104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3920 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3920  phage integrase, putative  100 
 
 		 349 aa  716    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.227044  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3987  phage integrase family site specific recombinase  56.41 
 
 		 319 aa  348  8e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00618755 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0894  phage-related integrase  38.84 
 
 		 339 aa  200  3e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0429  phage-related integrase  38.84 
 
 		 339 aa  198  1.0000000000000001e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0376  integrase family protein  39.13 
 
 		 339 aa  198  1.0000000000000001e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1340  phage-related integrase  38.67 
 
 		 339 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1212  integrase family protein  39.13 
 
 		 339 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.225164  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1275  integrase family protein  39.71 
 
 		 339 aa  197  3e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0808  integrase family protein  38.55 
 
 		 339 aa  193  4e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2832  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  39.14 
 
 		 344 aa  192  7e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.206304  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1083  integrase family protein  39.13 
 
 		 339 aa  192  1e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000439188  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2846  Phage integrase:Phage integrase, N-terminal SAM-like  38.86 
 
 		 344 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0361729 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1185  phage-related integrase  38.55 
 
 		 339 aa  189  5e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0995  phage integrase family protein  31.82 
 
 		 324 aa  134  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0268254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2257  phage integrase family site specific recombinase  30 
 
 		 342 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000231464  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1150  phage integrase family site specific recombinase  32.53 
 
 		 341 aa  116  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000198353  hitchhiker  0.0000000000000625111 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1927  integrase family protein  30.05 
 
 		 350 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3110  putative phage integrase  30.66 
 
 		 350 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000337156  decreased coverage  0.0000174724 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2250  phage integrase family site specific recombinase  29.89 
 
 		 338 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  6.150880000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2817  site-specific recombinase, phage integrase family  31.33 
 
 		 359 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000101654  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2648  phage integrase family protein  38.69 
 
 		 182 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1016  phage integrase family protein  30.47 
 
 		 338 aa  106  7e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2355  phage integrase family site specific recombinase  27.3 
 
 		 334 aa  103  4e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4150  phage integrase family protein  27.89 
 
 		 326 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1129  site-specific recombinase, phage integrase family  29.92 
 
 		 339 aa  97.1  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.3601e-24 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2301  integrase protein  31.2 
 
 		 329 aa  96.3  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.054386  hitchhiker  1.04073e-17 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3384  phage integrase family protein  30.84 
 
 		 338 aa  91.3  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000032973  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3509  integrase family protein  30.54 
 
 		 338 aa  91.3  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.167819  hitchhiker  0.00517521 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4057  site-specific recombinase, phage integrase family  26.91 
 
 		 325 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.251442  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6332  integrase family protein  26.61 
 
 		 423 aa  82  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2649  phage integrase family protein  42.25 
 
 		 160 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1532  phage integrase, putative  29.43 
 
 		 368 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.697393  normal  0.0751805 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2889  lambda integrase  31.87 
 
 		 356 aa  73.6  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00939202  normal  0.0727877 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0800  phage integrase family protein  31.87 
 
 		 356 aa  73.2  0.000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.501928  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0877  phage integrase family protein  31.87 
 
 		 356 aa  73.2  0.000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1248  phage integrase family protein  31.55 
 
 		 372 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0661784  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1016  integrase family protein  33.33 
 
 		 412 aa  70.5  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00705  hypothetical protein  30.51 
 
 		 304 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000850407  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  24.48 
 
 		 351 aa  67  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1503  phage integrase family protein  30.95 
 
 		 372 aa  66.6  0.0000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.279125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2269  phage integrase family protein  29.24 
 
 		 372 aa  64.7  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0691132  hitchhiker  0.00139304 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  26.25 
 
 		 351 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01846  hypothetical protein  41.24 
 
 		 153 aa  62.8  0.000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2096  phage integrase family protein  28.33 
 
 		 200 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000635069  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4875  integrase family protein  26.64 
 
 		 368 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.446933  hitchhiker  0.00171454 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  26.54 
 
 		 347 aa  62  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  26.54 
 
 		 347 aa  62  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2929  integrase family protein  27.65 
 
 		 351 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  30.06 
 
 		 413 aa  57  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  28.42 
 
 		 340 aa  57  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3879  integrase family protein  25.38 
 
