More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0775 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0775  integrase family protein  100 
 
 		 339 aa  684    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000364623 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0768  integrase family protein  69.97 
 
 		 337 aa  453  1.0000000000000001e-126  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000101801 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7458  integrase family protein  55.49 
 
 		 335 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.259677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4897  integrase family protein  54.55 
 
 		 336 aa  354  1e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0421  integrase family protein  46.65 
 
 		 329 aa  278  1e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0370  integrase family protein  45.92 
 
 		 332 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5348  integrase family protein  44.75 
 
 		 330 aa  265  8e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.464558 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2008  integrase family protein  44.75 
 
 		 330 aa  265  8e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2228  integrase family protein  44.75 
 
 		 330 aa  265  8e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.763924 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3505  phage integrase family protein  44.44 
 
 		 330 aa  263  4e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.431904  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5408  phage integrase family protein  44.21 
 
 		 330 aa  262  8e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123433 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5937  phage integrase family protein  41.9 
 
 		 329 aa  259  3e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1273  phage integrase  41.46 
 
 		 331 aa  251  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.010146 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3266  phage integrase family protein  44.14 
 
 		 330 aa  243  3.9999999999999997e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.119927  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0440  phage integrase  39.44 
 
 		 334 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8116  integrase/recombinase  39.26 
 
 		 335 aa  224  2e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000851463  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4359  integrase family protein  41.02 
 
 		 336 aa  223  2e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1217  integrase family protein  41.02 
 
 		 336 aa  223  2e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2982  integrase family protein  41.02 
 
 		 336 aa  223  2e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4385  integrase family protein  41.02 
 
 		 336 aa  223  2e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3696  integrase family protein  39.75 
 
 		 334 aa  218  1e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4006  integrase family protein  39.75 
 
 		 334 aa  218  1e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0245  integrase family protein  37.27 
 
 		 333 aa  208  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4020  phage integrase family protein  41.88 
 
 		 327 aa  206  3e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0600  phage integrase family protein  36.59 
 
 		 329 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6955  integrase family protein  36.39 
 
 		 343 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0833  site-specific recombinase, phage integrase family  35.28 
 
 		 332 aa  191  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2031  integrase family protein  35.28 
 
 		 332 aa  191  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0667  integrase family protein  35.28 
 
 		 332 aa  191  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.580243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2399  site-specific recombinase, phage integrase family  35.28 
 
 		 332 aa  191  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0509  site-specific recombinase, phage integrase family  35.28 
 
 		 332 aa  191  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0328  integrase family protein  35.28 
 
 		 332 aa  191  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.133269 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7620  integrase family protein  36.87 
 
 		 343 aa  190  4e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.998258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7593  integrase family protein  35.8 
 
 		 331 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1241  phage integrase  35.74 
 
 		 336 aa  188  1e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.097797 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0713  phage integrase  36 
 
 		 331 aa  186  4e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0738  integrase/recombinase  34.31 
 
 		 340 aa  176  6e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0736  integrase/recombinase  31.45 
 
 		 337 aa  167  2.9999999999999998e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1434  integrase family protein  30.38 
 
 		 342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2216  integrase family protein  31.1 
 
 		 349 aa  132  7.999999999999999e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000229864 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2281  integrase domain-containing protein  35.75 
 
 		 289 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8259  integrase/recombinase  36.63 
 
 		 246 aa  125  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.483567  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  34.93 
 
 		 310 aa  124  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.36 
 
 		 298 aa  122  8e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  32.27 
 
 		 309 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2241  integrase family protein  26.03 
 
 		 345 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.640527  hitchhiker  0.000757999 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  31.27 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3550  integrase family protein  31.35 
 
 		 324 aa  119  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.67 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.79 
 
 		 298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.97 
 
 		 299 aa  116  5e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  33.11 
 
 		 313 aa  116  5e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.11 
 
 		 318 aa  116  6e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1489  tyrosine recombinase XerD  35.67 
 
 		 313 aa  116  6e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.966498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.11 
 
 		 318 aa  116  6e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 310 aa  116  6.9999999999999995e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  33.12 
 
 		 318 aa  115  7.999999999999999e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.11 
 
 		 318 aa  115  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.12 
 
 		 298 aa  115  8.999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1201  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.99 
 
 		 321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731595  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  31.86 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  34.69 
 
 		 324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.56 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  33.79 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.56 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0010  tyrosine recombinase XerC  28.47 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  31.45 
 
 		 306 aa  114  3e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  32.64 
 
 		 310 aa  114  3e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  32.17 
 
 		 293 aa  114  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  33.12 
 
 		 319 aa  113  4.0000000000000004e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  34.53 
 
 		 317 aa  113  5e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  28.19 
 
 		 291 aa  113  5e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  31.02 
 
 		 308 aa  113  6e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  31.97 
 
 		 302 aa  113  6e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  31.38 
 
 		 332 aa  113  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.69 
 
 		 313 aa  113  6e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  32.27 
 
 		 294 aa  113  6e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  31.35 
 
 		 317 aa  112  6e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.77 
 
 		 314 aa  112  8.000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  32.52 
 
 		 293 aa  112  9e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.59 
 
 		 298 aa  112  9e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.56 
 
 		 298 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  31.54 
 
 		 362 aa  112  9e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  34.12 
 
 		 311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  32.42 
 
 		 335 aa  111  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  31.29 
 
 		 296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  31.14 
 
 		 292 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.84 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2809  phage integrase family protein  34.01 
 
 		 311 aa  110  3e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  30.07 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  32.75 
 
 		 295 aa  110  4.0000000000000004e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3694  integrase family protein  27.16 
 
 		 348 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.56 
 
 		 298 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  27.46 
 
 		 302 aa  109  7.000000000000001e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  31.65 
 
 		 346 aa  109  7.000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  32.17 
 
 		 302 aa  109  7.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  29.39 
 
 		 295 aa  109  8.000000000000001e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  29.35 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  31.27 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  31.27 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>