98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3987 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3987  phage integrase family site specific recombinase  100 
 
 		 319 aa  648    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00618755 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3920  phage integrase, putative  56.41 
 
 		 349 aa  348  7e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.227044  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2832  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  43.12 
 
 		 344 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.206304  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2846  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  42.81 
 
 		 344 aa  199  5e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0361729 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1185  phage-related integrase  41.3 
 
 		 339 aa  190  2.9999999999999997e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1340  phage-related integrase  40.06 
 
 		 339 aa  188  1e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0429  phage-related integrase  39.75 
 
 		 339 aa  187  1e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0894  phage-related integrase  39.75 
 
 		 339 aa  187  1e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1275  integrase family protein  40.37 
 
 		 339 aa  187  2e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1212  integrase family protein  39.44 
 
 		 339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.225164  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0376  integrase family protein  39.13 
 
 		 339 aa  182  5.0000000000000004e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1083  integrase family protein  39.44 
 
 		 339 aa  180  2e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000439188  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0808  integrase family protein  38.51 
 
 		 339 aa  176  6e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0995  phage integrase family protein  33.22 
 
 		 324 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0268254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3110  putative phage integrase  32.04 
 
 		 350 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000337156  decreased coverage  0.0000174724 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1927  integrase family protein  32.52 
 
 		 350 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2648  phage integrase family protein  39.7 
 
 		 182 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1016  phage integrase family protein  29.78 
 
 		 338 aa  93.6  4e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2250  phage integrase family site specific recombinase  31.44 
 
 		 338 aa  89.4  8e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  6.150880000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1129  site-specific recombinase, phage integrase family  38.73 
 
 		 339 aa  89  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.3601e-24 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1150  phage integrase family site specific recombinase  29.91 
 
 		 341 aa  88.2  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000198353  hitchhiker  0.0000000000000625111 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4150  phage integrase family protein  32.14 
 
 		 326 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2649  phage integrase family protein  47.9 
 
 		 160 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2257  phage integrase family site specific recombinase  31.17 
 
 		 342 aa  84.7  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000231464  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2817  site-specific recombinase, phage integrase family  28.63 
 
 		 359 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000101654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6332  integrase family protein  26.82 
 
 		 423 aa  82.8  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3384  phage integrase family protein  28.89 
 
 		 338 aa  82  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000032973  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2301  integrase protein  37.76 
 
 		 329 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.054386  hitchhiker  1.04073e-17 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3509  integrase family protein  28.15 
 
 		 338 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.167819  hitchhiker  0.00517521 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2355  phage integrase family site specific recombinase  29.5 
 
 		 334 aa  77.4  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  32.26 
 
 		 412 aa  72.8  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4057  site-specific recombinase, phage integrase family  28.12 
 
 		 325 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.251442  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2290  phage-related integrase  27.4 
 
 		 346 aa  68.6  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.306481  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  27.71 
 
 		 351 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  33.94 
 
 		 347 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  33.94 
 
 		 347 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  27.71 
 
 		 351 aa  60.1  0.00000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0800  phage integrase family protein  31.28 
 
 		 356 aa  58.9  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.501928  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0877  phage integrase family protein  31.28 
 
 		 356 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1734  phage integrase family protein  27.54 
 
 		 356 aa  57.4  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.155047 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1532  phage integrase, putative  29.94 
 
 		 368 aa  57.4  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.697393  normal  0.0751805 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  29.49 
 
 		 413 aa  57  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2889  lambda integrase  30.77 
 
 		 356 aa  56.6  0.0000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00939202  normal  0.0727877 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0807  phage integrase family protein  30.81 
 
 		 323 aa  56.2  0.0000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3294  phage integrase family protein  27.16 
 
 		 360 aa  56.2  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  25.95 
 
 		 339 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00705  hypothetical protein  30.26 
 
 		 304 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000850407  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1808  phage integrase family site specific recombinase  31.1 
 
 		 352 aa  54.7  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.595703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01846  hypothetical protein  37.5 
 
 		 153 aa  54.7  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3654  Phage integrase  30.26 
 
