More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4147 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4147  integrase family protein  100 
 
 		 447 aa  932    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.737436 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0395  phage integrase family protein  26.65 
 
 		 396 aa  120  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436905  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0292  phage integrase family protein  25 
 
 		 440 aa  100  4e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1623  integrase or site-specific recombinase  26.7 
 
 		 466 aa  97.1  5e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.262588 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2900  phage integrase family protein  25.28 
 
 		 432 aa  89  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0444  integrase family protein  27.19 
 
 		 461 aa  87.4  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.737271 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0072  hypothetical protein  27.43 
 
 		 406 aa  87  6e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3455  integrase family protein  23.33 
 
 		 410 aa  86.7  8e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0805  integrase family protein  26.85 
 
 		 433 aa  85.9  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00339873 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  26.82 
 
 		 394 aa  83.6  0.000000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0308  integrase or site-specific recombinase  24.09 
 
 		 414 aa  83.6  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0097  phage integrase family site specific recombinase  24.55 
 
 		 409 aa  83.6  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.89883  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  25.95 
 
 		 402 aa  81.6  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0112  phage integrase family site specific recombinase  23.86 
 
 		 409 aa  81.6  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.246788  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2486  hypothetical protein  25.56 
 
 		 413 aa  79.7  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  24.25 
 
 		 402 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  27.07 
 
 		 389 aa  78.6  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  26.52 
 
 		 367 aa  78.6  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2489  putative integrase protein  22.63 
 
 		 417 aa  77.8  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3353  phage integrase family protein  24.77 
 
 		 393 aa  77.4  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  27.56 
 
 		 409 aa  77.4  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3396  integrase family protein  25.32 
 
 		 414 aa  77  0.0000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.194125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  25.8 
 
 		 391 aa  76.6  0.0000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  25.72 
 
 		 387 aa  75.9  0.000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2014  phage integrase  24.1 
 
 		 416 aa  75.9  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1066  hypothetical protein  23.94 
 
 		 414 aa  75.5  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2751  integrase family protein  21.94 
 
 		 415 aa  75.5  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.606598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3232  integrase family protein  23.83 
 
 		 434 aa  75.1  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.068813  normal  0.462781 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1088  hypothetical protein  23.94 
 
 		 414 aa  75.1  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  25.51 
 
 		 401 aa  75.1  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3121  phage integrase family protein  24.75 
 
 		 449 aa  73.9  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0317  phage integrase  24.55 
 
 		 404 aa  73.6  0.000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  26.44 
 
 		 396 aa  72.8  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0362  phage integrase family site specific recombinase  22.8 
 
 		 402 aa  71.6  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.613827  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2463  phage integrase family protein  24.83 
 
 		 414 aa  72  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.384114  normal  0.0605266 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  24.84 
 
 		 404 aa  71.6  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  24.5 
 
 		 396 aa  72  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  24.84 
 
 		 404 aa  71.6  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  25.28 
 
 		 417 aa  72.4  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2460  integrase family protein  27.24 
 
 		 415 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04051  site-specific recombinase, phage integrase family protein  24.74 
 
 		 415 aa  72.4  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0318  hypothetical protein  25.19 
 
 		 515 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  23.42 
 
 		 396 aa  70.9  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1046  integrase family protein  23.71 
 
 		 410 aa  70.9  0.00000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000192278  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  25.16 
 
 		 387 aa  70.9  0.00000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1357  phage family integrase  24.38 
 
 		 411 aa  70.9  0.00000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.183355  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  25.57 
 
 		 394 aa  70.9  0.00000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  25.57 
 
 		 394 aa  70.9  0.00000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1859  phage integrase family protein  25.25 
 
 		 427 aa  70.5  0.00000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0222826  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2200  integrase family protein  22.12 
 
 		 415 aa  70.5  0.00000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.158333 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  24.2 
 
 		 404 aa  70.5  0.00000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0112  phage integrase family protein  23.42 
 
