More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8259 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8259  integrase/recombinase  100 
 
 		 246 aa  510  1e-144  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.483567  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7458  integrase family protein  43.24 
 
 		 335 aa  177  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.259677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4897  integrase family protein  42.15 
 
 		 336 aa  167  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0738  integrase/recombinase  37.22 
 
 		 340 aa  166  2.9999999999999998e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0736  integrase/recombinase  39.66 
 
 		 337 aa  165  5.9999999999999996e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5408  phage integrase family protein  41.63 
 
 		 330 aa  158  8e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123433 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3505  phage integrase family protein  44.28 
 
 		 330 aa  155  4e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.431904  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5348  integrase family protein  44.22 
 
 		 330 aa  156  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.464558 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2008  integrase family protein  44.22 
 
 		 330 aa  156  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2228  integrase family protein  44.22 
 
 		 330 aa  156  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.763924 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0421  integrase family protein  38.89 
 
 		 329 aa  155  5.0000000000000005e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4385  integrase family protein  39.46 
 
 		 336 aa  155  8e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2982  integrase family protein  39.46 
 
 		 336 aa  155  8e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4359  integrase family protein  39.46 
 
 		 336 aa  155  8e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1217  integrase family protein  39.46 
 
 		 336 aa  155  8e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1273  phage integrase  42.08 
 
 		 331 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.010146 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0245  integrase family protein  38.46 
 
 		 333 aa  149  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7620  integrase family protein  37.22 
 
 		 343 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.998258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6955  integrase family protein  37.22 
 
 		 343 aa  146  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3266  phage integrase family protein  42.79 
 
 		 330 aa  145  6e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.119927  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2281  integrase domain-containing protein  40.62 
 
 		 289 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8116  integrase/recombinase  35.56 
 
 		 335 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000851463  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0370  integrase family protein  39.02 
 
 		 332 aa  136  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5937  phage integrase family protein  37.26 
 
 		 329 aa  137  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4020  phage integrase family protein  39.45 
 
 		 327 aa  136  4e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0600  phage integrase family protein  36.97 
 
 		 329 aa  131  7.999999999999999e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2216  integrase family protein  32.38 
 
 		 349 aa  126  3e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000229864 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3696  integrase family protein  34.53 
 
 		 334 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4006  integrase family protein  34.53 
 
 		 334 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0440  phage integrase  35.56 
 
 		 334 aa  125  5e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0775  integrase family protein  36.63 
 
 		 339 aa  125  8.000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000364623 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1335  Integrase  34.19 
 
 		 351 aa  124  1e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.128026  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0310  Integrase  34.19 
 
 		 351 aa  124  1e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.004878  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1806  Integrase  34.19 
 
 		 351 aa  124  1e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0548075  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0030  Integrase  34.19 
 
 		 351 aa  124  1e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0264646  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1241  phage integrase  31.44 
 
 		 336 aa  122  7e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.097797 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7593  integrase family protein  36.36 
 
 		 331 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0768  integrase family protein  34.09 
 
 		 337 aa  119  3.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000101801 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0713  phage integrase  36 
 
 		 331 aa  119  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0833  site-specific recombinase, phage integrase family  33.78 
 
 		 332 aa  112  8.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0667  integrase family protein  33.78 
 
 		 332 aa  112  8.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.580243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2399  site-specific recombinase, phage integrase family  33.78 
 
 		 332 aa  112  8.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2031  integrase family protein  33.78 
 
 		 332 aa  112  8.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0328  integrase family protein  33.78 
 
 		 332 aa  112  8.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.133269 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0509  site-specific recombinase, phage integrase family  33.78 
 
 		 332 aa  112  8.000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3694  integrase family protein  27.71 
 
 		 348 aa  91.3  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1434  integrase family protein  30.92 
 
 		 342 aa  90.1  3e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1762  phage/XerD family site-specific recombinase  30.74 
 
 		 338 aa  87  3e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  34.34 
 
 		 310 aa  86.3  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2241  integrase family protein  30.56 
 
 		 345 aa  85.5  8e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.640527  hitchhiker  0.000757999 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2844  integrase family protein  26.21 
 
 		 329 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  33.47 
 
 		 313 aa  82.8  0.000000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  29.73 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  29.25 
 
 		 290 aa  81.6  0.00000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  31.71 
 
 		 302 aa  80.5  0.00000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0726  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.2 
 
 		 333 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218987  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  30.92 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.74 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.1 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.88 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.88 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  30 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5117  tyrosine recombinase XerD  32.56 
 
 		 327 aa  79.3  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.843466 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  31.12 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  29.07 
 
 		 305 aa  79.3  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  31.22 
 
 		 302 aa  79  0.00000000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  31.16 
 
 		 297 aa  79  0.00000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.22 
 
 		 298 aa  79  0.00000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.49 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.49 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  29.67 
 
 		 317 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.52 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  30.18 
 
 		 293 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  29.44 
 
 		 298 aa  78.2  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.49 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.49 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.49 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.03 
 
 		 330 aa  77  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.49 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.49 
 
 		 296 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.92 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  32.21 
 
 		 297 aa  77.4  0.0000000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  29.54 
 
 		 319 aa  76.6  0.0000000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  29.28 
 
 		 293 aa  76.3  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  30.62 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.22 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0737  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.7 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.088128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5891  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.16 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.51818 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  30.73 
 
 		 302 aa  75.9  0.0000000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  28.64 
 
 		 294 aa  75.9  0.0000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.57 
 
 		 302 aa  75.5  0.0000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2607  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.21 
 
 		 322 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2583  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.21 
 
 		 318 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1948  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.21 
 
 		 318 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2559  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.21 
 
 		 318 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  30.99 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0319  tyrosine recombinase XerD  29.47 
 
 		 307 aa  74.3  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.944891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  29.67 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2478  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.21 
 
 		 322 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0183983 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  33.97 
 
 		 317 aa  74.3  0.000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>