More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_1727 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_1727  phage integrase  100 
 
 		 267 aa  543  1e-153  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.539916  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4162  integrase family protein  41.94 
 
 		 396 aa  178  7e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1646  integrase family protein  38.13 
 
 		 330 aa  166  5e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6962  integrase family protein  38.04 
 
 		 327 aa  142  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1565  phage integrase  37.31 
 
 		 416 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.314527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1637  integrase  43.33 
 
 		 174 aa  129  4.0000000000000003e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  29.55 
 
 		 429 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  27.23 
 
 		 401 aa  80.5  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  27.07 
 
 		 338 aa  79  0.00000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1136  phage integrase family protein  29.32 
 
 		 513 aa  79  0.00000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  30.39 
 
 		 404 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  29.31 
 
 		 367 aa  75.9  0.0000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0832  Phage integrase  28.38 
 
 		 341 aa  74.3  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  27.23 
 
 		 304 aa  74.3  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  27.04 
 
 		 397 aa  73.6  0.000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3738  hypothetical protein  30 
 
 		 384 aa  73.9  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  31.58 
 
 		 397 aa  72  0.000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1092  phage integrase  25.64 
 
 		 276 aa  71.2  0.00000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00970061  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  27.85 
 
 		 411 aa  71.6  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  27.27 
 
 		 412 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1205  integrase/recombinase XerD  25.49 
 
 		 274 aa  70.1  0.00000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0995  site-specific recombinase, phage integrase family  27.32 
 
 		 349 aa  70.5  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00503137  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0710  Integrase protein  28.33 
 
 		 343 aa  70.5  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0770  phage integrase family protein  28.09 
 
 		 387 aa  69.3  0.00000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.17567  normal  0.038003 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  27.46 
 
 		 307 aa  69.3  0.00000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3091  phage integrase family protein  28.83 
 
 		 384 aa  69.3  0.00000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0010  tyrosine recombinase XerC  28.82 
 
 		 299 aa  68.9  0.00000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  25.76 
 
 		 334 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2002  phage integrase  31.65 
 
 		 188 aa  68.2  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  29.45 
 
 		 402 aa  68.2  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0290  integrase  24.1 
 
 		 324 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0955438  normal  0.658855 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  28.87 
 
 		 359 aa  67.4  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  29.17 
 
 		 354 aa  67  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3128  integrase family protein  26.4 
 
 		 384 aa  66.6  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.169868  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1336  integrase family protein  32.61 
 
 		 391 aa  66.2  0.0000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  27.08 
 
 		 251 aa  65.9  0.0000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  28.51 
 
 		 334 aa  65.9  0.0000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  26.61 
 
 		 309 aa  64.7  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  25.14 
 
 		 337 aa  65.1  0.000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  28.48 
 
 		 307 aa  64.7  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0272  phage integrase family site specific recombinase  26.14 
 
 		 386 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  27.68 
 
 		 393 aa  65.5  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1037  Phage integrase  27.32 
 
 		 338 aa  64.3  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  30.07 
 
 		 297 aa  64.7  0.000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1927  phage integrase  31.82 
 
 		 379 aa  64.7  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0252061  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00486  predicted integrase  25.99 
 
 		 387 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00491  hypothetical protein  25.99 
 
 		 387 aa  63.9  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1844  DNA integrase  28.12 
 
 		 335 aa  63.5  0.000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  26.63 
 
 		 421 aa  63.5  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  26.32 
 
 		 353 aa  63.9  0.000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.42 
 
 		 299 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1227  integrase family protein  27.21 
 
 		 305 aa  63.9  0.000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.842173  decreased coverage  0.000216705 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  27.05 
 
 		 305 aa  63.5  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2244  phage integrase family protein  26.52 
 
 		 348 aa  63.9  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.16735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  25.82 
 
 		 298 aa  63.5  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.84 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.91 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  30.57 
 
 		 270 aa  63.2  0.000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0255  phage integrase  26.34 
 
 		 430 aa  63.2  0.000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3658  putative bacteriophage integrase  29.09 
 
 		 444 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23640  tyrosine recombinase XerC subunit  30.22 
 
 		 310 aa  63.2  0.000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.154193  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3424  integrase family protein  28.45 
 
 		 437 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.728899 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.05 
 
 		 305 aa  62.8  0.000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  25.49 
 
 		 295 aa  62.8  0.000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4036  prophage LambdaBa02, site-specific recombinase, phage integrase family  25.62 
 
 		 376 aa  62.8  0.000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000192232  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  25.55 
 
 		 301 aa  62.8  0.000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  25.49 
 
 		 295 aa  62.8  0.000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0923  integrase family protein  26.82 
 
 		 363 aa  62.4  0.000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  24.45 
 
 		 387 aa  62.4  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  29.94 
 
 		 304 aa  62.4  0.000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  25.82 
 
 		 314 aa  62.4  0.000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3427  integron integrase  27.64 
 
 		 327 aa  62  0.000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0067  phage integrase family protein  29.94 
 
 		 328 aa  62  0.000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.183253 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.93 
 
 		 299 aa  61.6  0.00000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.93 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  31.01 
 
 		 328 aa  62  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  30.77 
 
 		 328 aa  62  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1337  tyrosine recombinase XerC  26.88 
 
 		 298 aa  61.6  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0149085  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1312  tyrosine recombinase XerC  26.88 
 
 		 298 aa  61.6  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.199373  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1799  integron integrase  27.05 
 
 		 462 aa  61.6  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2627  phage integrase family protein  27.09 
 
 		 376 aa  61.6  0.00000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000511904  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.93 
 
 		 299 aa  62  0.00000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0977  integron integrase  24.87 
 
 		 329 aa  60.8  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0045  phage integrase family site specific recombinase  28.48 
 
 		 456 aa  60.8  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.869382  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.93 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4398  integrase family protein  28.95 
 
 		 451 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0364227  hitchhiker  0.00879025 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.93 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.93 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0201  tyrosine recombinase XerC subunit  31.61 
 
 		 345 aa  61.2  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000601095 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5501  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.28 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.345753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0047  tyrosine recombinase XerC  29.88 
 
 		 298 aa  61.2  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  27.81 
 
 		 332 aa  60.8  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0651  tyrosine recombinase XerD  25.44 
 
 		 297 aa  61.2  0.00000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0950079  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.93 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.93 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1104  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.95 
 
 		 300 aa  61.2  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000317379  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0251  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.95 
 
 		 355 aa  60.8  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00631913  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.49 
 
 		 308 aa  61.2  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1583  phage integrase family protein  28.95 
 
 		 451 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3720  phage integrase family protein  28.95 
 
 		 451 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>