More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_7458 on replicon NC_010627
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010627  Bphy_7458  integrase family protein  100 
 
 		 335 aa  687    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.259677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4897  integrase family protein  52.76 
 
 		 336 aa  360  2e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0775  integrase family protein  55.49 
 
 		 339 aa  356  2.9999999999999997e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000364623 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0768  integrase family protein  51.69 
 
 		 337 aa  332  4e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000101801 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0421  integrase family protein  47.37 
 
 		 329 aa  304  1.0000000000000001e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0370  integrase family protein  48.77 
 
 		 332 aa  300  2e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5937  phage integrase family protein  45.65 
 
 		 329 aa  290  2e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5408  phage integrase family protein  45.9 
 
 		 330 aa  288  1e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123433 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1273  phage integrase  44.38 
 
 		 331 aa  283  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.010146 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5348  integrase family protein  45.59 
 
 		 330 aa  282  5.000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.464558 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2228  integrase family protein  45.59 
 
 		 330 aa  282  5.000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.763924 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2008  integrase family protein  45.59 
 
 		 330 aa  282  5.000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3505  phage integrase family protein  44.07 
 
 		 330 aa  268  1e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.431904  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3266  phage integrase family protein  44.68 
 
 		 330 aa  256  3e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.119927  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2982  integrase family protein  41.47 
 
 		 336 aa  239  4e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4359  integrase family protein  41.47 
 
 		 336 aa  239  4e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4385  integrase family protein  41.47 
 
 		 336 aa  239  4e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1217  integrase family protein  41.47 
 
 		 336 aa  239  4e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3696  integrase family protein  41.9 
 
 		 334 aa  229  4e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4006  integrase family protein  41.9 
 
 		 334 aa  229  4e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8116  integrase/recombinase  40 
 
 		 335 aa  227  2e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000851463  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0440  phage integrase  39.43 
 
 		 334 aa  222  8e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0736  integrase/recombinase  35.24 
 
 		 337 aa  214  9.999999999999999e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0600  phage integrase family protein  37.27 
 
 		 329 aa  213  2.9999999999999995e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4020  phage integrase family protein  40.8 
 
 		 327 aa  209  7e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0245  integrase family protein  40 
 
 		 333 aa  207  3e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0833  site-specific recombinase, phage integrase family  36.65 
 
 		 332 aa  206  4e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0328  integrase family protein  36.65 
 
 		 332 aa  206  4e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.133269 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0667  integrase family protein  36.65 
 
 		 332 aa  206  4e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.580243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2399  site-specific recombinase, phage integrase family  36.65 
 
 		 332 aa  206  4e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2031  integrase family protein  36.65 
 
 		 332 aa  206  4e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0509  site-specific recombinase, phage integrase family  36.65 
 
 		 332 aa  206  4e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6955  integrase family protein  39.87 
 
 		 343 aa  206  5e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7620  integrase family protein  39.22 
 
 		 343 aa  200  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.998258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1241  phage integrase  38.03 
 
 		 336 aa  195  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.097797 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0713  phage integrase  36.11 
 
 		 331 aa  193  4e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7593  integrase family protein  33.77 
 
 		 331 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0738  integrase/recombinase  33.66 
 
 		 340 aa  180  2.9999999999999997e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8259  integrase/recombinase  43.24 
 
 		 246 aa  177  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.483567  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2281  integrase domain-containing protein  38.14 
 
 		 289 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  35.2 
 
 		 313 aa  132  7.999999999999999e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  34.6 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.87 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.87 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1239  hypothetical protein  30.79 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.968724 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.22 
 
 		 298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  31.29 
 
 		 302 aa  125  8.000000000000001e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  27.83 
 
 		 303 aa  125  9e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.85 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  30.95 
 
 		 302 aa  124  3e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.92 
 
 		 298 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  30.95 
 
 		 302 aa  124  3e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.57 
 
 		 298 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  32.87 
 
 		 295 aa  123  4e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.15 
 
 		 298 aa  123  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.11 
 
 		 298 aa  123  5e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  34.33 
 
 		 317 aa  123  5e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.52 
 
 		 298 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.6 
 
 		 298 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.63 
 
 		 298 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.68 
 
 		 298 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  31.6 
 
 		 298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  33.45 
 
 		 293 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1434  integrase family protein  27.5 
 
 		 342 aa  120  3e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  32.55 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3694  integrase family protein  27.36 
 
 		 348 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  28.3 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  29.89 
 
 		 298 aa  119  7e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2702  site-specific recombinase  29.97 
 
 		 299 aa  119  7e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5470  tyrosine recombinase XerD  29.73 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.602612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  29.55 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  32.42 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.69 
 
 		 296 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0124  phage integrase family protein  27.96 
 
 		 298 aa  118  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.776243  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2241  integrase family protein  29.34 
 
 		 345 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.640527  hitchhiker  0.000757999 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.87 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  34.27 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  33.67 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  34.72 
 
 		 294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2216  integrase family protein  29.73 
 
 		 349 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000229864 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  34.15 
 
 		 295 aa  116  5e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.83 
 
 		 296 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.83 
 
 		 296 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.83 
 
 		 296 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.88 
 
 		 299 aa  115  7.999999999999999e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.83 
 
 		 296 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.59 
 
 		 296 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  29.59 
 
 		 298 aa  115  7.999999999999999e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.01 
 
 		 296 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.01 
 
 		 296 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  29.35 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.49 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.85 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  32.46 
 
 		 305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  31.82 
 
 		 332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  28.1 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  30.39 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 299 aa  114  3e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  32.55 
 
 		 299 aa  114  3e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  31.25 
 
 		 294 aa  114  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>