89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2857 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_2857  phage integrase  100 
 
 		 359 aa  741    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6744  putative phage integrase  51.81 
 
 		 382 aa  359  3e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6147  Integrase  35.81 
 
 		 344 aa  186  8e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.236662  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0970  integrase family protein  31.42 
 
 		 367 aa  134  3e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.605472  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0619  phage integrase family protein  36.97 
 
 		 389 aa  123  6e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0988  integrase family protein  29.38 
 
 		 370 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0969  integrase family protein  32.5 
 
 		 426 aa  120  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686349  normal  0.45689 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1790  phage integrase family protein  30.75 
 
 		 361 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0999654  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1662  integrase/recombinase  31.63 
 
 		 348 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0125485  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2865  phage integrase  29.02 
 
 		 370 aa  117  3.9999999999999997e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.520837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1328  phage integrase  28.49 
 
 		 333 aa  116  6.9999999999999995e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.478819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2080  putative tyrosine recombinase  32.54 
 
 		 341 aa  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.524732  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2519  integrase family protein  31.47 
 
 		 346 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2644  phage integrase family protein  28.23 
 
 		 335 aa  111  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00120469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0812  integrase family protein  28.93 
 
 		 385 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.427445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4095  phage integrase family protein  27.06 
 
 		 335 aa  105  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0325  phage integrase  27.86 
 
 		 389 aa  105  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.701127  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0961  phage integrase family protein  30.6 
 
 		 359 aa  103  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178489  normal  0.193987 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4758  integrase family protein  27.65 
 
 		 405 aa  103  3e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0140  phage integrase family protein  31.02 
 
 		 375 aa  102  7e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.42287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0275  phage integrase  30.19 
 
 		 359 aa  101  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0362718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0831  phage integrase family protein  27.74 
 
 		 362 aa  97.1  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7358  integrase family protein  27.89 
 
 		 344 aa  96.3  8e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.210613  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3294  phage integrase family protein  30.72 
 
 		 360 aa  94  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550021  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1474  phage integrase family site specific recombinase  37.41 
 
 		 164 aa  84.7  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1428  phage integrase family site specific recombinase  41.9 
 
 		 125 aa  78.2  0.0000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3623  putative integrase  27.97 
 
 		 373 aa  74.3  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238631  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2419  phage integrase family protein  24.92 
 
 		 307 aa  71.6  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1076  integrase  25.65 
 
 		 250 aa  71.2  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1951  phage-related integrase  25.44 
 
 		 343 aa  70.9  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.242299  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3728  phage integrase family protein  25.14 
 
 		 342 aa  70.5  0.00000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.315534  normal  0.558522 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3879  integrase family protein  25.68 
 
 		 349 aa  67.4  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0826  phage integrase family protein  25.19 
 
 		 294 aa  67.4  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.132238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2161  phage integrase family protein  25.69 
 
 		 297 aa  62  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3849  phage integrase family protein  26.43 
 
 		 357 aa  61.2  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.224886 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3344  phage integrase family protein  26.32 
 
 		 360 aa  59.7  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563509  normal  0.0469601 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4057  site-specific recombinase, phage integrase family  27.14 
 
 		 325 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.251442  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6293  integrase family protein  23.34 
 
 		 344 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2301  integrase protein  30.51 
 
 		 329 aa  57.4  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.054386  hitchhiker  1.04073e-17 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  26.32 
 
 		 397 aa  57  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0755  putative tyrosine recombinase  46.67 
 
 		 101 aa  56.6  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.313446  normal  0.431565 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3588  phage integrase  27.54 
 
 		 197 aa  56.6  0.0000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.385994 
 
 
-
 
NC_004310  BR0966  phage integrase family site specific recombinase  23 
 
 		 341 aa  56.2  0.0000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.832131  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1966  integrase family protein  27.33 
 
 		 353 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4150  phage integrase family protein  24.62 
 
 		 326 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3065  phage integrase family protein  37.97 
 
 		 361 aa  53.5  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.490306 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  27.92 
 
 		 301 aa  52.8  0.000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1659  tyrosine recombinase XerD subunit  24.74 
 
 		 296 aa  53.1  0.000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.538818 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2290  phage-related integrase  24.58 
 
 		 346 aa  52.8  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.306481  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2093  integrase family protein  24.08 
 
 		 400 aa  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0112  phage integrase family protein  27.17 
 
 		 413 aa  51.2  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.525516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  24.92 
 
 		 387 aa  50.1  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3509  integrase family protein  24.93 
 
 		 338 aa  49.3  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.167819  hitchhiker  0.00517521 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.71 
 
 		 301 aa  49.3  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3585  phage integrase  23.68 
 
 		 411 aa  49.3  0.0001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.597607 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0886  phage-related integrase  30.7 
 
 		 349 aa  48.1  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0676  phage integrase family protein  25.71 
 
 		 363 aa  48.1  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2929  integrase family protein  24.36 
 
 		 351 aa  47.8  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3384  phage integrase family protein  24.36 
 
 		 338 aa  47.4  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000032973  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.49 
 
 		 299 aa  47  0.0005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.49 
 
 		 299 aa  47  0.0005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.49 
 
 		 299 aa  47  0.0005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.49 
 
 		 299 aa  47  0.0005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.49 
 
 		 299 aa  47  0.0005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.25 
 
 		 299 aa  46.6  0.0006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.49 
 
 		 299 aa  46.6  0.0006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.49 
 
 		 299 aa  46.6  0.0006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3447  integrase family protein  32.58 
 
 		 324 aa  46.6  0.0007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.3866  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1968  integrase/recombinase  27.75 
 
 		 296 aa  46.6  0.0007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2096  phage integrase family protein  26.97 
 
 		 200 aa  46.2  0.0009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000635069  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0401  integrase family protein  30.56 
 
 		 310 aa  45.8  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1337  integrase family protein  27.89 
 
 		 392 aa  46.2  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0155558  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3495  phage integrase family protein  29.11 
 
 		 485 aa  45.4  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5304  site-specific recombinase, phage integrase family  27.5 
 
 		 322 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1133  integrase family protein  23.79 
 
 		 299 aa  45.1  0.002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0015  Phage integrase  35.14 
 
 		 310 aa  45.4  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.230922  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2682  integrase family protein  26.35 
 
 		 193 aa  44.3  0.003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2751  integrase family protein  23.88 
 
 		 415 aa  44.3  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.606598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0366  phage integrase family site specific recombinase  37.5 
 
 		 173 aa  44.7  0.003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.61457  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4708  integrase family protein  25.53 
 
 		 342 aa  44.7  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.014031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0687  Phage integrase  34.25 
 
 		 310 aa  43.9  0.004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.004827  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2512  type 1 fimbriae regulatory protein  36.62 
 
 		 209 aa  44.3  0.004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.570306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.99 
 
 		 299 aa  43.5  0.005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2477  integrase family protein  32.91 
 
 		 330 aa  43.5  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.380932  normal  0.877994 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3615  integrase family protein  29.27 
 
 		 638 aa  43.9  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00140934  normal  0.0339314 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  29.58 
 
 		 296 aa  43.1  0.007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_63  site-specific recombinase, phage integrase family  20.8 
 
 		 332 aa  43.1  0.008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  23.47 
 
 		 296 aa  42.7  0.009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  24.91 
 
 		 301 aa  42.7  0.01  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>