63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1375 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1375  phage integrase family protein  100 
 
 		 336 aa  684    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.182465 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2418  phage integrase family protein  83.41 
 
 		 230 aa  367  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.349655 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4095  phage integrase family protein  33.33 
 
 		 335 aa  159  8e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1328  phage integrase  32.26 
 
 		 333 aa  155  1e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.478819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2419  phage integrase family protein  30.8 
 
 		 307 aa  113  6e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3728  phage integrase family protein  27.4 
 
 		 342 aa  92  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.315534  normal  0.558522 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3588  phage integrase  34.12 
 
 		 197 aa  92  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.385994 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1692  phage integrase  27.19 
 
 		 348 aa  85.5  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.50677 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3294  phage integrase family protein  30.09 
 
 		 360 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3879  integrase family protein  27.57 
 
 		 349 aa  79.7  0.00000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3623  putative integrase  30.7 
 
 		 373 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238631  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1966  integrase family protein  26.32 
 
 		 353 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0886  phage-related integrase  24.64 
 
 		 349 aa  67  0.0000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3344  phage integrase family protein  30.67 
 
 		 360 aa  65.5  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563509  normal  0.0469601 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1177  integrase family protein  27.84 
 
 		 383 aa  64.3  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.28411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1150  phage integrase family site specific recombinase  28.29 
 
 		 341 aa  64.3  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000198353  hitchhiker  0.0000000000000625111 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2817  site-specific recombinase, phage integrase family  27.8 
 
 		 359 aa  62.8  0.000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000101654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2290  phage-related integrase  27.17 
 
 		 346 aa  59.3  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.306481  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2771  phage-related integrase  25.24 
 
 		 311 aa  58.5  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.256547  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6293  integrase family protein  30.27 
 
 		 344 aa  58.2  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1662  integrase/recombinase  26.45 
 
 		 348 aa  57.4  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0125485  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6147  Integrase  22.29 
 
 		 344 aa  55.8  0.0000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.236662  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2644  phage integrase family protein  27.73 
 
 		 335 aa  55.1  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00120469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0995  integrase protein  30.16 
 
 		 147 aa  54.3  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000161367  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  26.98 
 
 		 353 aa  53.5  0.000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6744  putative phage integrase  27.31 
 
 		 382 aa  53.1  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3384  phage integrase family protein  26.7 
 
 		 338 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000032973  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4057  site-specific recombinase, phage integrase family  24 
 
 		 325 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.251442  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3509  integrase family protein  26.7 
 
 		 338 aa  51.2  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.167819  hitchhiker  0.00517521 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1936  integrase family protein  23.08 
 
 		 391 aa  51.2  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.642431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0812  integrase family protein  26.64 
 
 		 385 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.427445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  31.03 
 
 		 351 aa  50.1  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2929  integrase family protein  26.96 
 
 		 351 aa  50.1  0.00006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2809  phage integrase family protein  25.67 
 
 		 311 aa  49.7  0.00008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  26.99 
 
 		 335 aa  48.9  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4150  phage integrase family protein  22.93 
 
 		 326 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2653  integrase family protein  24.74 
 
 		 421 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.534879  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  28.77 
 
 		 347 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  28.77 
 
 		 347 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  30.82 
 
 		 351 aa  48.1  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1249  integrase family protein  24.63 
 
 		 388 aa  48.1  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.447999  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0924  integrase family protein  28.4 
 
 		 399 aa  47.4  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  26.77 
 
 		 293 aa  47  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0238  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.43 
 
 		 306 aa  47.4  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0625179  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  27.84 
 
 		 293 aa  46.6  0.0006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2475  integrase family protein  27.45 
 
 		 345 aa  46.6  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1129  site-specific recombinase, phage integrase family  21.53 
 
 		 339 aa  45.4  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  5.3601e-24 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2257  phage integrase family site specific recombinase  22.82 
 
 		 342 aa  45.8  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000231464  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0456  phage integrase family protein  29.91 
 
 		 647 aa  44.7  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2613  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  24.28 
 
 		 180 aa  44.7  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.301879  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3588  phage integrase family protein  29.91 
 
 		 647 aa  44.7  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00892563 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5498  phage integrase family protein  29.91 
 
 		 647 aa  44.7  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0714023 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2519  integrase family protein  25.47 
 
 		 346 aa  44.7  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  27.81 
 
 		 251 aa  44.7  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3025  integrase family protein  32.67 
 
 		 351 aa  43.9  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.282849  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1016  phage integrase family protein  22.44 
 
 		 338 aa  43.9  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0652  DNA integration/recombination/invertion protein  24.02 
 
 		 180 aa  43.9  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  27.78 
 
 		 326 aa  43.5  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0602  site-specific tyrosine recombinase XerC  25 
 
 		 324 aa  43.5  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00926796 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  25.37 
 
 		 294 aa  43.1  0.006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4135  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.08 
 
 		 300 aa  43.1  0.008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.383086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4009  prophage LambdaBa04, site-specific recombinase, phage integrase family  25.64 
 
 		 180 aa  42.7  0.009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  27.4 
 
 		 413 aa  42.4  0.01  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>