73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1013 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1013  integrase domain protein SAM domain protein  100 
 
 		 404 aa  804    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.256622  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0063  integrase family protein  39.02 
 
 		 409 aa  224  2e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2090  integrase family protein  38.71 
 
 		 392 aa  224  3e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.30003  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0838  integrase  28.45 
 
 		 432 aa  87.4  4e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.116388 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5872  integrase family protein  26.05 
 
 		 433 aa  78.6  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0082  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.08 
 
 		 339 aa  59.7  0.00000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.472951  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5219  integrase family protein  23.51 
 
 		 406 aa  57.8  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.759008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  23.68 
 
 		 307 aa  56.2  0.0000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1769  tyrosine recombinase XerD  26.26 
 
 		 304 aa  55.1  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.151783  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  24.76 
 
 		 297 aa  54.7  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0222  integrase/recombinase XerC  29.13 
 
 		 299 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  26.9 
 
 		 304 aa  53.5  0.000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  27.56 
 
 		 305 aa  52.8  0.00001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_002950  PG1435  integrase  23.22 
 
 		 408 aa  52.4  0.00001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.102507 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1934  phage integrase family protein  24.26 
 
 		 297 aa  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0264  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.17 
 
 		 315 aa  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0185  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.74 
 
 		 299 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  24.47 
 
 		 309 aa  51.2  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  23.36 
 
 		 307 aa  51.2  0.00003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  23.36 
 
 		 307 aa  50.4  0.00006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0098  integrase family protein  25.72 
 
 		 298 aa  50.1  0.00007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  26.49 
 
 		 298 aa  50.1  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  24.54 
 
 		 302 aa  49.7  0.00009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  27.97 
 
 		 302 aa  49.7  0.00009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3661  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.46 
 
 		 311 aa  48.9  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0608  phage integrase family protein  22.57 
 
 		 348 aa  49.3  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1383  integrase family protein  24.75 
 
 		 299 aa  49.7  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00162011  normal  0.640047 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  23.97 
 
 		 367 aa  48.5  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11080  phage integrase family protein  23.68 
 
 		 310 aa  48.9  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0105178  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  27.45 
 
 		 294 aa  48.1  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  25 
 
 		 292 aa  47.8  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5304  site-specific recombinase, phage integrase family  23.33 
 
 		 322 aa  47.8  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  27.64 
 
 		 317 aa  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  25.67 
 
 		 291 aa  47.8  0.0004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  26.62 
 
 		 294 aa  47.8  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.24 
 
 		 296 aa  47.8  0.0004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3442  phage integrase  25.7 
 
 		 337 aa  47.4  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2366  integrase family protein  21.95 
 
 		 415 aa  47  0.0006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1762  phage/XerD family site-specific recombinase  23.12 
 
 		 338 aa  47  0.0006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  26.18 
 
 		 387 aa  47  0.0006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1600  phage integrase family protein  21.89 
 
 		 404 aa  47  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  23.74 
 
 		 308 aa  46.6  0.0008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.36 
 
 		 336 aa  46.6  0.0008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1519  integrase family protein  21.9 
 
 		 279 aa  46.6  0.0009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.959361  decreased coverage  3.1361700000000003e-18 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4000  phage integrase family protein  21.96 
 
 		 389 aa  45.8  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  24.68 
 
 		 305 aa  46.2  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.82 
 
 		 294 aa  46.2  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3281  integrase family protein  22.97 
 
 		 372 aa  46.2  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.739809 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7458  integrase family protein  28.43 
 
 		 335 aa  46.2  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.259677  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0902  integrase family protein  25.24 
 
 		 356 aa  45.8  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0989  integrase family protein  27.06 
 
 		 292 aa  45.1  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0618431 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  28.06 
 
 		 404 aa  45.1  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  26.07 
 
 		 293 aa  45.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.06 
 
 		 298 aa  45.1  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.9 
 
 		 299 aa  45.1  0.003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  26.67 
 
 		 298 aa  44.3  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0173  tyrosine recombinase XerD  20.22 
 
 		 309 aa  44.3  0.004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.861385  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.11 
 
 		 298 aa  43.9  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0831  integrase family protein  27.76 
 
 		 378 aa  43.9  0.005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0057  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.2 
 
 		 369 aa  43.9  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.326798  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09270  tyrosine recombinase XerC subunit  28.25 
 
 		 346 aa  43.5  0.006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.111586  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.67 
 
 		 298 aa  43.5  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2483  integrase family protein  33.8 
 
 		 404 aa  43.5  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  25.1 
 
 		 292 aa  43.1  0.008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2501  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.12 
 
 		 312 aa  43.1  0.008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.504706  normal  0.936606 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0476  tyrosine recombinase XerD  26.62 
 
 		 302 aa  43.1  0.008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3047  phage integrase  23.98 
 
 		 381 aa  43.1  0.009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.182322  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  23.48 
 
 		 302 aa  43.1  0.009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4164  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.46 
 
 		 311 aa  43.1  0.009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.154418  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8116  integrase/recombinase  24.9 
 
 		 335 aa  43.1  0.009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000851463  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1442  phage integrase  29.93 
 
 		 404 aa  42.7  0.01  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0131  integrase family protein  25.91 
 
 		 312 aa  42.7  0.01  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.144823 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  23.62 
 
 		 306 aa  43.1  0.01  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>