More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_0882 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_0882  integrase family protein  100 
 
 
313 aa  655    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2795  integrase family protein  58.01 
 
 
350 aa  395  1e-109  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0861235  normal  0.105042 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00815  integrase for prophage  57.95 
 
 
314 aa  385  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0720843  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1340  phage integrase family protein  56.77 
 
 
339 aa  386  1e-106  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.755571  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00832  hypothetical protein  57.95 
 
 
338 aa  384  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0428035  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0909  phage integrase family site specific recombinase  58.14 
 
 
343 aa  385  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.046478  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3152  integrase family protein  53.8 
 
 
352 aa  339  4e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3514  phage integrase family protein  53 
 
 
336 aa  322  7e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.123025  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1079  integrase  50.99 
 
 
343 aa  316  3e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3507  phage integrase family protein  49.83 
 
 
345 aa  305  8.000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000014558 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2882  phage integrase  49.67 
 
 
341 aa  294  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.948794  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3066  phage integrase  49.67 
 
 
341 aa  292  5e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2649  integrase family protein  49.67 
 
 
333 aa  278  7e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.413706  hitchhiker  0.000000656425 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2622  integrase family protein  48.49 
 
 
335 aa  278  1e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.647869  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2951  phage integrase  46.33 
 
 
336 aa  277  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.339524  hitchhiker  3.4545800000000002e-18 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2307  integrase family protein  49.1 
 
 
335 aa  276  4e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.109793  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1008  phage integrase  44.09 
 
 
347 aa  265  8e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0269  integrase family protein  43 
 
 
405 aa  250  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2932  integrase family protein  42.91 
 
 
318 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5040  prophage CP-933T integrase  44.09 
 
 
371 aa  238  9e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.530892  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05002  integrase  42.63 
 
 
345 aa  236  5.0000000000000005e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48880  putative bacteriophage integrase  40.06 
 
 
338 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000942528  hitchhiker  0.000000101575 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2110  phage integrase family protein  44.44 
 
 
335 aa  224  2e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.717737  hitchhiker  0.00928356 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0716  integrase  38.34 
 
 
394 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5364  integrase  39.16 
 
 
332 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.301624  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2810  integrase  38.85 
 
 
336 aa  215  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0900  phage integrase family site specific recombinase  43.21 
 
 
334 aa  212  4.9999999999999996e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.198351  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4348  site-specific recombinase, phage integrase family  39.14 
 
 
326 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.175546  hitchhiker  0.00000000567763 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1917  integrase  38.72 
 
 
375 aa  209  6e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4307  phage integrase family site specific recombinase  38.38 
 
 
326 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0756066  hitchhiker  0.00146275 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3848  integrase family protein  36.25 
 
 
327 aa  195  8.000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.250043  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0981  phage integrase family site specific recombinase  37 
 
 
331 aa  194  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.896677  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3066  integrase  37.58 
 
 
337 aa  191  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0315896  hitchhiker  0.000000103666 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53570  putative integrase  42.34 
 
 
258 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000326616  decreased coverage  0.0000890956 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0092  Fels-2 prophage protein  44.62 
 
 
191 aa  161  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000678287  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1314  phage integrase  54.78 
 
 
121 aa  134  3e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0188949  normal  0.27853 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3056  integrase family protein  63.75 
 
 
164 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0372474 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63440  bacteriophage integrase  45.95 
 
 
126 aa  106  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1313  putative integrase  39.6 
 
 
172 aa  102  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0718359  normal  0.288713 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  26.69 
 
 
367 aa  84  0.000000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  24.22 
 
 
337 aa  79.3  0.00000000000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  28.3 
 
 
421 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0636  phage integrase family site specific recombinase  28.77 
 
 
308 aa  74.3  0.000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0631  phage integrase family site specific recombinase  28.77 
 
 
308 aa  74.3  0.000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.45439  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  26.53 
 
 
311 aa  71.2  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5304  site-specific recombinase, phage integrase family  29.37 
 
 
322 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2647  phage integrase family protein  27.83 
 
 
315 aa  69.3  0.00000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  26.05 
 
 
397 aa  68.6  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  26.05 
 
 
379 aa  68.9  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  26.34 
 
 
337 aa  68.6  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0669  phage integrase family protein  26.19 
 
 
343 aa  67  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.27 
 
 
297 aa  66.2  0.0000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2797  phage integrase family protein  30.25 
 
 
451 aa  65.1  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7575  tyrosine recombinase XerD subunit  30.12 
 
 
308 aa  65.5  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  23.3 
 
 
429 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0507  tyrosine recombinase XerD  28.93 
 
 
339 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0530  tyrosine recombinase XerD  25.99 
 
 
320 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.931339  normal  0.0955198 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0370  phage integrase family protein  25 
 
 
304 aa  63.9  0.000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3561  Phage integrase  26.03 
 
 
275 aa  64.3  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  28.42 
 
 
400 aa  63.2  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0083  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.26 
 
 
322 aa  63.2  0.000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  26.03 
 
 
311 aa  62.8  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  26.67 
 
 
302 aa  62.8  0.000000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  27.57 
 
 
304 aa  62.8  0.000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1847  integrase family protein  28.36 
 
 
314 aa  62.4  0.000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.91 
 
 
313 aa  62.4  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.64 
 
 
308 aa  62  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  29.65 
 
 
307 aa  62  0.00000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  28.35 
 
 
402 aa  62.4  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  27.62 
 
 
337 aa  61.2  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  24.48 
 
 
251 aa  61.2  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3598  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.7 
 
 
317 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  29.17 
 
 
304 aa  61.6  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2002  phage integrase  30.14 
 
 
188 aa  61.6  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  26.58 
 
 
298 aa  61.2  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0358  integrase family protein  29.26 
 
 
287 aa  61.2  0.00000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1481  phage integrase family protein  27.27 
 
 
311 aa  60.5  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0281722  normal  0.205606 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  28.45 
 
 
308 aa  60.5  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  29.91 
 
 
277 aa  60.5  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1349  integrase family protein  29.82 
 
 
291 aa  60.5  0.00000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3891  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.7 
 
 
317 aa  60.5  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125291  decreased coverage  0.00274094 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0279  phage integrase family protein  30.41 
 
 
282 aa  60.5  0.00000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.033075  hitchhiker  0.000013626 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2420  integrase family protein  27.39 
 
 
335 aa  60.1  0.00000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0132691 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  25.83 
 
 
347 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  26.03 
 
 
353 aa  59.7  0.00000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1196  phage integrase  24.55 
 
 
291 aa  60.1  0.00000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1727  phage integrase  24.89 
 
 
267 aa  60.1  0.00000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.539916  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0163  integrase family protein  29.71 
 
 
342 aa  60.1  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70922  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  26.34 
 
 
317 aa  60.1  0.00000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  28.23 
 
 
297 aa  59.7  0.00000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  29.23 
 
 
295 aa  59.3  0.00000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  25.56 
 
 
297 aa  59.3  0.00000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4056  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.31 
 
 
332 aa  58.9  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111498  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0393  tyrosine recombinase XerD  27.81 
 
 
319 aa  58.9  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543195  normal  0.555297 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2383  integrase family protein  28.91 
 
 
338 aa  58.9  0.0000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000443336  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4806  phage integrase  24.89 
 
 
291 aa  58.5  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92941  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  27.88 
 
 
298 aa  58.9  0.0000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  24.8 
 
 
304 aa  58.9  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0042  phage integrase family protein  26.3 
 
 
630 aa  58.5  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1750  phage integrase family protein  26.3 
 
 
630 aa  58.5  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00214495  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>