More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4006 on replicon NC_009957
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009957  Dshi_4006  integrase family protein  100 
 
 		 334 aa  682    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3696  integrase family protein  100 
 
 		 334 aa  682    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0440  phage integrase  61.98 
 
 		 334 aa  423  1e-117  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8116  integrase/recombinase  50.61 
 
 		 335 aa  319  3.9999999999999996e-86  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000851463  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0370  integrase family protein  44.69 
 
 		 332 aa  250  2e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5937  phage integrase family protein  42.51 
 
 		 329 aa  244  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2008  integrase family protein  42.9 
 
 		 330 aa  241  9e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2228  integrase family protein  42.9 
 
 		 330 aa  241  9e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.763924 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5348  integrase family protein  42.9 
 
 		 330 aa  241  9e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.464558 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5408  phage integrase family protein  42.9 
 
 		 330 aa  241  2e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123433 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3505  phage integrase family protein  43.22 
 
 		 330 aa  237  2e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.431904  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0421  integrase family protein  42.68 
 
 		 329 aa  234  1.0000000000000001e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3266  phage integrase family protein  44.16 
 
 		 330 aa  232  6e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.119927  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1273  phage integrase  40.06 
 
 		 331 aa  230  3e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.010146 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4897  integrase family protein  40.37 
 
 		 336 aa  226  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2281  integrase domain-containing protein  56.63 
 
 		 289 aa  226  4e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7458  integrase family protein  41.94 
 
 		 335 aa  225  9e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.259677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0775  integrase family protein  39.75 
 
 		 339 aa  214  1.9999999999999998e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000364623 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4020  phage integrase family protein  41.91 
 
 		 327 aa  213  4.9999999999999996e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4359  integrase family protein  39.06 
 
 		 336 aa  206  5e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2982  integrase family protein  39.06 
 
 		 336 aa  206  5e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1217  integrase family protein  39.06 
 
 		 336 aa  206  5e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4385  integrase family protein  39.06 
 
 		 336 aa  206  5e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0768  integrase family protein  37.42 
 
 		 337 aa  203  3e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000101801 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0245  integrase family protein  39 
 
 		 333 aa  199  6e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0600  phage integrase family protein  35.87 
 
 		 329 aa  193  3e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7593  integrase family protein  36.71 
 
 		 331 aa  187  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0328  integrase family protein  38.98 
 
 		 332 aa  186  7e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.133269 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2031  integrase family protein  38.98 
 
 		 332 aa  186  7e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2399  site-specific recombinase, phage integrase family  38.98 
 
 		 332 aa  186  7e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0509  site-specific recombinase, phage integrase family  38.98 
 
 		 332 aa  186  7e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0667  integrase family protein  38.98 
 
 		 332 aa  186  7e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.580243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0833  site-specific recombinase, phage integrase family  38.98 
 
 		 332 aa  186  7e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7620  integrase family protein  38.67 
 
 		 343 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.998258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6955  integrase family protein  38.33 
 
 		 343 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0738  integrase/recombinase  32.28 
 
 		 340 aa  180  2.9999999999999997e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0713  phage integrase  37 
 
 		 331 aa  177  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1241  phage integrase  34.86 
 
 		 336 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.097797 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0736  integrase/recombinase  33 
 
 		 337 aa  159  7e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  35.31 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  38.13 
 
 		 314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  34.2 
 
 		 309 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  35.29 
 
 		 295 aa  141  1.9999999999999998e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  35.56 
 
 		 317 aa  141  1.9999999999999998e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  32.4 
 
 		 290 aa  139  4.999999999999999e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  32.16 
 
 		 296 aa  139  6e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.71 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  37.25 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  36.3 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  36.63 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  35.86 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  36.9 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1432  tyrosine recombinase XerD  33.86 
 
 		 321 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0895087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  34.14 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.97 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.79 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  36.17 
 
 		 295 aa  134  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1023  integrase family protein  37.25 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0854512  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.99 
 
 		 296 aa  133  5e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  33.55 
 
 		 295 aa  133  5e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.99 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.99 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.99 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.99 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  33.12 
 
 		 292 aa  132  6e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.99 
 
 		 296 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.99 
 
 		 296 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.41 
 
 		 296 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.41 
 
 		 296 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  32.63 
 
 		 297 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0124  phage integrase family protein  32.25 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.776243  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4696  integrase family protein  35.81 
 
 		 306 aa  131  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3458  tyrosine recombinase XerD  33.65 
 
 		 303 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.45 
 
 		 296 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  32.88 
 
 		 295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  33.85 
 
 		 296 aa  129  6e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  32.99 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  33.97 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  30.25 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  34.33 
 
 		 302 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  32.99 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  30.82 
 
 		 307 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2746  tyrosine recombinase XerC  36.65 
 
 		 314 aa  126  4.0000000000000003e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0651  tyrosine recombinase XerD  31.8 
 
 		 297 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0950079  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2366  integrase family protein  36.65 
 
 		 314 aa  126  4.0000000000000003e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.18523  hitchhiker  0.000000198716 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  35.4 
 
 		 294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.24 
 
 		 294 aa  126  5e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8259  integrase/recombinase  34.53 
 
 		 246 aa  126  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.483567  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  32.65 
 
 		 302 aa  126  6e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  33.22 
 
 		 310 aa  126  6e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  34.43 
 
 		 294 aa  125  8.000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  42.41 
 
 		 254 aa  125  1e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  31.51 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0577  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.45 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0855221  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  35.03 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  35.15 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1196  tyrosine recombinase XerD  34.34 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0670859  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  35.17 
 
 		 310 aa  124  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0770  tyrosine recombinase XerD  30.82 
 
 		 303 aa  124  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0646575 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>