  78.6  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0636  phage integrase family site specific recombinase  29.6 
 
 		 308 aa  78.2  0.0000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0631  phage integrase family site specific recombinase  29.6 
 
 		 308 aa  78.2  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.45439  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  26.34 
 
 		 282 aa  78.6  0.0000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2705  integrase family protein  26.67 
 
 		 304 aa  77.8  0.0000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.800791  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  26.75 
 
 		 306 aa  77  0.0000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7575  tyrosine recombinase XerD subunit  28 
 
 		 308 aa  77  0.0000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  27.56 
 
 		 290 aa  76.6  0.0000000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1201  phage integrase  28.44 
 
 		 301 aa  76.6  0.0000000000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0529826  normal  0.150621 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1689  integrase family protein  27.73 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0836065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1118  tyrosine recombinase XerD  25.35 
 
 		 304 aa  75.9  0.000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  26.16 
 
 		 313 aa  75.9  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0173  tyrosine recombinase XerD  29.03 
 
 		 309 aa  75.5  0.000000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.861385  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.09 
 
 		 294 aa  75.9  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  26.83 
 
 		 429 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0722  phage integrase family protein  25.19 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0599364 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  25.96 
 
 		 302 aa  75.1  0.000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0787  formylmethanofuran dehydrogenase subunit E-like protein  27.07 
 
 		 320 aa  75.1  0.000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.00453269  unclonable  0.000000000000100471 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0488  tyrosine recombinase XerD  28.35 
 
 		 319 aa  74.3  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1547  phage integrase family protein  29.57 
 
 		 336 aa  74.3  0.000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.268843 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  25.76 
 
 		 295 aa  74.3  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.09 
 
 		 296 aa  74.3  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4219  phage integrase family protein  27 
 
 		 463 aa  73.9  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0727  tyrosine recombinase XerD  28.34 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  27.27 
 
 		 295 aa  73.2  0.000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3520  integrase family protein  29.26 
 
 		 365 aa  73.6  0.000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  26.61 
 
 		 311 aa  73.2  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.89 
 
 		 308 aa  73.2  0.000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  25.43 
 
 		 290 aa  73.2  0.000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  30.04 
 
 		 309 aa  73.2  0.000000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1953  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.27 
 
 		 307 aa  72.8  0.000000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0358  integrase family protein  26.18 
 
 		 287 aa  72.8  0.000000000009  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2031  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.27 
 
 		 307 aa  72.8  0.00000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0431  phage integrase  29.46 
 
 		 291 aa  72.4  0.00000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.173073 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4502  integrase family protein  26.99 
 
 		 290 aa  72.8  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1617  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.06 
 
 		 330 aa  72  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000155402  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  25 
 
 		 317 aa  71.6  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  26.64 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>