More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1273 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1273  phage integrase  100 
 
 		 331 aa  674    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.010146 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3505  phage integrase family protein  58.01 
 
 		 330 aa  377  1e-103  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.431904  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2008  integrase family protein  56.8 
 
 		 330 aa  377  1e-103  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.461761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5348  integrase family protein  56.8 
 
 		 330 aa  377  1e-103  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.464558 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2228  integrase family protein  56.8 
 
 		 330 aa  377  1e-103  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.763924 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5408  phage integrase family protein  56.59 
 
 		 330 aa  372  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123433 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3266  phage integrase family protein  57.4 
 
 		 330 aa  368  1e-101  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.119927  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0421  integrase family protein  54.43 
 
 		 329 aa  354  1e-96  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0370  integrase family protein  54.52 
 
 		 332 aa  346  3e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5937  phage integrase family protein  48.45 
 
 		 329 aa  313  2.9999999999999996e-84  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4897  integrase family protein  45.99 
 
 		 336 aa  291  1e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7458  integrase family protein  44.38 
 
 		 335 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.259677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0600  phage integrase family protein  43.43 
 
 		 329 aa  254  1.0000000000000001e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0768  integrase family protein  43.69 
 
 		 337 aa  249  4e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000101801 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0775  integrase family protein  41.46 
 
 		 339 aa  247  2e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000364623 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4359  integrase family protein  40.48 
 
 		 336 aa  239  5e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1217  integrase family protein  40.48 
 
 		 336 aa  239  5e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2982  integrase family protein  40.48 
 
 		 336 aa  239  5e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4385  integrase family protein  40.48 
 
 		 336 aa  239  5e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3696  integrase family protein  40.06 
 
 		 334 aa  230  3e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4006  integrase family protein  40.06 
 
 		 334 aa  230  3e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0440  phage integrase  36.28 
 
 		 334 aa  212  7.999999999999999e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0245  integrase family protein  38.14 
 
 		 333 aa  210  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8116  integrase/recombinase  34.47 
 
 		 335 aa  207  3e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000851463  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6955  integrase family protein  38.26 
 
 		 343 aa  197  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7620  integrase family protein  38.46 
 
 		 343 aa  193  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.998258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4020  phage integrase family protein  38.24 
 
 		 327 aa  192  1e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7593  integrase family protein  35.91 
 
 		 331 aa  188  9e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0736  integrase/recombinase  32.94 
 
 		 337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0509  site-specific recombinase, phage integrase family  34.76 
 
 		 332 aa  181  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0328  integrase family protein  34.76 
 
 		 332 aa  181  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.133269 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0833  site-specific recombinase, phage integrase family  34.76 
 
 		 332 aa  181  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0713  phage integrase  35.15 
 
 		 331 aa  181  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2031  integrase family protein  34.76 
 
 		 332 aa  181  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0667  integrase family protein  34.76 
 
 		 332 aa  181  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.580243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2399  site-specific recombinase, phage integrase family  34.76 
 
 		 332 aa  181  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1241  phage integrase  33.77 
 
 		 336 aa  177  3e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.097797 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0738  integrase/recombinase  30.41 
 
 		 340 aa  159  6e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8259  integrase/recombinase  42.08 
 
 		 246 aa  152  8.999999999999999e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.483567  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7121  integrase family protein  53.03 
 
 		 184 aa  135  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2281  integrase domain-containing protein  38.8 
 
 		 289 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  35.12 
 
 		 309 aa  127  3e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.57 
 
 		 298 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.31 
 
 		 298 aa  123  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.09 
 
 		 298 aa  123  5e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.11 
 
 		 298 aa  122  8e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  30.84 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.15 
 
 		 298 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  29.54 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4151  site-specific tyrosine recombinase XerD  32 
 
 		 298 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.596099 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.68 
 
 		 298 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.68 
 
 		 298 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.01 
 
 		 298 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.25 
 
 		 298 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  31.96 
 
 		 298 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  33.45 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.67 
 
 		 297 aa  115  7.999999999999999e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  30.82 
 
 		 308 aa  115  8.999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2216  integrase family protein  28.03 
 
 		 349 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000229864 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1434  integrase family protein  27.12 
 
 		 342 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0577  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.88 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0855221  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0748  tyrosine recombinase XerD  31.99 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.50433  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  30.95 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  30.56 
 
 		 295 aa  114  3e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2241  integrase family protein  27.54 
 
 		 345 aa  113  3e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.640527  hitchhiker  0.000757999 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  30.56 
 
 		 295 aa  114  3e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.43 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0523  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.8 
 
 		 315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.221654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.19 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  32.88 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  30.11 
 
 		 298 aa  112  6e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.43 
 
 		 296 aa  112  6e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.43 
 
 		 296 aa  112  6e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1624  phage/XerD family site-specific recombinase  30.12 
 
 		 341 aa  113  6e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.389199 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.43 
 
 		 296 aa  112  6e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.43 
 
 		 296 aa  112  6e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.1 
 
 		 296 aa  112  9e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.1 
 
 		 296 aa  112  9e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2544  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.56 
 
 		 308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  28.81 
 
 		 305 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.23 
 
 		 299 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  30 
 
 		 302 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.67 
 
 		 296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  30.52 
 
 		 305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  31.37 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.21 
 
 		 294 aa  110  3e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1971  tyrosine recombinase XerD subunit  30.84 
 
 		 309 aa  110  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000860406  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0750  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.13 
 
 		 311 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3694  integrase family protein  26.97 
 
 		 348 aa  110  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.26 
 
 		 311 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.33 
 
 		 296 aa  109  5e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  40.78 
 
 		 254 aa  109  5e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.33 
 
 		 296 aa  109  5e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0519  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.05 
 
 		 302 aa  109  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0998774  normal  0.238721 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  31.29 
 
 		 295 aa  109  6e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.67 
 
 		 299 aa  109  6e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11080  phage integrase family protein  27.24 
 
 		 310 aa  109  8.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0105178  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0319  tyrosine recombinase XerD  30.2 
 
 		 307 aa  109  8.000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.944891  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  32.32 
 
 		 299 aa  108  9.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>