More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_4727 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_2584  integrase family protein  99.84 
 
 		 608 aa  1252    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4727  integrase family protein  100 
 
 		 608 aa  1255    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2671  integrase family protein  99.84 
 
 		 608 aa  1252    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1238  integrase family protein  47.62 
 
 		 617 aa  495  1e-139  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.375916 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2521  integrase family protein  47.62 
 
 		 617 aa  495  1e-139  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000524212  hitchhiker  0.00558917 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5498  phage integrase family protein  29.31 
 
 		 647 aa  198  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0714023 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0456  phage integrase family protein  29.31 
 
 		 647 aa  198  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3588  phage integrase family protein  29.31 
 
 		 647 aa  198  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00892563 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1114  phage integrase family protein  29.09 
 
 		 637 aa  197  3e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4644  phage integrase family protein  28.5 
 
 		 637 aa  191  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3615  integrase family protein  32.77 
 
 		 638 aa  145  1e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00140934  normal  0.0339314 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5578  phage integrase  30.75 
 
 		 721 aa  104  4e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1705  phage integrase family protein  30.75 
 
 		 737 aa  104  4e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.602648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5981  phage integrase family protein  30.75 
 
 		 721 aa  104  4e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.259227 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1750  phage integrase family protein  25.19 
 
 		 630 aa  102  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00214495  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1223  Tn554, transposase B  25.19 
 
 		 630 aa  102  2e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.559956  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1346  Tn554, transposase B  25.19 
 
 		 630 aa  102  2e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2507  transposase B  25.19 
 
 		 630 aa  102  2e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0042  phage integrase family protein  25.19 
 
 		 630 aa  102  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0042  phage integrase family protein  25.19 
 
 		 630 aa  102  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1716  phage integrase family protein  25.19 
 
 		 630 aa  102  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4149  integrase family protein  25.94 
 
 		 498 aa  99.8  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.353708 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2146  phage integrase family protein  29.8 
 
 		 663 aa  97.8  4e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4539  transposase B  23.65 
 
 		 637 aa  94  7e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  24.5 
 
 		 296 aa  91.3  5e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  31.63 
 
 		 317 aa  90.9  6e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1312  tyrosine recombinase XerC  24.74 
 
 		 298 aa  90.5  8e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.199373  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1337  tyrosine recombinase XerC  24.74 
 
 		 298 aa  90.5  8e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0149085  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2670  integrase family protein  27.73 
 
 		 324 aa  90.5  8e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4728  integrase family protein  27.73 
 
 		 324 aa  90.5  8e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2585  integrase family protein  27.73 
 
 		 324 aa  90.5  8e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0987  Tn554-related, transposase B  25.16 
 
 		 708 aa  90.5  9e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.376449  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  26.26 
 
 		 299 aa  88.6  3e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06600  site-specific recombinase, integrase family  25.81 
 
 		 491 aa  88.6  3e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0101148  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  28.76 
 
 		 309 aa  87.4  6e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20690  site-specific recombinase, integrase family  26.25 
 
 		 426 aa  87.8  6e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0098  integrase family protein  28.14 
 
 		 298 aa  87.4  7e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3148  Tn554-related, transposase B  25 
 
 		 701 aa  85.1  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0001  Tn554-related, transposase B  24.74 
 
 		 684 aa  85.5  0.000000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.289716  n/a   
 
 
-
 
NC_013386  Adeg_2179  integrase family protein  26.67 
 
 		 288 aa  84.7  0.000000000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.353401  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  27.34 
 
 		 282 aa  84.7  0.000000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  31.82 
 
 		 308 aa  84.3  0.000000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.76 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1133  integrase family protein  33.33 
 
 		 299 aa  83.6  0.00000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  34.41 
 
 		 298 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.76 
 
 		 299 aa  83.6  0.00000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1178  tyrosine recombinase XerC subunit  25.56 
 
 		 300 aa  82.8  0.00000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  25.18 
 
 		 290 aa  82.4  0.00000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05531  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.11 
 
 		 347 aa  82  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1556  integrase family protein  24.83 
 
 		 307 aa  82  0.00000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.36987  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.87 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.14 
 
 		 298 aa  80.5  0.00000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1201  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.38 
 
 		 321 aa  80.1  0.0000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.731595  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.16 
 
 		 298 aa  79.3  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0775  phage integrase family protein  28.47 
 
 		 286 aa  79.3  0.0000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0341069  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  27.8 
 
 		 295 aa  79.7  0.0000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.69 
 
 		 300 aa  79  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1390  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.5 
 
 		 328 aa  79.3  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000179914  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  26.18 
 
 		 298 aa  79.3  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0116  Phage integrase, N-terminal SAM- like  30.3 
 
 		 309 aa  79  0.0000000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  27.02 
 
 		 302 aa  79  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  26.25 
 
 		 295 aa  78.2  0.0000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  26.25 
 
 		 295 aa  78.2  0.0000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23640  tyrosine recombinase XerC subunit  27.46 
 
 		 310 aa  78.2  0.0000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.154193  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  27.52 
 
 		 302 aa  77.8  0.0000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1906  integrase family protein  26.17 
 
 		 295 aa  77.8  0.0000000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.713326  normal  0.217947 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0795  phage integrase family protein  27.74 
 
 		 283 aa  77.4  0.0000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5643  tyrosine recombinase XerD  29.95 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.776137 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  28.01 
 
 		 277 aa  77.4  0.0000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  29.02 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.46 
 
 		 296 aa  76.6  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  29.39 
 
 		 310 aa  76.6  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2986  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.29 
 
 		 318 aa  77  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0431132 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.15 
 
 		 299 aa  77  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0173  tyrosine recombinase XerD  31.25 
 
 		 309 aa  76.3  0.000000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.861385  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  27.08 
 
 		 302 aa  76.3  0.000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2942  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.29 
 
 		 318 aa  77  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1521  tyrosine recombinase XerD  29.9 
 
 		 346 aa  77  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.531713  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  31.25 
 
 		 308 aa  76.6  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.46 
 
 		 296 aa  76.6  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2957  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.96 
 
 		 318 aa  75.5  0.000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.271721  normal  0.636956 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  27.6 
 
 		 302 aa  76.3  0.000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  30.11 
 
 		 313 aa  75.9  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.64 
 
 		 299 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  28.95 
 
 		 284 aa  75.9  0.000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008696  Tpen_1891  phage integrase family protein  30.39 
 
 		 278 aa  75.9  0.000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.46 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.46 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1839  integrase family protein  25.26 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.46 
 
 		 296 aa  75.5  0.000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0540  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.31 
 
 		 325 aa  75.1  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0147694  normal  0.75101 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  27.21 
 
 		 285 aa  75.5  0.000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3398  integrase  26.46 
 
 		 293 aa  75.5  0.000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.292469  normal  0.438437 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1127  phage integrase  23.94 
 
 		 301 aa  75.5  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.28 
 
 		 317 aa  75.1  0.000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.64 
 
 		 299 aa  74.7  0.000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3928  integrase family protein  26.02 
 
 		 290 aa  75.1  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0010  tyrosine recombinase XerC  24.4 
 
 		 299 aa  74.7  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.64 
 
 		 299 aa  74.3  0.000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.46 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>