58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2090 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_2090  integrase family protein  100 
 
 		 392 aa  771    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.30003  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0063  integrase family protein  76.15 
 
 		 409 aa  568  1e-161  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1013  integrase domain protein SAM domain protein  38.73 
 
 		 404 aa  236  6e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.256622  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0838  integrase  25 
 
 		 432 aa  106  7e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.116388 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5219  integrase family protein  24.88 
 
 		 406 aa  92.8  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.759008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2366  integrase family protein  24.57 
 
 		 415 aa  84.3  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11843  putative transposase  22.86 
 
 		 416 aa  83.2  0.000000000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.383494  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0952  integrase family protein  24.15 
 
 		 412 aa  76.3  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.571908  normal  0.0199815 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0974  integrase family protein  23.92 
 
 		 430 aa  75.9  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0711773  normal  0.0223597 
 
 
-
 
NC_002950  PG1435  integrase  23.81 
 
 		 408 aa  73.9  0.000000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.102507 
 
 
-
 
NC_002950  PG0819  integrase  23.88 
 
 		 409 aa  73.6  0.000000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1454  integrase  23.88 
 
 		 409 aa  73.6  0.000000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1953  integrase family protein  23.54 
 
 		 405 aa  73.6  0.000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.247559  normal  0.500213 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0145  integrase family protein  23.58 
 
 		 411 aa  73.2  0.000000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.468231  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6168  integrase family protein  26.25 
 
 		 411 aa  72.8  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4202  integrase family protein  26.67 
 
 		 406 aa  67  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5872  integrase family protein  32.47 
 
 		 433 aa  64.3  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.37 
 
 		 296 aa  62.8  0.00000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1173  phage integrase family site specific recombinase  24.91 
 
 		 354 aa  62  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00445  tyrosine type site-specific recombinase  21.64 
 
 		 405 aa  60.5  0.00000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.459489  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.37 
 
 		 294 aa  58.9  0.0000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0608  phage integrase family protein  23.93 
 
 		 348 aa  57  0.0000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4345  phage integrase family protein  22.87 
 
 		 435 aa  55.8  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0676  integrase family protein  23.78 
 
 		 390 aa  55.5  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  26.17 
 
 		 387 aa  54.3  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3281  integrase family protein  28.93 
 
 		 372 aa  54.3  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.739809 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0825  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.18 
 
 		 277 aa  53.9  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0104756  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  25.99 
 
 		 412 aa  53.5  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3995  phage integrase family protein  30.12 
 
 		 415 aa  53.5  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000158235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  29.95 
 
 		 381 aa  52.4  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0539  integrase family protein  20.46 
 
 		 436 aa  52  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.19804 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0211  integrase family protein  25.44 
 
 		 384 aa  51.2  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000967186 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0890  integrase family protein  20.25 
 
 		 436 aa  50.8  0.00004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.304857  normal  0.483711 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1600  phage integrase family protein  24.67 
 
 		 404 aa  49.7  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2069  phage integrase family protein  27.35 
 
 		 419 aa  50.1  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0530977  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3396  integrase family protein  27.4 
 
 		 414 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.194125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0912  integrase/recombinase  26.8 
 
 		 304 aa  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0261382  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0919  integrase family protein  40.3 
 
 		 448 aa  47.4  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.295922  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3091  phage integrase family protein  25.7 
 
 		 384 aa  46.6  0.0007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1462  Tn5520-like integrase (transfer factor)  19.25 
 
 		 402 aa  45.8  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.174557  normal  0.0965208 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5336  integrase family protein  28.31 
 
 		 378 aa  45.8  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.850487 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3433  phage integrase family protein  25.4 
 
 		 345 aa  45.8  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0850  integrase family protein  22.54 
 
 		 429 aa  45.8  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00245  site-specific DNA-methyltransferase  25.29 
 
 		 735 aa  45.4  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.191981  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  27.16 
 
 		 285 aa  45.4  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1378  site-specific recombinase XerD-like  26.86 
 
 		 400 aa  44.7  0.003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.106442  normal  0.166813 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3796  phage integrase family protein  27.41 
 
 		 304 aa  44.7  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2228  integrase family protein  31.86 
 
 		 330 aa  44.3  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.763924 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3505  phage integrase family protein  26.77 
 
 		 330 aa  44.3  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.431904  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5348  integrase family protein  31.86 
 
 		 330 aa  44.3  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.464558 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2008  integrase family protein  31.86 
 
 		 330 aa  44.3  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1914  integrase/recombinase  26.91 
 
 		 304 aa  44.3  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00100079  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  27.72 
 
 		 282 aa  43.5  0.006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2036  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.45 
 
 		 300 aa  43.5  0.007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0541579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1990  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.45 
 
 		 300 aa  43.5  0.007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1970  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.45 
 
 		 300 aa  43.1  0.008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4000  phage integrase family protein  25.65 
 
 		 389 aa  42.7  0.01  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4861  integrase family protein  22.78 
 
 		 380 aa  42.7  0.01  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>