38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2418 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2418  phage integrase family protein  100 
 
 		 230 aa  474  1e-133  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.349655 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1375  phage integrase family protein  83.41 
 
 		 336 aa  368  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.182465 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4095  phage integrase family protein  32.39 
 
 		 335 aa  109  3e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2419  phage integrase family protein  34.67 
 
 		 307 aa  99.4  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1328  phage integrase  30.53 
 
 		 333 aa  97.1  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.478819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3588  phage integrase  30.48 
 
 		 197 aa  86.7  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.385994 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3294  phage integrase family protein  28.19 
 
 		 360 aa  66.6  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3623  putative integrase  28.11 
 
 		 373 aa  59.7  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238631  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3879  integrase family protein  30.26 
 
 		 349 aa  59.3  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1692  phage integrase  28.36 
 
 		 348 aa  57.8  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.50677 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1966  integrase family protein  25.82 
 
 		 353 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3344  phage integrase family protein  28.66 
 
 		 360 aa  55.1  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563509  normal  0.0469601 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1177  integrase family protein  29.87 
 
 		 383 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.28411  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3728  phage integrase family protein  27.46 
 
 		 342 aa  52.4  0.000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.315534  normal  0.558522 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0886  phage-related integrase  29.84 
 
 		 349 aa  52  0.000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  29.41 
 
 		 347 aa  50.4  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  29.41 
 
 		 347 aa  50.4  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0456  phage integrase family protein  28.5 
 
 		 647 aa  49.3  0.00005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3588  phage integrase family protein  28.5 
 
 		 647 aa  49.3  0.00005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00892563 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5498  phage integrase family protein  28.5 
 
 		 647 aa  49.3  0.00005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0714023 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6293  integrase family protein  31.15 
 
 		 344 aa  48.9  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6744  putative phage integrase  26.98 
 
 		 382 aa  48.9  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0238  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.73 
 
 		 306 aa  48.5  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0625179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2290  phage-related integrase  27.53 
 
 		 346 aa  48.1  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.306481  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2809  phage integrase family protein  26.9 
 
 		 311 aa  48.1  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  34.17 
 
 		 335 aa  47.4  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  30.7 
 
 		 351 aa  47.4  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  28.21 
 
 		 413 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1216  integrase family protein  27.57 
 
 		 330 aa  46.6  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2983  integrase family protein  27.57 
 
 		 330 aa  46.6  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4358  integrase family protein  27.57 
 
 		 330 aa  46.6  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.922527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4386  integrase family protein  27.57 
 
 		 330 aa  46.6  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  32.17 
 
 		 351 aa  46.6  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2260  integrase family protein  26.67 
 
 		 395 aa  43.9  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.46728  normal  0.0539974 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  29.81 
 
 		 326 aa  43.5  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3132  phage integrase family site specific recombinase  28.38 
 
 		 222 aa  43.5  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0426  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.47 
 
 		 321 aa  43.1  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2644  phage integrase family protein  28.23 
 
 		 335 aa  42.4  0.006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00120469  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>