More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4897 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_4897  integrase family protein  100 
 
 		 336 aa  688    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7458  integrase family protein  52.76 
 
 		 335 aa  350  3e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.259677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0775  integrase family protein  54.55 
 
 		 339 aa  343  2e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000364623 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0768  integrase family protein  51.08 
 
 		 337 aa  327  2.0000000000000001e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000101801 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0421  integrase family protein  47.09 
 
 		 329 aa  308  1.0000000000000001e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1273  phage integrase  45.99 
 
 		 331 aa  291  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.010146 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0370  integrase family protein  46.01 
 
 		 332 aa  291  1e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5348  integrase family protein  45.99 
 
 		 330 aa  285  1.0000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.464558 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2228  integrase family protein  45.99 
 
 		 330 aa  285  1.0000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.763924 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3505  phage integrase family protein  46.3 
 
 		 330 aa  284  1.0000000000000001e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.431904  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2008  integrase family protein  45.99 
 
 		 330 aa  285  1.0000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5937  phage integrase family protein  43.56 
 
 		 329 aa  283  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5408  phage integrase family protein  45.87 
 
 		 330 aa  281  8.000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123433 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3266  phage integrase family protein  46.18 
 
 		 330 aa  268  1e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.119927  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8116  integrase/recombinase  39.63 
 
 		 335 aa  235  8e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000851463  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0440  phage integrase  37.77 
 
 		 334 aa  231  1e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0600  phage integrase family protein  38.72 
 
 		 329 aa  229  6e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4006  integrase family protein  40.37 
 
 		 334 aa  226  3e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3696  integrase family protein  40.37 
 
 		 334 aa  226  3e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0245  integrase family protein  39.88 
 
 		 333 aa  223  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2982  integrase family protein  39.76 
 
 		 336 aa  221  9.999999999999999e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4385  integrase family protein  39.76 
 
 		 336 aa  221  9.999999999999999e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4359  integrase family protein  39.76 
 
 		 336 aa  221  9.999999999999999e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1217  integrase family protein  39.76 
 
 		 336 aa  221  9.999999999999999e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4020  phage integrase family protein  40.45 
 
 		 327 aa  216  4e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6955  integrase family protein  39.1 
 
 		 343 aa  202  9e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7620  integrase family protein  38.78 
 
 		 343 aa  197  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.998258  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7593  integrase family protein  34.37 
 
 		 331 aa  196  6e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0833  site-specific recombinase, phage integrase family  35.98 
 
 		 332 aa  195  7e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0328  integrase family protein  35.98 
 
 		 332 aa  195  7e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.133269 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2031  integrase family protein  35.98 
 
 		 332 aa  195  7e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2399  site-specific recombinase, phage integrase family  35.98 
 
 		 332 aa  195  7e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0509  site-specific recombinase, phage integrase family  35.98 
 
 		 332 aa  195  7e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0667  integrase family protein  35.98 
 
 		 332 aa  195  7e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.580243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1241  phage integrase  36.91 
 
 		 336 aa  195  9e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.097797 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0736  integrase/recombinase  33.33 
 
 		 337 aa  191  2e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0713  phage integrase  35.49 
 
 		 331 aa  187  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8259  integrase/recombinase  42.15 
 
 		 246 aa  167  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.483567  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0738  integrase/recombinase  31.8 
 
 		 340 aa  167  2e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2281  integrase domain-containing protein  39.8 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  32.61 
 
 		 298 aa  133  3e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  31.31 
 
 		 298 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  32.99 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  32.99 
 
 		 293 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.45 
 
 		 298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2241  integrase family protein  28.75 
 
 		 345 aa  120  3e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.640527  hitchhiker  0.000757999 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1434  integrase family protein  29.63 
 
 		 342 aa  120  3e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  28.76 
 
 		 303 aa  119  4.9999999999999996e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  32.58 
 
 		 302 aa  119  7.999999999999999e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.52 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.52 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.52 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.52 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.87 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.52 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.52 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.52 
 
 		 296 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  33.55 
 
 		 313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.52 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3694  integrase family protein  27.64 
 
 		 348 aa  116  5e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.52 
 
 		 296 aa  116  6e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.52 
 
 		 296 aa  116  6e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  31.77 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  33.22 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0124  phage integrase family protein  29.49 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.776243  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  29.28 
 
 		 332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  31.42 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.19 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  30.54 
 
 		 295 aa  114  3e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  30.54 
 
 		 295 aa  114  3e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.31 
 
 		 298 aa  112  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  32.71 
 
 		 308 aa  113  6e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  32.62 
 
 		 310 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  30.2 
 
 		 307 aa  112  9e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  31.06 
 
 		 308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1239  hypothetical protein  34.22 
 
 		 299 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.968724 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.49 
 
 		 299 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.52 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.54 
 
 		 298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  32.08 
 
 		 295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1383  integrase family protein  32.12 
 
 		 299 aa  111  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00162011  normal  0.640047 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  32.42 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  30.3 
 
 		 307 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.65 
 
 		 298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0602  phage integrase family protein  31.68 
 
 		 317 aa  110  3e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00243284  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  29.01 
 
 		 302 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  31.19 
 
 		 298 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.57 
 
 		 298 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  30.93 
 
 		 298 aa  110  4.0000000000000004e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  31.23 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  28.66 
 
 		 302 aa  109  5e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  30.03 
 
 		 295 aa  109  6e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.54 
 
 		 298 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  32.54 
 
 		 305 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  29.69 
 
 		 296 aa  109  8.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  29.19 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1827  tyrosine recombinase XerD  30.56 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  26.89 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  29.35 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  30.2 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>