More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4502 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4502  integrase family protein  100 
 
 
290 aa  590  1e-168  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4806  phage integrase  78.62 
 
 
291 aa  470  1.0000000000000001e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92941  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1196  phage integrase  72.57 
 
 
291 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0262  integrase family protein  72.22 
 
 
291 aa  420  1e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0822  putative phage integrase  71.63 
 
 
291 aa  401  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.341397 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1077  integrase family protein  71.17 
 
 
291 aa  392  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6657  integrase family protein  71.17 
 
 
291 aa  392  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.358251 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0826  putative phage integrase  72.33 
 
 
266 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.225694 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2348  phage integrase family protein  59.25 
 
 
301 aa  347  2e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0858  phage integrase  59.22 
 
 
289 aa  338  4e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0373  integrase domain protein SAM domain protein  71.73 
 
 
259 aa  338  8e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8452  integrase family protein  59.36 
 
 
286 aa  325  6e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.032039  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3700  integrase family protein  54.23 
 
 
295 aa  319  3e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3470  phage integrase family protein  55.79 
 
 
302 aa  313  1.9999999999999998e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.229271  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3661  integrase family protein  53 
 
 
290 aa  299  3e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.311976  decreased coverage  0.00000149049 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3629  integrase family protein  53 
 
 
290 aa  299  3e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0068  phage integrase  52.84 
 
 
302 aa  285  8e-76  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6605  integrase family protein  43.97 
 
 
292 aa  223  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7462  integrase family protein  43.97 
 
 
292 aa  223  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.105755  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7619  integrase family protein  43.97 
 
 
292 aa  223  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.192826  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6957  integrase family protein  43.97 
 
 
292 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5165  integrase family protein  41.45 
 
 
291 aa  196  3e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4832  phage integrase  41.03 
 
 
291 aa  196  5.000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1585  phage integrase  40 
 
 
286 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.791115  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1026  integrase family protein  35.59 
 
 
283 aa  178  9e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000000319361  normal  0.791294 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0978  phage integrase family protein  36.92 
 
 
283 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2872  phage integrase family protein  39.56 
 
 
279 aa  171  1e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000984905  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3109  phage integrase family protein  36.65 
 
 
290 aa  156  4e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1162  integrase family protein  34.62 
 
 
287 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1189  integrase family protein  34.62 
 
 
287 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00933678  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1145  putative transcriptional regulator, TetR family  35.78 
 
 
408 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.239655 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1683  phage integrase family protein  34.27 
 
 
287 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2036  phage integrase family site specific recombinase  33.57 
 
 
287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2528  phage integrase family site specific recombinase  33.57 
 
 
287 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1695  phage integrase family protein  33.92 
 
 
296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.363626  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2736  integrase family protein  33.57 
 
 
287 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0269003  normal  0.414698 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2013  integrase family protein  33.57 
 
 
287 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000617639  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3066  integrase family protein  35.63 
 
 
390 aa  145  6e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0221886  normal  0.652565 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2241  integrase family protein  33.92 
 
 
296 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000667129 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2164  phage integrase family site specific recombinase  33.22 
 
 
287 aa  144  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2211  phage integrase family site specific recombinase  33.22 
 
 
287 aa  144  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1137  phage integrase  32.75 
 
 
296 aa  144  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3427  integron integrase  35.4 
 
 
327 aa  143  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3204  integron integrase  31.97 
 
 
322 aa  143  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2132  integron integrase  32.39 
 
 
319 aa  142  5e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000290373 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1355  phage integrase family site specific recombinase  33.33 
 
 
318 aa  142  5e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.73063 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1682  integron integrase  31.76 
 
 
319 aa  142  6e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3360  integron integrase  32.7 
 
 
319 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2703  integron integrase  35.83 
 
 
323 aa  141  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  35.56 
 
 
270 aa  140  1.9999999999999998e-32  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00230  putative tyrosine recombinase  35.64 
 
 
265 aa  140  1.9999999999999998e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.9402  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0466  Fis family transcriptional regulator  33.87 
 
 
362 aa  139  3.9999999999999997e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1720  integron integrase  32.39 
 
 
319 aa  139  6e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.945826  normal  0.140223 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2037  phage integrase family site specific recombinase  32.39 
 
 
319 aa  137  2e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0410  integron integrase  34.62 
 
 
334 aa  137  2e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.761535  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4307  integron integrase  31.29 
 
 
319 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1624  phage integrase family protein  35.12 
 
 
235 aa  136  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0938  site-specific recombinase IntI4  33.66 
 
 
320 aa  136  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000827497  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2249  putative transcriptional regulator, TetR family  33.23 
 
 
325 aa  135  5e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2959  phage integrase family protein  30.19 
 
 
283 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.164424 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1787  phage integrase family protein  30.19 
 
 
283 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1799  integron integrase  35.6 
 
 
462 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174616  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3006  integron integrase  33.83 
 
 
334 aa  132  5e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.976928  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2714  integron integrase  34.53 
 
 
332 aa  132  9e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3366  integron integrase  34.53 
 
 
332 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.341619 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0724  integrase family protein  38.28 
 
 
308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.971464 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  31.37 
 
 
284 aa  126  4.0000000000000003e-28  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2576  integron integrase  32.08 
 
 
453 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00600674  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0257  integron integrase  32.58 
 
 
338 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0364142  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5342  integrase/recombinase  33.23 
 
 
337 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0696  phage integrase  35.53 
 
 
338 aa  125  9e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2645  integron integrase  31.39 
 
 
319 aa  124  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.400636  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  36.51 
 
 
304 aa  124  1e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003169  integron integrase IntI4  32.8 
 
 
320 aa  125  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0067  integrase/recombinase  32.93 
 
 
337 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.325485 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02003  integrase  33.78 
 
 
318 aa  124  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0143  integrase IntI1 for transposon Tn21  32.93 
 
 
337 aa  124  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0120  integrase/recombinase  32.93 
 
 
337 aa  124  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.400978 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1821  integrase family protein  36.1 
 
 
307 aa  123  3e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0364742  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2616  integron integrase  32.48 
 
 
468 aa  122  9e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  33.22 
 
 
304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  32.34 
 
 
282 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4643  integron integrase  30.97 
 
 
319 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2869  integron integrase  31.87 
 
 
452 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000684574  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  30.43 
 
 
290 aa  120  3.9999999999999996e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0425  XerC/CodV family integrase/recombinase  31.5 
 
 
373 aa  120  3.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.607346  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  30.77 
 
 
296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0116  Phage integrase, N-terminal SAM- like  30.8 
 
 
309 aa  119  7e-26  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1131  integron integrase  30.74 
 
 
319 aa  119  7e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2803  integron integrase  31.76 
 
 
449 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000270824  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1215  integron integrase  32.7 
 
 
326 aa  119  9e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.522408  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03738  putative integrase  30.22 
 
 
322 aa  118  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  31.23 
 
 
305 aa  118  9.999999999999999e-26  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  34.43 
 
 
295 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2467  bifunctional hypothetical protein/integrase  32.62 
 
 
457 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0534  site-specific recombinase IntIA  28.53 
 
 
327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  33.72 
 
 
298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0977  integron integrase  31.08 
 
 
329 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1723  integrase family protein  37.17 
 
 
210 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0273744  normal  0.126779 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  31.05 
 
 
300 aa  116  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>