More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0539 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0539  integrase family protein  100 
 
 		 436 aa  905    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.19804 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0890  integrase family protein  94.27 
 
 		 436 aa  857    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.304857  normal  0.483711 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0974  integrase family protein  60.05 
 
 		 430 aa  547  1e-154  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0711773  normal  0.0223597 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4202  integrase family protein  32.86 
 
 		 406 aa  223  4e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2366  integrase family protein  32.45 
 
 		 415 aa  218  2e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0952  integrase family protein  32.49 
 
 		 412 aa  217  2.9999999999999998e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.571908  normal  0.0199815 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5219  integrase family protein  31.45 
 
 		 406 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.759008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0145  integrase family protein  31.6 
 
 		 411 aa  196  7e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.468231  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4345  phage integrase family protein  30.66 
 
 		 435 aa  185  2.0000000000000003e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11843  putative transposase  29.93 
 
 		 416 aa  176  7e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.383494  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1435  integrase  30.97 
 
 		 408 aa  155  1e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.102507 
 
 
-
 
NC_002950  PG1113  integrase  27.1 
 
 		 407 aa  145  2e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0819  integrase  27.38 
 
 		 409 aa  134  3.9999999999999996e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1454  integrase  27.38 
 
 		 409 aa  134  3.9999999999999996e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3248  integrase family protein  25.46 
 
 		 437 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0820  integrase  23.91 
 
 		 400 aa  112  2.0000000000000002e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1453  integrase  23.91 
 
 		 400 aa  112  2.0000000000000002e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0838  integrase  23.74 
 
 		 432 aa  89.7  9e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.116388 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00445  tyrosine type site-specific recombinase  22.88 
 
 		 405 aa  66.6  0.0000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.459489  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0602  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.25 
 
 		 324 aa  64.3  0.000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00926796 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1600  phage integrase family protein  23.4 
 
 		 404 aa  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2069  phage integrase family protein  28.8 
 
 		 419 aa  62.8  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0530977  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1173  phage integrase family site specific recombinase  24.15 
 
 		 354 aa  62.4  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0616  integrase family protein  25.1 
 
 		 394 aa  62  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2671  integrase family protein  27.63 
 
 		 608 aa  61.2  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4727  integrase family protein  27.63 
 
 		 608 aa  61.2  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2584  integrase family protein  27.63 
 
 		 608 aa  61.2  0.00000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4262  integrase family protein  23.65 
 
 		 379 aa  58.5  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0676  integrase family protein  29.37 
 
 		 390 aa  58.9  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5336  integrase family protein  25 
 
 		 378 aa  57.4  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.850487 
 
 
-
 
NC_008696  Tpen_1891  phage integrase family protein  22.95 
 
 		 278 aa  56.2  0.000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1223  Tn554, transposase B  27.86 
 
 		 630 aa  55.1  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.559956  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1346  Tn554, transposase B  27.86 
 
 		 630 aa  55.1  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2507  transposase B  27.86 
 
 		 630 aa  55.1  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0211  integrase family protein  23.33 
 
 		 384 aa  55.1  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000967186 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1750  phage integrase family protein  27.86 
 
 		 630 aa  55.1  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00214495  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1716  phage integrase family protein  27.86 
 
 		 630 aa  55.1  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4000  phage integrase family protein  21.5 
 
 		 389 aa  55.1  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0042  phage integrase family protein  27.86 
 
 		 630 aa  55.1  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0042  phage integrase family protein  27.86 
 
 		 630 aa  55.1  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  31.01 
 
 		 328 aa  55.1  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  25 
 
 		 302 aa  55.1  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.08 
 
 		 296 aa  54.3  0.000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.08 
 
 		 296 aa  54.3  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  24.69 
 
 		 354 aa  54.3  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0677  integrase family protein  31.25 
 
 		 291 aa  54.3  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.92563 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.08 
 
 		 296 aa  54.3  0.000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.48 
 
 		 299 aa  54.7  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  25.67 
 
 		 404 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  28.9 
 
 		 332 aa  54.3  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1934  phage integrase family protein  28.3 
 
 		 297 aa  54.7  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  31.01 
 
 		 328 aa  54.3  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  24.69 
 
 		 354 aa  54.3  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.08 
 
 		 296 aa  54.3  0.000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0401  integrase family protein  31.69 
 
 		 310 aa  53.9  0.000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.74 
 
 		 296 aa  53.9  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.08 
 
 		 296 aa  54.3  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  23.17 
 
 		 325 aa  54.3  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  25.57 
 
 		 300 aa  53.9  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.74 
 
 		 296 aa  53.9  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.74 
 
 		 296 aa  53.5  0.000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7620  integrase family protein  29.27 
 
 		 343 aa  53.1  0.000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.998258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  23.72 
 
 		 305 aa  53.1  0.000009  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1729  hypothetical protein  22.95 
 
 		 404 aa  53.1  0.000009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000763037 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  25.25 
 
 		 300 aa  53.1  0.000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.88 
 
 		 299 aa  52.8  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.88 
 
 		 299 aa  52.8  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2359  integrase family protein  23.53 
 
 		 398 aa  52.4  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.522134  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.88 
 
 		 299 aa  52.8  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.07 
 
 		 298 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  29.14 
 
 		 367 aa  52.8  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.07 
 
 		 298 aa  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  27.07 
 
 		 298 aa  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.07 
 
 		 298 aa  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.07 
 
 		 298 aa  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.74 
 
 		 296 aa  52.4  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.07 
 
 		 298 aa  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.07 
 
 		 298 aa  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4149  integrase family protein  28.24 
 
 		 498 aa  52.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.353708 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  24.31 
 
 		 295 aa  52.4  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.07 
 
 		 298 aa  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.95 
 
 		 313 aa  52.4  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.74 
 
 		 296 aa  52.4  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1133  integrase family protein  25.93 
 
 		 299 aa  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.07 
 
 		 298 aa  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.07 
 
 		 298 aa  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.07 
 
 		 298 aa  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3762  phage integrase  31.08 
 
 		 379 aa  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.288729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.07 
 
 		 298 aa  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3592  phage integrase family protein  23.86 
 
 		 419 aa  52.4  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  30 
 
 		 308 aa  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  27.07 
 
 		 298 aa  52  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.07 
 
 		 298 aa  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2501  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.45 
 
 		 312 aa  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.504706  normal  0.936606 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.14 
 
 		 330 aa  51.6  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.14 
 
 		 296 aa  51.2  0.00003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0582  integrase family protein  50 
 
 		 330 aa  50.8  0.00004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.132855 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  24.59 
 
 		 300 aa  51.2  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3312  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.67 
 
 		 298 aa  51.2  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6955  integrase family protein  28.66 
 
 		 343 aa  50.8  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>