70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1532 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1532  phage integrase, putative  100 
 
 		 368 aa  752    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.697393  normal  0.0751805 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1599  intergrase  38.95 
 
 		 380 aa  246  4e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000122116 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0656  Phage integrase  37.53 
 
 		 372 aa  245  9e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1674  lambda integrase  40.21 
 
 		 385 aa  239  5.999999999999999e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.154447  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2889  lambda integrase  38.15 
 
 		 356 aa  228  2e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00939202  normal  0.0727877 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2269  phage integrase family protein  38.52 
 
 		 372 aa  227  2e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0691132  hitchhiker  0.00139304 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0877  phage integrase family protein  37.33 
 
 		 356 aa  227  3e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0800  phage integrase family protein  37.06 
 
 		 356 aa  225  1e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.501928  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1841  phage integrase family protein  35.68 
 
 		 394 aa  218  1e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0400369  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1415  phage integrase family site specific recombinase  36.16 
 
 		 376 aa  216  5e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0278227  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1503  phage integrase family protein  36.84 
 
 		 372 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.279125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1248  phage integrase family protein  36.58 
 
 		 372 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0661784  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1426  site-specific recombinase, phage integrase family  35.89 
 
 		 376 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0270724  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1744  site-specific recombinase, phage integrase family  35.89 
 
 		 376 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000266789  hitchhiker  0.000213416 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3178  site-specific recombinase, phage integrase family  35.62 
 
 		 376 aa  212  9e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0439431  hitchhiker  0.000000000000369688 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1821  site-specific recombinase, phage integrase family  35.62 
 
 		 376 aa  212  9e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0160439  hitchhiker  0.00000000000638112 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1379  phage integrase  38.94 
 
 		 359 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000565692 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2029  phage integrase  38.64 
 
 		 359 aa  200  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.188872  normal  0.0993134 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1650  phage integrase family protein  40.61 
 
 		 311 aa  200  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.187891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1432  integrase  38.64 
 
 		 359 aa  200  3.9999999999999996e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.301971 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1011  integrase-like protein  36.24 
 
 		 375 aa  199  5e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2023  phage integrase  38.94 
 
 		 359 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.280518  normal  0.814063 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2028  integrase family protein  40.84 
 
 		 260 aa  193  4e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0383876  normal  0.0301338 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2946  integrase  39.24 
 
 		 312 aa  192  9e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00837646  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2084  integrase  40.43 
 
 		 284 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.266989  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00705  hypothetical protein  33.86 
 
 		 304 aa  172  1e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000850407  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2426  integrase family protein  30.92 
 
 		 362 aa  156  5.0000000000000005e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0688  phage integrase  38.89 
 
 		 228 aa  130  3e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000188097  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7378  hypothetical protein  41.61 
 
 		 194 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0269984 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4150  phage integrase family protein  29.72 
 
 		 326 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2577  hypothetical protein  26.43 
 
 		 394 aa  82  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0261207  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3920  phage integrase, putative  29.43 
 
 		 349 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.227044  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4057  site-specific recombinase, phage integrase family  30.19 
 
 		 325 aa  70.1  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.251442  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1255  integrase  40.71 
 
 		 119 aa  68.6  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2846  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  26.22 
 
 		 344 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0361729 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2016  putative cytoplasmic protein  36.13 
 
 		 122 aa  62.8  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544327 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2069  hypothetical protein  36.13 
 
 		 122 aa  62.8  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2832  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  25.68 
 
 		 344 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.206304  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1275  integrase family protein  29.95 
 
 		 339 aa  57.8  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1083  integrase family protein  30.41 
 
 		 339 aa  57.4  0.0000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000439188  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00702  hypothetical protein  59.57 
 
 		 54 aa  57.4  0.0000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000701341  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3987  phage integrase family site specific recombinase  29.94 
 
 		 319 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00618755 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0808  integrase family protein  30.28 
 
 		 339 aa  56.2  0.0000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0376  integrase family protein  29.82 
 
 		 339 aa  55.5  0.000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1212  integrase family protein  29.82 
 
 		 339 aa  55.1  0.000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.225164  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0894  phage-related integrase  25.76 
 
 		 339 aa  54.7  0.000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2257  phage integrase family site specific recombinase  23.41 
 
 		 342 aa  54.3  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000231464  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1340  phage-related integrase  25.48 
 
 		 339 aa  53.9  0.000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1185  phage-related integrase  32.2 
 
 		 339 aa  53.1  0.000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0112  phage integrase family protein  34.17 
 
 		 413 aa  52.4  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.525516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0429  phage-related integrase  28.89 
 
 		 339 aa  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4095  phage integrase family protein  26.2 
 
 		 335 aa  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1150  phage integrase family site specific recombinase  20.39 
 
 		 341 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000198353  hitchhiker  0.0000000000000625111 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1129  site-specific recombinase, phage integrase family  22.18 
 
 		 339 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.3601e-24 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0366  integrase family protein  23.53 
 
 		 439 aa  47.8  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.134449 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0995  phage integrase family protein  24.72 
 
 		 324 aa  47.4  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0268254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2096  phage integrase family protein  22.8 
 
 		 200 aa  47  0.0005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000635069  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1428  hypothetical protein  50 
 
 		 72 aa  47  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3082  phage integrase family protein  27.39 
 
 		 437 aa  46.6  0.0006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1016  phage integrase family protein  23.21 
 
 		 338 aa  46.6  0.0006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2301  integrase protein  20.5 
 
 		 329 aa  46.6  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.054386  hitchhiker  1.04073e-17 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2648  phage integrase family protein  28.49 
 
 		 182 aa  45.8  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2817  site-specific recombinase, phage integrase family  19.4 
 
 		 359 aa  45.8  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000101654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6147  Integrase  25.84 
 
 		 344 aa  45.8  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.236662  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0938  Phage integrase  23.2 
 
 		 393 aa  45.8  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.992929  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4147  integrase family protein  22.65 
 
 		 447 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.737436 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3396  integrase family protein  26.49 
 
 		 414 aa  45.4  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.194125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0395  phage integrase family protein  23.12 
 
 		 396 aa  43.5  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436905  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1859  phage integrase family protein  24.47 
 
 		 427 aa  43.1  0.007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0222826  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0064  integrative genetic element Gsu32, integrase  27.64 
 
 		 439 aa  42.7  0.01  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>