30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E0995 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E0995  integrase protein  100 
 
 
147 aa  310  4.999999999999999e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000161367  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2817  site-specific recombinase, phage integrase family  98.55 
 
 
359 aa  285  1e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000101654  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1150  phage integrase family site specific recombinase  97.83 
 
 
341 aa  283  5e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000198353  hitchhiker  0.0000000000000625111 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2096  phage integrase family protein  63.85 
 
 
200 aa  168  3e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000635069  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2301  integrase protein  61.54 
 
 
329 aa  163  8e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.054386  hitchhiker  1.04073e-17 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2257  phage integrase family site specific recombinase  60 
 
 
342 aa  163  9e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000231464  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1129  site-specific recombinase, phage integrase family  57.66 
 
 
339 aa  160  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  5.3601e-24 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1016  phage integrase family protein  54.14 
 
 
338 aa  137  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3509  integrase family protein  49.62 
 
 
338 aa  127  6e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.167819  hitchhiker  0.00517521 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3384  phage integrase family protein  49.62 
 
 
338 aa  127  6e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000032973  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2355  phage integrase family site specific recombinase  51.94 
 
 
334 aa  126  9.000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2250  phage integrase family site specific recombinase  48.89 
 
 
338 aa  124  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  6.150880000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4708  integrase family protein  30.22 
 
 
342 aa  67  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.014031  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0995  phage integrase family protein  38.24 
 
 
324 aa  62  0.000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0268254  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4057  site-specific recombinase, phage integrase family  27.78 
 
 
325 aa  57  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.251442  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4875  integrase family protein  27.92 
 
 
368 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.446933  hitchhiker  0.00171454 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3110  putative phage integrase  28.89 
 
 
350 aa  51.6  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000337156  decreased coverage  0.0000174724 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4150  phage integrase family protein  27.08 
 
 
326 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2415  phage integrase family site specific recombinase  29.1 
 
 
270 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1927  integrase family protein  27.41 
 
 
350 aa  48.1  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3879  integrase family protein  30.53 
 
 
349 aa  47  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2290  phage-related integrase  28.93 
 
 
346 aa  45.1  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.306481  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6332  integrase family protein  26.47 
 
 
423 aa  43.5  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01326  site-specific recombinase, phage integrase family  31.07 
 
 
342 aa  42  0.003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0890687  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2771  phage-related integrase  33.75 
 
 
311 aa  41.2  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.256547  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3623  putative integrase  27.37 
 
 
373 aa  40.8  0.007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238631  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0342  phage integrase family site specific recombinase  26.12 
 
 
228 aa  40  0.009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1686  phage integrase family site specific recombinase  26.12 
 
 
270 aa  40.4  0.009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1490  phage integrase family site specific recombinase  26.12 
 
 
270 aa  40.4  0.009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0310  phage integrase family site specific recombinase  26.12 
 
 
228 aa  40  0.009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>