More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0600 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_0600  phage integrase family protein  100 
 
 
329 aa  659    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0421  integrase family protein  50.46 
 
 
329 aa  310  2.9999999999999997e-83  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0370  integrase family protein  50.46 
 
 
332 aa  303  2.0000000000000002e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5937  phage integrase family protein  46.81 
 
 
329 aa  281  9e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2228  integrase family protein  44.38 
 
 
330 aa  259  4e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.763924 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5348  integrase family protein  44.38 
 
 
330 aa  259  4e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.464558 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2008  integrase family protein  44.38 
 
 
330 aa  259  4e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461761  normal 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3505  phage integrase family protein  44.04 
 
 
330 aa  258  1e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.431904  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1273  phage integrase  43.43 
 
 
331 aa  256  4e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.010146 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5408  phage integrase family protein  43.83 
 
 
330 aa  256  5e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.123433 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3266  phage integrase family protein  45.24 
 
 
330 aa  247  2e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.119927  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4897  integrase family protein  38.72 
 
 
336 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8116  integrase/recombinase  37.46 
 
 
335 aa  212  5.999999999999999e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000851463  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7458  integrase family protein  37.27 
 
 
335 aa  209  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.259677  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0245  integrase family protein  38.74 
 
 
333 aa  209  7e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0768  integrase family protein  38.77 
 
 
337 aa  203  4e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000101801 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7620  integrase family protein  36.42 
 
 
343 aa  200  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.998258  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4359  integrase family protein  35.65 
 
 
336 aa  198  9e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1217  integrase family protein  35.65 
 
 
336 aa  198  9e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2982  integrase family protein  35.65 
 
 
336 aa  198  9e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4385  integrase family protein  35.65 
 
 
336 aa  198  9e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3696  integrase family protein  35.87 
 
 
334 aa  197  3e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4006  integrase family protein  35.87 
 
 
334 aa  197  3e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6955  integrase family protein  36.9 
 
 
343 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0775  integrase family protein  36.59 
 
 
339 aa  192  6e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000364623 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0440  phage integrase  36.59 
 
 
334 aa  191  1e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4020  phage integrase family protein  35.64 
 
 
327 aa  188  1e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0736  integrase/recombinase  28.14 
 
 
337 aa  170  4e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7593  integrase family protein  32.42 
 
 
331 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0833  site-specific recombinase, phage integrase family  32.83 
 
 
332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0509  site-specific recombinase, phage integrase family  32.83 
 
 
332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0667  integrase family protein  32.83 
 
 
332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.580243  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0328  integrase family protein  32.83 
 
 
332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.133269 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2031  integrase family protein  32.83 
 
 
332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2399  site-specific recombinase, phage integrase family  32.83 
 
 
332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0713  phage integrase  36.83 
 
 
331 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0738  integrase/recombinase  29.51 
 
 
340 aa  160  2e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1241  phage integrase  33.43 
 
 
336 aa  158  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.097797 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7121  integrase family protein  53.85 
 
 
184 aa  135  9e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8259  integrase/recombinase  36.97 
 
 
246 aa  131  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.483567  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2281  integrase domain-containing protein  34.2 
 
 
289 aa  123  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  29.76 
 
 
295 aa  123  5e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  30.69 
 
 
295 aa  122  6e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.35 
 
 
296 aa  122  8e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.35 
 
 
296 aa  122  8e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.35 
 
 
296 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.35 
 
 
296 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.35 
 
 
296 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.35 
 
 
296 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.35 
 
 
296 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.35 
 
 
296 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.35 
 
 
296 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.19 
 
 
299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.76 
 
 
298 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3694  integrase family protein  28.66 
 
 
348 aa  119  6e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2216  integrase family protein  27.15 
 
 
349 aa  119  6e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000229864 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.03 
 
 
296 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.7 
 
 
296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  30.13 
 
 
302 aa  116  5e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  32.04 
 
 
295 aa  115  8.999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  29.28 
 
 
295 aa  113  3e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  29.28 
 
 
295 aa  113  3e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  28.34 
 
 
302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  31.15 
 
 
298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  31.94 
 
 
295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1434  integrase family protein  27.65 
 
 
342 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.13 
 
 
298 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  29.35 
 
 
310 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0310  Integrase  30.31 
 
 
351 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.004878  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1335  Integrase  30.31 
 
 
351 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.128026  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0030  Integrase  30.31 
 
 
351 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0264646  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1806  Integrase  30.31 
 
 
351 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0548075  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  30.2 
 
 
300 aa  109  5e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  30.85 
 
 
310 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  28.97 
 
 
298 aa  109  8.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  30.51 
 
 
296 aa  108  1e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  26.05 
 
 
290 aa  108  1e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  30.36 
 
 
309 aa  107  2e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2241  integrase family protein  26.38 
 
 
345 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.640527  hitchhiker  0.000757999 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  30.69 
 
 
305 aa  107  3e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  33.1 
 
 
308 aa  107  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.14 
 
 
298 aa  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.43 
 
 
302 aa  106  7e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  28.34 
 
 
293 aa  105  9e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0369  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.18 
 
 
305 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0292  tyrosine recombinase XerD  32.87 
 
 
305 aa  105  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0669  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.18 
 
 
305 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2504  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.85 
 
 
329 aa  105  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0911  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.85 
 
 
333 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0726  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.82 
 
 
333 aa  104  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218987  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  28.47 
 
 
308 aa  104  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0914  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.18 
 
 
333 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.1246  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0519  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.32 
 
 
302 aa  104  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0998774  normal  0.238721 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0118  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.85 
 
 
333 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.412982  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1067  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.18 
 
 
305 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.58 
 
 
296 aa  103  3e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1383  integrase family protein  27.65 
 
 
299 aa  103  3e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00162011  normal  0.640047 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  27.69 
 
 
293 aa  103  4e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  26.83 
 
 
296 aa  103  4e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0753  tyrosine recombinase XerD subunit  29.43 
 
 
297 aa  103  4e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000038176  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>