More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2366 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2366  integrase family protein  100 
 
 		 415 aa  862    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5219  integrase family protein  57.64 
 
 		 406 aa  501  1e-140  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.759008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4202  integrase family protein  51.88 
 
 		 406 aa  441  9.999999999999999e-123  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0952  integrase family protein  46.02 
 
 		 412 aa  389  1e-107  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.571908  normal  0.0199815 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4345  phage integrase family protein  42.96 
 
 		 435 aa  338  9.999999999999999e-92  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11843  putative transposase  36.3 
 
 		 416 aa  276  4e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.383494  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0145  integrase family protein  35.1 
 
 		 411 aa  251  2e-65  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.468231  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0539  integrase family protein  32.45 
 
 		 436 aa  218  1e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.19804 
 
 
-
 
NC_002950  PG1435  integrase  34.66 
 
 		 408 aa  218  2e-55  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.102507 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0890  integrase family protein  31.97 
 
 		 436 aa  212  1e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.304857  normal  0.483711 
 
 
-
 
NC_002950  PG0819  integrase  31.58 
 
 		 409 aa  210  3e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1454  integrase  31.58 
 
 		 409 aa  210  3e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0974  integrase family protein  31.63 
 
 		 430 aa  206  7e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0711773  normal  0.0223597 
 
 
-
 
NC_002950  PG1113  integrase  31.02 
 
 		 407 aa  203  4e-51  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3248  integrase family protein  28.57 
 
 		 437 aa  177  3e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0820  integrase  28.01 
 
 		 400 aa  144  2e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1453  integrase  28.01 
 
 		 400 aa  144  2e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00445  tyrosine type site-specific recombinase  26.98 
 
 		 405 aa  112  1.0000000000000001e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.459489  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0838  integrase  23.66 
 
 		 432 aa  100  3e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.116388 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2069  phage integrase family protein  27.27 
 
 		 419 aa  101  3e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0530977  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1729  hypothetical protein  24.62 
 
 		 404 aa  99.4  1e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000763037 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2633  phage integrase family protein  29.05 
 
 		 419 aa  99  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2705  phage integrase family protein  29.71 
 
 		 386 aa  96.3  9e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.248695  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5336  integrase family protein  31.07 
 
 		 378 aa  95.1  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.850487 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5173  integrase family protein  22.39 
 
 		 411 aa  93.6  5e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.54702 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3592  phage integrase family protein  28.52 
 
 		 419 aa  93.2  8e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3281  integrase family protein  27.91 
 
 		 372 aa  84.7  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.739809 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2090  integrase family protein  24.8 
 
 		 392 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.30003  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4262  integrase family protein  24.47 
 
 		 379 aa  80.1  0.00000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1173  phage integrase family site specific recombinase  26.72 
 
 		 354 aa  78.6  0.0000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0211  integrase family protein  29.29 
 
 		 384 aa  79  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000967186 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6168  integrase family protein  23.68 
 
 		 411 aa  77.4  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4000  phage integrase family protein  27.04 
 
 		 389 aa  76.3  0.0000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0874  mobilizable transposon, int protein  27.8 
 
 		 367 aa  75.9  0.000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0746163 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1600  phage integrase family protein  25.65 
 
 		 404 aa  74.7  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5872  integrase family protein  24.12 
 
 		 433 aa  72.4  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1462  Tn5520-like integrase (transfer factor)  22.99 
 
 		 402 aa  68.6  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.174557  normal  0.0965208 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0063  integrase family protein  25.1 
 
 		 409 aa  67.4  0.0000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1953  integrase family protein  21.5 
 
 		 405 aa  65.1  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.247559  normal  0.500213 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3099  integrase family protein  23.32 
 
 		 441 aa  63.9  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.979662 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5531  integrase family protein  23.92 
 
 		 461 aa  63.2  0.000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000725821  normal  0.462507 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  27.2 
 
 		 291 aa  60.8  0.00000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  24.57 
 
 		 302 aa  59.7  0.00000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  24.74 
 
 		 308 aa  59.7  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3827  integrase family protein  25.71 
 
 		 354 aa  58.5  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.730502  normal  0.406581 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3762  phage integrase  28.64 
 
 		 379 aa  58.2  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.288729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.18 
 
 		 296 aa  58.2  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  25.68 
 
 		 305 aa  58.2  0.0000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.18 
 
 		 296 aa  58.2  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.53 
 
 		 296 aa  57.4  0.0000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.92 
 
 		 298 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.53 
 
 		 296 aa  57  0.0000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.53 
 
 		 296 aa  57  0.0000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0608  phage integrase family protein  27.7 
 
 		 348 aa  57  0.0000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1148  phage integrase family site specific recombinase  26.98 
 
 		 328 aa  56.6  0.0000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0281308  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.18 
 
 		 296 aa  56.6  0.0000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.18 
 
 		 296 aa  56.6  0.0000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2850  tyrosine recombinase XerD  23.55 
 
 		 302 aa  56.6  0.0000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.18 
 
 		 296 aa  56.6  0.0000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.18 
 
 		 296 aa  56.6  0.0000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2471  tyrosine recombinase XerD  23.55 
 
 		 302 aa  56.6  0.0000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.11 
 
 		 296 aa  55.8  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.92 
 
 		 298 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3658  putative bacteriophage integrase  27.61 
 
 		 444 aa  55.5  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.81 
 
 		 298 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  28.86 
 
 		 291 aa  55.1  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0272  phage integrase family site specific recombinase  24.37 
 
 		 386 aa  55.1  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2359  integrase family protein  25.21 
 
 		 398 aa  54.7  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.522134  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  24.37 
 
 		 309 aa  54.3  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  21 
 
 		 298 aa  54.3  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  23.46 
 
 		 307 aa  54.3  0.000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_008696  Tpen_1891  phage integrase family protein  29.53 
 
 		 278 aa  54.7  0.000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  24.69 
 
 		 295 aa  54.3  0.000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  24 
 
 		 299 aa  53.9  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.11 
 
 		 298 aa  53.5  0.000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0891  integrase family protein  22.18 
 
 		 306 aa  53.1  0.000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.180709  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0676  integrase family protein  20 
 
 		 390 aa  53.1  0.000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1619  phage integrase family protein  28.32 
 
 		 286 aa  53.1  0.000009  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7575  tyrosine recombinase XerD subunit  26.94 
 
 		 308 aa  52.4  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2689  tyrosine recombinase XerC  26.9 
 
 		 311 aa  52.4  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.147909 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0850  integrase family protein  19.77 
 
 		 429 aa  52.4  0.00001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6131  integrase family protein  23.65 
 
 		 305 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.38 
 
 		 299 aa  51.6  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.47 
 
 		 296 aa  52.4  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  28.26 
 
 		 295 aa  52.4  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.38 
 
 		 301 aa  52.4  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  24.91 
 
 		 317 aa  52.4  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  28.57 
 
 		 319 aa  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  24.46 
 
 		 302 aa  51.6  0.00002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  25.1 
 
 		 294 aa  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  21.51 
 
 		 299 aa  51.2  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  21.51 
 
 		 299 aa  51.2  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  21.86 
 
 		 299 aa  51.6  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  27.04 
 
 		 295 aa  51.2  0.00003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  23.61 
 
 		 301 aa  51.2  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  21.51 
 
 		 299 aa  51.2  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  21.51 
 
 		 299 aa  51.2  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  21.15 
 
 		 299 aa  50.8  0.00004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1279  phage integrase family protein  23 
 
 		 323 aa  50.8  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0644752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  21.67 
 
 		 313 aa  50.4  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>