 		 340 aa  53.5  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000207497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1415  phage integrase family site specific recombinase  24.63 
 
 		 376 aa  53.5  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0278227  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  27.57 
 
 		 396 aa  53.1  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1744  site-specific recombinase, phage integrase family  24.63 
 
 		 376 aa  53.1  0.000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000266789  hitchhiker  0.000213416 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  28.86 
 
 		 339 aa  53.1  0.000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1821  site-specific recombinase, phage integrase family  26.05 
 
 		 376 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0160439  hitchhiker  0.00000000000638112 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1248  phage integrase family protein  29.71 
 
 		 372 aa  52  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0661784  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0810  site-specific recombinase/integrase  27.21 
 
 		 482 aa  52  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0879139  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3178  site-specific recombinase, phage integrase family  26.05 
 
 		 376 aa  52.4  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0439431  hitchhiker  0.000000000000369688 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2771  phage-related integrase  26.86 
 
 		 311 aa  51.6  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.256547  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1503  phage integrase family protein  29.71 
 
 		 372 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.279125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0401  phage integrase family protein  30.07 
 
 		 332 aa  50.8  0.00003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2946  integrase  30 
 
 		 312 aa  51.2  0.00003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00837646  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  27.76 
 
 		 393 aa  50.4  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  28.74 
 
 		 334 aa  50.1  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1177  integrase family protein  25.19 
 
 		 383 aa  49.7  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.28411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3344  phage integrase family protein  25 
 
 		 360 aa  49.3  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563509  normal  0.0469601 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1426  site-specific recombinase, phage integrase family  25.37 
 
 		 376 aa  48.9  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0270724  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1571  site-specific integrase/recombinase  30.18 
 
 		 381 aa  48.9  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  27.61 
 
 		 353 aa  47.8  0.0002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  33.58 
 
 		 400 aa  48.5  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  26.59 
 
 		 354 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3623  putative integrase  26.01 
 
 		 373 aa  48.1  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238631  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4875  integrase family protein  25.66 
 
 		 368 aa  48.1  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.446933  hitchhiker  0.00171454 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  26.59 
 
 		 354 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  24.64 
 
 		 388 aa  48.1  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  25.17 
 
 		 367 aa  47.4  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  32.71 
 
 		 337 aa  47.4  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2096  phage integrase family protein  37.84 
 
 		 200 aa  47.8  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000635069  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0044  phage integrase family site specific recombinase  25.71 
 
 		 376 aa  47  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374231  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4399  integrase family protein  25.28 
 
 		 376 aa  47  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.685705  normal  0.0426652 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3721  phage integrase family protein  25.28 
 
 		 376 aa  47  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3921  phage integrase family protein  32.67 
 
 		 327 aa  47  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  hitchhiker  0.00183347 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  26.1 
 
 		 402 aa  47.4  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  30.43 
 
 		 387 aa  47  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1584  phage integrase family protein  25.28 
 
 		 376 aa  46.6  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0581  site-specific recombinase phage integrase family protein  36.14 
 
 		 102 aa  46.6  0.0005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.0000512956  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2136  phage integrase family protein  27.91 
 
 		 389 aa  45.8  0.0009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0404563  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0688  phage integrase  34.88 
 
 		 228 aa  45.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000188097  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1966  integrase family protein  32.81 
 
 		 353 aa  45.8  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  26.32 
 
 		 359 aa  45.4  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3728  phage integrase family protein  28.85 
 
 		 342 aa  45.4  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.315534  normal  0.558522 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3879  integrase family protein  25.2 
 
 		 349 aa  44.7  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2269  phage integrase family protein  28.57 
 
 		 372 aa  44.3  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0691132  hitchhiker  0.00139304 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4095  phage integrase family protein  26.58 
 
 		 335 aa  43.9  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2023  phage integrase  30.06 
 
 		 359 aa  43.5  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.280518  normal  0.814063 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1655  integrase/recombinase protein  33.93 
 
 		 334 aa  43.5  0.005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  24.86 
 
 		 338 aa  42.7  0.008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2029  phage integrase  43.75 
 
 		 359 aa  42.4  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.188872  normal  0.0993134 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>