38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1931 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1931  hypothetical protein  100 
 
 		 388 aa  811    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00772625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2653  integrase family protein  39.95 
 
 		 421 aa  249  8e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.534879  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4095  phage integrase family protein  29.35 
 
 		 335 aa  96.3  9e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6147  Integrase  28.21 
 
 		 344 aa  84  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.236662  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1692  phage integrase  27.72 
 
 		 348 aa  83.6  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.50677 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1328  phage integrase  26.95 
 
 		 333 aa  79  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.478819  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1790  phage integrase family protein  28.21 
 
 		 361 aa  78.2  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0999654  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3728  phage integrase family protein  25.82 
 
 		 342 aa  78.2  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.315534  normal  0.558522 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3879  integrase family protein  25.7 
 
 		 349 aa  76.6  0.0000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3623  putative integrase  25.77 
 
 		 373 aa  72.4  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238631  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6293  integrase family protein  28.11 
 
 		 344 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3294  phage integrase family protein  26.12 
 
 		 360 aa  72.4  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0886  phage-related integrase  26.13 
 
 		 349 aa  72.8  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2419  phage integrase family protein  25.25 
 
 		 307 aa  70.1  0.00000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3344  phage integrase family protein  26.12 
 
 		 360 aa  68.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563509  normal  0.0469601 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2475  integrase family protein  24.26 
 
 		 345 aa  67  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3509  integrase family protein  27.2 
 
 		 338 aa  66.2  0.0000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.167819  hitchhiker  0.00517521 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2771  phage-related integrase  25.45 
 
 		 311 aa  65.9  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.256547  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3384  phage integrase family protein  27.2 
 
 		 338 aa  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000032973  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2929  integrase family protein  25 
 
 		 351 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1177  integrase family protein  23.99 
 
 		 383 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.28411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2250  phage integrase family site specific recombinase  25.61 
 
 		 338 aa  57.4  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  6.150880000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1016  phage integrase family protein  22.76 
 
 		 338 aa  57  0.0000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2817  site-specific recombinase, phage integrase family  23.71 
 
 		 359 aa  53.1  0.000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000101654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1129  site-specific recombinase, phage integrase family  22.5 
 
 		 339 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.3601e-24 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1966  integrase family protein  23.19 
 
 		 353 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3588  phage integrase  29.24 
 
 		 197 aa  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.385994 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1951  phage-related integrase  25.75 
 
 		 343 aa  50.4  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.242299  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6744  putative phage integrase  31.45 
 
 		 382 aa  50.1  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2161  phage integrase family protein  26.85 
 
 		 297 aa  48.5  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1150  phage integrase family site specific recombinase  23.59 
 
 		 341 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000198353  hitchhiker  0.0000000000000625111 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0988  integrase family protein  24.16 
 
 		 370 aa  47.4  0.0005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2865  phage integrase  24.16 
 
 		 370 aa  45.8  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.520837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2290  phage-related integrase  25 
 
 		 346 aa  45.4  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.306481  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1249  integrase family protein  24.69 
 
 		 388 aa  43.9  0.004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.447999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4150  phage integrase family protein  21.65 
 
 		 326 aa  43.9  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2519  integrase family protein  24.91 
 
 		 346 aa  43.5  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0969  integrase family protein  23 
 
 		 426 aa  43.1  0.009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686349  normal  0.45689 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>