 		 349 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  24.86 
 
 		 347 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2946  integrase  27.54 
 
 		 312 aa  54.7  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00837646  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4095  phage integrase family protein  26.62 
 
 		 335 aa  54.3  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  29.75 
 
 		 337 aa  54.3  0.000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2475  integrase family protein  25.39 
 
 		 345 aa  53.9  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2771  phage-related integrase  24.91 
 
 		 311 aa  53.1  0.000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.256547  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1177  integrase family protein  23.41 
 
 		 383 aa  52.8  0.000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.28411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1415  phage integrase family site specific recombinase  26.19 
 
 		 376 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0278227  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1821  site-specific recombinase, phage integrase family  28.9 
 
 		 376 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0160439  hitchhiker  0.00000000000638112 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3178  site-specific recombinase, phage integrase family  28.9 
 
 		 376 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0439431  hitchhiker  0.000000000000369688 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2290  phage-related integrase  26.71 
 
 		 346 aa  51.6  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.306481  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0810  site-specific recombinase/integrase  27.69 
 
 		 482 aa  50.8  0.00003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0879139  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1744  site-specific recombinase, phage integrase family  26.1 
 
 		 376 aa  51.2  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000266789  hitchhiker  0.000213416 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1599  intergrase  26.01 
 
 		 380 aa  50.4  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000122116 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  28.63 
 
 		 400 aa  50.1  0.00006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  31.97 
 
 		 387 aa  50.1  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  27.13 
 
 		 396 aa  49.7  0.00008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  31.62 
 
 		 393 aa  48.9  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  27.92 
 
 		 339 aa  48.1  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1426  site-specific recombinase, phage integrase family  28.49 
 
 		 376 aa  48.5  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0270724  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1571  site-specific integrase/recombinase  27.4 
 
 		 381 aa  47.4  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0366  integrase family protein  24.51 
 
 		 439 aa  47  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.134449 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  22.8 
 
 		 367 aa  47.4  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3654  Phage integrase  25.48 
 
 		 340 aa  47  0.0005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000207497  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0044  phage integrase family site specific recombinase  27.54 
 
 		 376 aa  46.6  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374231  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0045  phage integrase family site specific recombinase  24.11 
 
 		 456 aa  46.6  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.869382  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1584  phage integrase family protein  27.54 
 
 		 376 aa  46.6  0.0007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3721  phage integrase family protein  27.54 
 
 		 376 aa  46.6  0.0007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2028  integrase family protein  23.98 
 
 		 260 aa  46.6  0.0007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0383876  normal  0.0301338 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4399  integrase family protein  27.54 
 
 		 376 aa  46.6  0.0007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.685705  normal  0.0426652 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0886  phage-related integrase  28.89 
 
 		 349 aa  46.6  0.0007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1808  phage integrase family site specific recombinase  29.52 
 
 		 352 aa  45.8  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.595703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1583  phage integrase family protein  27.21 
 
 		 451 aa  45.4  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3720  phage integrase family protein  24.51 
 
 		 451 aa  45.8  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  23.88 
 
 		 339 aa  45.8  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2415  phage integrase family site specific recombinase  28.38 
 
 		 270 aa  45.8  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4398  integrase family protein  25.1 
 
 		 451 aa  45.8  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0364227  hitchhiker  0.00879025 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0395  phage integrase family protein  30.28 
 
 		 397 aa  45.1  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.887583 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  26.13 
 
 		 388 aa  45.1  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  25 
 
 		 338 aa  45.1  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2029  phage integrase  26.89 
 
 		 359 aa  44.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.188872  normal  0.0993134 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2084  integrase  26.89 
 
 		 284 aa  44.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.266989  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2023  phage integrase  28.31 
 
 		 359 aa  45.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.280518  normal  0.814063 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  25.25 
 
 		 334 aa  44.7  0.003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1379  phage integrase  29.65 
 
 		 359 aa  44.7  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000565692 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  27.15 
 
 		 354 aa  44.7  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  27.15 
 
 		 354 aa  44.7  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2426  integrase family protein  27.43 
 
 		 362 aa  44.3  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1650  phage integrase family protein  40.32 
 
 		 311 aa  43.5  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.187891  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>