 		 413 aa  69.7  0.00000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.525516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4814  site-specific recombinase, phage integrase family protein  24.79 
 
 		 422 aa  69.3  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.751833  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  24.45 
 
 		 400 aa  68.6  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  24.53 
 
 		 404 aa  68.9  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3232  phage integrase family site specific recombinase  21.17 
 
 		 409 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  23.99 
 
 		 410 aa  68.9  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0922  Phage integrase  24.23 
 
 		 403 aa  68.2  0.0000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.12188  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  25.41 
 
 		 402 aa  68.2  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2656  phage integrase family site specific recombinase  23.25 
 
 		 395 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000325439  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2749  P4 family integrase  25.2 
 
 		 439 aa  67.4  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  24.5 
 
 		 397 aa  67.4  0.0000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2546  phage integrase family protein  22.99 
 
 		 400 aa  67.4  0.0000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40023  hitchhiker  0.00168033 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  23.86 
 
 		 404 aa  66.6  0.0000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  21.64 
 
 		 406 aa  66.6  0.0000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  23.86 
 
 		 404 aa  66.2  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2336  Phage integrase  23.91 
 
 		 426 aa  66.2  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  23.86 
 
 		 404 aa  66.2  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1709  putative phage integrase  23.79 
 
 		 446 aa  66.6  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.558135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  24.45 
 
 		 402 aa  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3582  integrase  21.05 
 
 		 397 aa  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000010448 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1309  integrase family protein  21.51 
 
 		 385 aa  65.1  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00894189  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6722  integrase family protein  23.61 
 
 		 413 aa  65.5  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1721  phage integrase  23.58 
 
 		 413 aa  65.9  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.749059  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004339  integrase  22.5 
 
 		 398 aa  65.5  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6547  integrase family protein  24.33 
 
 		 455 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00352142  normal  0.0182485 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  24.48 
 
 		 402 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2541  putative CP4-like integrase  21.9 
 
 		 412 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.016489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2217  integrase family protein  21.61 
 
 		 418 aa  63.9  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.664863  normal  0.427624 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0294  phage integrase  24.83 
 
 		 399 aa  63.9  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1632  phage integrase  20.83 
 
 		 413 aa  63.9  0.000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.986406  hitchhiker  0.00880856 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1172  integrase family protein  24.38 
 
 		 418 aa  63.9  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.69238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3563  integrase family protein  24.38 
 
 		 418 aa  63.9  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3823  phage-related integrase  25.15 
 
 		 403 aa  63.9  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2675  hypothetical protein  26.74 
 
 		 443 aa  63.9  0.000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2279  Phage integrase  23.73 
 
 		 414 aa  63.9  0.000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0066545  normal  0.0551798 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3385  site-specific recombinase, phage integrase family  25.33 
 
 		 391 aa  63.5  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059991  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0393  integrase family protein  23.56 
 
 		 403 aa  63.5  0.000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000451154 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3223  integrase  24.77 
 
 		 413 aa  63.5  0.000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1281  integrase family protein  24.26 
 
 		 410 aa  63.2  0.000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.250481  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3314  site-specific recombinase, phage integrase family protein  24.66 
 
 		 420 aa  62.8  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.426306  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2013  integrase  25.47 
 
 		 409 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0417759  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1277  putative phage integrase  26.67 
 
 		 454 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.207014 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3082  phage integrase family protein  24.49 
 
 		 437 aa  63.2  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2709  putative prophage integrase  23.6 
 
 		 418 aa  62.8  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.865285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15350  putative integrase  22.22 
 
 		 400 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000000770896  unclonable  1.43377e-21 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  24.43 
 
 		 395 aa  62.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3537  integrase family protein  22.89 
 
 		 419 aa  62  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2211  phage integrase  24.63 
 
 		 423 aa  62.4  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.684899  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3867  phage integrase  24.15 
 
 		 400 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>