298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5173 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_5173  integrase family protein  100 
 
 		 411 aa  848    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.54702 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1729  hypothetical protein  32.51 
 
 		 404 aa  207  2e-52  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000763037 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1462  Tn5520-like integrase (transfer factor)  33.91 
 
 		 402 aa  199  5e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.174557  normal  0.0965208 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03935  integrase  29.66 
 
 		 406 aa  148  2.0000000000000003e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.439206  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3099  integrase family protein  28.57 
 
 		 441 aa  147  3e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.979662 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5531  integrase family protein  29.23 
 
 		 461 aa  108  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000725821  normal  0.462507 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6168  integrase family protein  24.18 
 
 		 411 aa  105  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1953  integrase family protein  24.7 
 
 		 405 aa  101  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.247559  normal  0.500213 
 
 
-
 
NC_002950  PG0819  integrase  26.03 
 
 		 409 aa  94.7  2e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1454  integrase  26.03 
 
 		 409 aa  94.7  2e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0952  integrase family protein  25.94 
 
 		 412 aa  94  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.571908  normal  0.0199815 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2366  integrase family protein  22.39 
 
 		 415 aa  93.6  5e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5219  integrase family protein  22.33 
 
 		 406 aa  92.4  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.759008  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00445  tyrosine type site-specific recombinase  23.57 
 
 		 405 aa  91.7  2e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.459489  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4202  integrase family protein  25.62 
 
 		 406 aa  88.6  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0974  integrase family protein  23.17 
 
 		 430 aa  76.6  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0711773  normal  0.0223597 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11843  putative transposase  23.8 
 
 		 416 aa  74.7  0.000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.383494  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1768  hypothetical protein  25.71 
 
 		 433 aa  74.3  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00932927 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4345  phage integrase family protein  23.13 
 
 		 435 aa  74.3  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1113  integrase  25.84 
 
 		 407 aa  67.4  0.0000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0820  integrase  24.38 
 
 		 400 aa  65.5  0.000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1453  integrase  24.38 
 
 		 400 aa  65.5  0.000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1173  phage integrase family site specific recombinase  25.34 
 
 		 354 aa  64.3  0.000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  28.4 
 
 		 298 aa  62.4  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  25.82 
 
 		 302 aa  61.6  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  28.86 
 
 		 291 aa  60.5  0.00000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3291  integrase family protein  24.19 
 
 		 450 aa  58.9  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.671392  normal  0.608056 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  28.96 
 
 		 325 aa  58.5  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2069  phage integrase family protein  24.53 
 
 		 419 aa  58.9  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0530977  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  29.11 
 
 		 307 aa  58.2  0.0000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0507  tyrosine recombinase XerD  22.29 
 
 		 339 aa  57.4  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  25.39 
 
 		 315 aa  57.4  0.0000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.44 
 
 		 305 aa  57  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  24.26 
 
 		 297 aa  57.4  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0370  integrase family protein  24.08 
 
 		 332 aa  57  0.0000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.56 
 
 		 298 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  23.4 
 
 		 308 aa  55.8  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  24.03 
 
 		 295 aa  56.2  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  24.3 
 
 		 305 aa  56.2  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3505  phage integrase family protein  23.33 
 
 		 330 aa  55.1  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.431904  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  22.44 
 
 		 304 aa  55.5  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5408  phage integrase family protein  23.34 
 
 		 330 aa  55.5  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123433 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0264  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.96 
 
 		 315 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1239  hypothetical protein  21.95 
 
 		 299 aa  54.7  0.000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.968724 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.39 
 
 		 298 aa  54.7  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  29.24 
 
 		 270 aa  54.3  0.000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2008  integrase family protein  24.11 
 
 		 330 aa  54.3  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  24.58 
 
 		 407 aa  54.3  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5348  integrase family protein  24.11 
 
 		 330 aa  54.3  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.464558 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2228  integrase family protein  24.11 
 
 		 330 aa  54.3  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.763924 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  20.88 
 
 		 319 aa  54.3  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  21.48 
 
 		 298 aa  53.1  0.000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  24.47 
 
 		 295 aa  53.1  0.000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.38 
 
 		 313 aa  52.4  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  27.43 
 
 		 284 aa  52.8  0.00001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  20.82 
 
 		 298 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  23.18 
 
 		 295 aa  52.8  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  23.43 
 
 		 301 aa  52.4  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.9 
 
 		 300 aa  52.8  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2702  site-specific recombinase  22.58 
 
 		 299 aa  52.4  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  28.16 
 
 		 294 aa  52.4  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3082  site-specific tyrosine recombinase XerC  24 
 
 		 306 aa  51.6  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633641  normal  0.120316 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2996  site-specific tyrosine recombinase XerC  24 
 
 		 306 aa  51.6  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0374572 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  21.64 
 
 		 298 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.98 
 
 		 296 aa  52  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.98 
 
 		 296 aa  52  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  23.18 
 
 		 295 aa  51.6  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0530  tyrosine recombinase XerD  22.11 
 
 		 320 aa  51.6  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.931339  normal  0.0955198 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04122  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.2 
 
 		 305 aa  52.4  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  23.18 
 
 		 295 aa  51.6  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3133  site-specific tyrosine recombinase XerC  24 
 
 		 306 aa  51.6  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  22.41 
 
 		 302 aa  52  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  25.45 
 
 		 297 aa  52  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1435  integrase  24.01 
 
 		 408 aa  51.2  0.00003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.102507 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  26.34 
 
 		 295 aa  51.2  0.00003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3665  integrase family protein  23.78 
 
 		 313 aa  51.6  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3104  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.54 
 
 		 306 aa  51.2  0.00004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494742 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  23.42 
 
 		 299 aa  50.8  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.59 
 
 		 299 aa  50.8  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.59 
 
 		 299 aa  50.8  0.00004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  22.59 
 
 		 299 aa  50.8  0.00004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  21.56 
 
 		 321 aa  51.2  0.00004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  24.69 
 
 		 296 aa  50.4  0.00005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.58 
 
 		 296 aa  50.4  0.00005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.58 
 
 		 296 aa  50.4  0.00005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.58 
 
 		 296 aa  50.4  0.00005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.58 
 
 		 296 aa  50.4  0.00005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.58 
 
 		 296 aa  50.4  0.00005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0977  integron integrase  33.33 
 
 		 329 aa  50.8  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.58 
 
 		 296 aa  50.4  0.00005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.58 
 
 		 296 aa  50.4  0.00005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  22.63 
 
 		 297 aa  50.8  0.00005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  20.3 
 
 		 298 aa  50.4  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  20.82 
 
 		 298 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6437  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.6 
 
 		 306 aa  50.4  0.00006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.798094 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.67 
 
 		 299 aa  50.1  0.00007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  20.45 
 
 		 298 aa  50.1  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.26 
 
 		 294 aa  50.1  0.00007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3696  integrase family protein  21.43 
 
 		 334 aa  50.1  0.00007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4006  integrase family protein  21.43 
 
 		 334 aa  50.1  0.00007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>