39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3728 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3728  phage integrase family protein  100 
 
 		 342 aa  706    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.315534  normal  0.558522 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1692  phage integrase  53.61 
 
 		 348 aa  338  9.999999999999999e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.50677 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1328  phage integrase  34.49 
 
 		 333 aa  181  1e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.478819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2419  phage integrase family protein  28.16 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6147  Integrase  28.35 
 
 		 344 aa  104  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.236662  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1375  phage integrase family protein  26.55 
 
 		 336 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.182465 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2653  integrase family protein  24.78 
 
 		 421 aa  79.7  0.00000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.534879  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1931  hypothetical protein  25.82 
 
 		 388 aa  78.2  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00772625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4095  phage integrase family protein  26.69 
 
 		 335 aa  75.1  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4758  integrase family protein  25.97 
 
 		 405 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1951  phage-related integrase  27.64 
 
 		 343 aa  73.6  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.242299  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0325  phage integrase  27.06 
 
 		 389 aa  70.5  0.00000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.701127  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2161  phage integrase family protein  27.8 
 
 		 297 aa  68.9  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2857  phage integrase  25.31 
 
 		 359 aa  67.4  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6744  putative phage integrase  26.48 
 
 		 382 aa  67.8  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2865  phage integrase  24.04 
 
 		 370 aa  63.9  0.000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.520837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0988  integrase family protein  22.98 
 
 		 370 aa  62.4  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0970  integrase family protein  25.52 
 
 		 367 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.605472  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2929  integrase family protein  24.91 
 
 		 351 aa  60.1  0.00000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0831  phage integrase family protein  25 
 
 		 362 aa  58.9  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3294  phage integrase family protein  25.88 
 
 		 360 aa  58.9  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1177  integrase family protein  26.21 
 
 		 383 aa  58.5  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.28411  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3588  phage integrase  34.29 
 
 		 197 aa  58.5  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.385994 
 
 
-
 
NC_004310  BR0966  phage integrase family site specific recombinase  24.55 
 
 		 341 aa  58.5  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.832131  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0826  phage integrase family protein  26.07 
 
 		 294 aa  57  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.132238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0275  phage integrase  26.39 
 
 		 359 aa  55.5  0.000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0362718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3879  integrase family protein  24.22 
 
 		 349 aa  54.3  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1966  integrase family protein  25.49 
 
 		 353 aa  52.8  0.000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3623  putative integrase  25.2 
 
 		 373 aa  52.4  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238631  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0886  phage-related integrase  25.62 
 
 		 349 aa  50.8  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1790  phage integrase family protein  23.34 
 
 		 361 aa  49.7  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0999654  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2519  integrase family protein  25.64 
 
 		 346 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0969  integrase family protein  23.53 
 
 		 426 aa  47  0.0005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686349  normal  0.45689 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2771  phage-related integrase  24.02 
 
 		 311 aa  46.2  0.0007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.256547  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2418  phage integrase family protein  26.42 
 
 		 230 aa  46.2  0.0008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.349655 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3082  phage integrase family protein  23.9 
 
 		 437 aa  45.4  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3987  phage integrase family site specific recombinase  28.85 
 
 		 319 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00618755 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2475  integrase family protein  22.69 
 
 		 345 aa  43.9  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3344  phage integrase family protein  24.56 
 
 		 360 aa  42.7  0.009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563509  normal  0.0469601 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>