More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1241 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1241  phage integrase  100 
 
 		 336 aa  696    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.097797 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1217  integrase family protein  39.76 
 
 		 336 aa  251  1e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4385  integrase family protein  39.76 
 
 		 336 aa  251  1e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2982  integrase family protein  39.76 
 
 		 336 aa  251  1e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4359  integrase family protein  39.76 
 
 		 336 aa  251  1e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7593  integrase family protein  37.31 
 
 		 331 aa  230  3e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0667  integrase family protein  38.23 
 
 		 332 aa  227  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.580243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0509  site-specific recombinase, phage integrase family  38.23 
 
 		 332 aa  227  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0328  integrase family protein  38.23 
 
 		 332 aa  227  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.133269 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0833  site-specific recombinase, phage integrase family  38.23 
 
 		 332 aa  227  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2031  integrase family protein  38.23 
 
 		 332 aa  227  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2399  site-specific recombinase, phage integrase family  38.23 
 
 		 332 aa  227  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0713  phage integrase  38.84 
 
 		 331 aa  221  9.999999999999999e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7620  integrase family protein  38.05 
 
 		 343 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.998258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6955  integrase family protein  38.6 
 
 		 343 aa  220  3e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0245  integrase family protein  37.98 
 
 		 333 aa  216  4e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4020  phage integrase family protein  39.6 
 
 		 327 aa  212  7.999999999999999e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4897  integrase family protein  36.91 
 
 		 336 aa  195  9e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7458  integrase family protein  38.03 
 
 		 335 aa  195  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.259677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0775  integrase family protein  36.06 
 
 		 339 aa  189  5.999999999999999e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000364623 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8116  integrase/recombinase  36.51 
 
 		 335 aa  181  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000851463  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0370  integrase family protein  34.43 
 
 		 332 aa  179  7e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0768  integrase family protein  36.75 
 
 		 337 aa  178  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000101801 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1273  phage integrase  33.77 
 
 		 331 aa  177  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.010146 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0738  integrase/recombinase  30.18 
 
 		 340 aa  173  3.9999999999999995e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3505  phage integrase family protein  32.73 
 
 		 330 aa  173  3.9999999999999995e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.431904  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2008  integrase family protein  33.63 
 
 		 330 aa  171  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2228  integrase family protein  33.63 
 
 		 330 aa  171  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.763924 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5348  integrase family protein  33.63 
 
 		 330 aa  171  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.464558 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5408  phage integrase family protein  35.92 
 
 		 330 aa  168  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123433 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3696  integrase family protein  34.86 
 
 		 334 aa  167  2e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4006  integrase family protein  34.86 
 
 		 334 aa  167  2e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0440  phage integrase  32.86 
 
 		 334 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0421  integrase family protein  33 
 
 		 329 aa  164  3e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0736  integrase/recombinase  28.91 
 
 		 337 aa  159  9e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0600  phage integrase family protein  33.43 
 
 		 329 aa  155  7e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3266  phage integrase family protein  32.25 
 
 		 330 aa  155  9e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.119927  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5937  phage integrase family protein  30.56 
 
 		 329 aa  150  3e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2281  integrase domain-containing protein  30.88 
 
 		 289 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1434  integrase family protein  28.19 
 
 		 342 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  31.14 
 
 		 293 aa  124  3e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  31.65 
 
 		 294 aa  122  8e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8259  integrase/recombinase  31.44 
 
 		 246 aa  122  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.483567  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2241  integrase family protein  28.48 
 
 		 345 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.640527  hitchhiker  0.000757999 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  31.01 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  33.67 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  28.57 
 
 		 296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  29.87 
 
 		 332 aa  118  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.24 
 
 		 300 aa  119  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  31.7 
 
 		 305 aa  118  1.9999999999999998e-25  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1023  integrase family protein  30.34 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0854512  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  31.56 
 
 		 320 aa  117  3.9999999999999997e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  30.31 
 
 		 294 aa  116  5e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  32.23 
 
 		 294 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  28.21 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  30.94 
 
 		 346 aa  115  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  29.53 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  30.7 
 
 		 362 aa  114  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  30.95 
 
 		 310 aa  114  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3694  integrase family protein  26.97 
 
 		 348 aa  113  5e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.68 
 
 		 298 aa  112  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.49 
 
 		 302 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  32.76 
 
 		 302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  27.21 
 
 		 296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  28.08 
 
 		 294 aa  110  3e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  30.72 
 
 		 294 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  31.53 
 
 		 313 aa  109  5e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  31.72 
 
 		 295 aa  109  6e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.67 
 
 		 294 aa  109  6e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  30.48 
 
 		 297 aa  109  6e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.96 
 
 		 298 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  30.98 
 
 		 295 aa  109  7.000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  30.67 
 
 		 318 aa  109  7.000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0688  integrase family protein  29.36 
 
 		 336 aa  109  7.000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  27.87 
 
 		 308 aa  109  8.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  30.46 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3458  tyrosine recombinase XerD  31.51 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.664548  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  30.67 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  28.37 
 
 		 291 aa  108  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1906  integrase family protein  31.03 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.713326  normal  0.217947 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  31.88 
 
 		 309 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  30.03 
 
 		 317 aa  108  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  31.88 
 
 		 309 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1585  site-specific recombinase XerD-like  31.74 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.264485  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  28.28 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  28.76 
 
 		 306 aa  107  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  31.88 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  28.28 
 
 		 302 aa  107  4e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1337  tyrosine recombinase XerC  28.28 
 
 		 298 aa  106  4e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0149085  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1312  tyrosine recombinase XerC  28.28 
 
 		 298 aa  106  4e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.199373  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.16 
 
 		 298 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  30.82 
 
 		 315 aa  106  5e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.13 
 
 		 298 aa  106  6e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  28.81 
 
 		 297 aa  106  7e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  30.38 
 
 		 314 aa  105  9e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.42 
 
 		 299 aa  105  9e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1241  tyrosine recombinase XerD  28.03 
 
 		 311 aa  105  9e-22  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.657845  normal  0.578091 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1915  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.75 
 
 		 345 aa  105  1e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.279776  hitchhiker  0.00138491 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  29.07 
 
 		 296 aa  105  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>