More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_4307 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A4348  site-specific recombinase, phage integrase family  95.71 
 
 		 326 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.175546  hitchhiker  0.00000000567763 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4307  phage integrase family site specific recombinase  100 
 
 		 326 aa  680    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0756066  hitchhiker  0.00146275 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3848  integrase family protein  59.33 
 
 		 327 aa  426  1e-118  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.250043  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0981  phage integrase family site specific recombinase  55.38 
 
 		 331 aa  380  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.896677  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2810  integrase  52.45 
 
 		 336 aa  366  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3066  integrase  51.84 
 
 		 337 aa  344  1e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0315896  hitchhiker  0.000000103666 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1917  integrase  47.55 
 
 		 375 aa  299  4e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2932  integrase family protein  43.75 
 
 		 318 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1340  phage integrase family protein  38.74 
 
 		 339 aa  259  5.0000000000000005e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.755571  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0909  phage integrase family site specific recombinase  38.44 
 
 		 343 aa  256  5e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.046478  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00832  hypothetical protein  38.44 
 
 		 338 aa  255  6e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0428035  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2795  integrase family protein  38.44 
 
 		 350 aa  255  7e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0861235  normal  0.105042 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3152  integrase family protein  39.82 
 
 		 352 aa  252  7e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2882  phage integrase  40 
 
 		 341 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.948794  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1079  integrase  37.03 
 
 		 343 aa  251  2e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3066  phage integrase  39.7 
 
 		 341 aa  248  9e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5040  prophage CP-933T integrase  38.62 
 
 		 371 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.530892  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2951  phage integrase  37.43 
 
 		 336 aa  241  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.339524  hitchhiker  3.4545800000000002e-18 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1008  phage integrase  37.87 
 
 		 347 aa  239  2.9999999999999997e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2622  integrase family protein  39.46 
 
 		 335 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.647869  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3507  phage integrase family protein  38.94 
 
 		 345 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000014558 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3514  phage integrase family protein  38.14 
 
 		 336 aa  236  3e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.123025  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0716  integrase  38.08 
 
 		 394 aa  233  3e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2649  integrase family protein  40.06 
 
 		 333 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.413706  hitchhiker  0.000000656425 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00815  integrase for prophage  38.51 
 
 		 314 aa  232  6e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0720843  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05002  integrase  37.1 
 
 		 345 aa  232  8.000000000000001e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0900  phage integrase family site specific recombinase  38.55 
 
 		 334 aa  229  5e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.198351  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0269  integrase family protein  37.58 
 
 		 405 aa  227  2e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2307  integrase family protein  39.04 
 
 		 335 aa  224  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.109793  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48880  putative bacteriophage integrase  38.53 
 
 		 338 aa  222  6e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000942528  hitchhiker  0.000000101575 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2110  phage integrase family protein  37.92 
 
 		 335 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.717737  hitchhiker  0.00928356 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0882  integrase family protein  38.38 
 
 		 313 aa  202  5e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5364  integrase  35.67 
 
 		 332 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.301624  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53570  putative integrase  37.4 
 
 		 258 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000326616  decreased coverage  0.0000890956 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0092  Fels-2 prophage protein  42.69 
 
 		 191 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000678287  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1314  phage integrase  48.18 
 
 		 121 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0188949  normal  0.27853 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63440  bacteriophage integrase  46.43 
 
 		 126 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3056  integrase family protein  53.57 
 
 		 164 aa  100  5e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0372474 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  24.77 
 
 		 337 aa  95.1  1e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0669  phage integrase family protein  31.21 
 
 		 343 aa  92  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  29.88 
 
 		 367 aa  91.3  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1313  putative integrase  32.76 
 
 		 172 aa  89.4  7e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0718359  normal  0.288713 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1349  integrase family protein  34.71 
 
 		 291 aa  87  4e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  28.51 
 
 		 354 aa  86.7  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  28.51 
 
 		 354 aa  86.7  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  24.57 
 
 		 429 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0631  phage integrase family site specific recombinase  28.62 
 
 		 308 aa  82.4  0.00000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.45439  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0636  phage integrase family site specific recombinase  28.62 
 
 		 308 aa  80.9  0.00000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  27.8 
 
 		 407 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2647  phage integrase family protein  28.62 
 
 		 315 aa  79.7  0.00000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  24.31 
 
 		 421 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3561  Phage integrase  27.97 
 
 		 275 aa  76.6  0.0000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  27.03 
 
 		 353 aa  75.5  0.000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  26.75 
 
 		 295 aa  74.3  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0386  phage integrase family site specific recombinase  24.12 
 
 		 400 aa  72.8  0.000000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  26.85 
 
 		 251 aa  72  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  25.28 
 
 		 295 aa  71.2  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1439  integrase family protein  27.66 
 
 		 317 aa  71.6  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.110569  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  26.98 
 
 		 308 aa  70.9  0.00000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2544  tyrosine recombinase XerC  29.68 
 
 		 318 aa  68.2  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.774585  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0358  integrase family protein  26.99 
 
 		 287 aa  68.2  0.0000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  27.88 
 
 		 301 aa  68.2  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  31.86 
 
 		 402 aa  68.2  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  27.67 
 
 		 291 aa  67.4  0.0000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  24.9 
 
 		 310 aa  67.8  0.0000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  27.63 
 
 		 295 aa  66.6  0.0000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.72 
 
 		 330 aa  67  0.0000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  25.24 
 
 		 337 aa  67  0.0000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1465  integrase family protein  24.46 
 
 		 334 aa  66.2  0.0000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.890522 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5304  site-specific recombinase, phage integrase family  27.68 
 
 		 322 aa  66.2  0.0000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  26.89 
 
 		 328 aa  66.2  0.0000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2421  integrase family protein  24.29 
 
 		 323 aa  66.2  0.0000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0129159 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1189  integrase family protein  23.71 
 
 		 297 aa  66.2  0.0000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203109  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  22.81 
 
 		 326 aa  65.5  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0772  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.82 
 
 		 324 aa  65.5  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  26.47 
 
 		 332 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2705  integrase family protein  25.12 
 
 		 304 aa  65.5  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.800791  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  26.1 
 
 		 299 aa  65.5  0.000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0011  phage integrase family protein  30.65 
 
 		 301 aa  65.5  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  24.68 
 
 		 412 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  26.25 
 
 		 303 aa  65.1  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1619  phage integrase family protein  28.81 
 
 		 286 aa  65.1  0.000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  28.96 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1698  integrase family protein  22.96 
 
 		 314 aa  65.1  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.23599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0684  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.82 
 
 		 324 aa  64.3  0.000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.631001  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0017  integrase family protein  27.38 
 
 		 414 aa  64.3  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1178  tyrosine recombinase XerC subunit  26.46 
 
 		 300 aa  64.3  0.000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  26.29 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2797  tyrosine recombinase XerD  26.74 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.650693  normal  0.205647 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  26.67 
 
 		 328 aa  63.9  0.000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.46 
 
 		 298 aa  63.9  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  27.14 
 
 		 295 aa  63.5  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  28.29 
 
 		 305 aa  63.5  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.578966 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  23.95 
 
 		 290 aa  63.5  0.000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.75 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0370  phage integrase family protein  26.32 
 
 		 304 aa  63.2  0.000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3678  integrase family protein  28.51 
 
 		 275 aa  63.2  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  26.36 
 
 		 301 aa  63.2  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0083  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.74 
 
 		 322 aa  63.2  0.000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  25.57 
 
 		 294 aa  62.8  0.000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>