More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5408 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5408  phage integrase family protein  100 
 
 		 330 aa  674    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123433 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5348  integrase family protein  79.7 
 
 		 330 aa  561  1.0000000000000001e-159  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.464558 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2008  integrase family protein  79.7 
 
 		 330 aa  561  1.0000000000000001e-159  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2228  integrase family protein  79.7 
 
 		 330 aa  561  1.0000000000000001e-159  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.763924 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3505  phage integrase family protein  78.18 
 
 		 330 aa  546  1e-154  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.431904  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3266  phage integrase family protein  78.48 
 
 		 330 aa  533  1e-150  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.119927  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0370  integrase family protein  58.13 
 
 		 332 aa  396  1e-109  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1273  phage integrase  56.59 
 
 		 331 aa  381  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.010146 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0421  integrase family protein  56.4 
 
 		 329 aa  370  1e-101  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5937  phage integrase family protein  52.48 
 
 		 329 aa  339  4e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4897  integrase family protein  45.87 
 
 		 336 aa  288  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7458  integrase family protein  45.9 
 
 		 335 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.259677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0775  integrase family protein  44.21 
 
 		 339 aa  265  1e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000364623 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0600  phage integrase family protein  43.83 
 
 		 329 aa  261  1e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1217  integrase family protein  41.67 
 
 		 336 aa  258  1e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4385  integrase family protein  41.67 
 
 		 336 aa  258  1e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2982  integrase family protein  41.67 
 
 		 336 aa  258  1e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4359  integrase family protein  41.67 
 
 		 336 aa  258  1e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0768  integrase family protein  41.85 
 
 		 337 aa  250  2e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000101801 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4006  integrase family protein  42.9 
 
 		 334 aa  247  2e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3696  integrase family protein  42.9 
 
 		 334 aa  247  2e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0440  phage integrase  38.85 
 
 		 334 aa  224  2e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8116  integrase/recombinase  38.46 
 
 		 335 aa  222  4.9999999999999996e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000851463  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0245  integrase family protein  39.56 
 
 		 333 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4020  phage integrase family protein  41.95 
 
 		 327 aa  219  3.9999999999999997e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6955  integrase family protein  40.38 
 
 		 343 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7620  integrase family protein  41.4 
 
 		 343 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.998258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7593  integrase family protein  37.58 
 
 		 331 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2031  integrase family protein  36.62 
 
 		 332 aa  195  1e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0509  site-specific recombinase, phage integrase family  36.62 
 
 		 332 aa  195  1e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0328  integrase family protein  36.62 
 
 		 332 aa  195  1e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.133269 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0667  integrase family protein  36.62 
 
 		 332 aa  195  1e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.580243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2399  site-specific recombinase, phage integrase family  36.62 
 
 		 332 aa  195  1e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0833  site-specific recombinase, phage integrase family  36.62 
 
 		 332 aa  195  1e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0713  phage integrase  37.46 
 
 		 331 aa  191  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0738  integrase/recombinase  32.92 
 
 		 340 aa  184  1.0000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0736  integrase/recombinase  32.94 
 
 		 337 aa  178  1e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1241  phage integrase  35.92 
 
 		 336 aa  176  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.097797 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8259  integrase/recombinase  41.63 
 
 		 246 aa  160  4e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.483567  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2281  integrase domain-containing protein  41.97 
 
 		 289 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7121  integrase family protein  53.17 
 
 		 184 aa  131  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  34.44 
 
 		 308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0523  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.78 
 
 		 315 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.221654  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0577  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.9 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0855221  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.23 
 
 		 298 aa  130  5.0000000000000004e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3458  tyrosine recombinase XerD  33.89 
 
 		 303 aa  129  5.0000000000000004e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  31.49 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  33.67 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  31.19 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.39 
 
 		 330 aa  126  4.0000000000000003e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1434  integrase family protein  26.63 
 
 		 342 aa  126  5e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  32.48 
 
 		 298 aa  126  6e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  33.11 
 
 		 309 aa  125  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  32.03 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  34.64 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.29 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.79 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.92 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.6 
 
 		 298 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.65 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.6 
 
 		 298 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.33 
 
 		 311 aa  123  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1313  tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 309 aa  123  5e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  31 
 
 		 296 aa  122  6e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.46 
 
 		 298 aa  122  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  30.85 
 
 		 298 aa  122  6e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  32 
 
 		 299 aa  122  8e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  32 
 
 		 299 aa  122  8e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  32 
 
 		 299 aa  122  8e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  31 
 
 		 296 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  31 
 
 		 296 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  31 
 
 		 296 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  31 
 
 		 296 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  31.72 
 
 		 303 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  35.15 
 
 		 295 aa  122  9.999999999999999e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  32.15 
 
 		 294 aa  122  9.999999999999999e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.67 
 
 		 296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0750  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.33 
 
 		 311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  30.95 
 
 		 290 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1174  tyrosine recombinase XerD  33.45 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.784052  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  35.11 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.8 
 
 		 296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.73 
 
 		 299 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.02 
 
 		 299 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.8 
 
 		 296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.53 
 
 		 298 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.67 
 
 		 300 aa  120  3.9999999999999996e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  31.73 
 
 		 299 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.82 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  31 
 
 		 296 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2478  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.92 
 
 		 322 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0183983 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  33.66 
 
 		 301 aa  119  6e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  31.6 
 
 		 305 aa  119  6e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  30.85 
 
 		 295 aa  119  7e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2654  tyrosine recombinase XerD  32.67 
 
 		 306 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.66 
 
 		 298 aa  119  9e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  31 
 
 		 296 aa  119  9e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  31 
 
 		 296 aa  119  9e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2607  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.92 
 
 		 322 aa  119  9e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1067  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.16 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>