84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2644 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2644  phage integrase family protein  100 
 
 		 335 aa  690    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00120469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2080  putative tyrosine recombinase  32.34 
 
 		 341 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.524732  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0988  integrase family protein  31.23 
 
 		 370 aa  116  5e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2519  integrase family protein  33.22 
 
 		 346 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2865  phage integrase  30.55 
 
 		 370 aa  111  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.520837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0325  phage integrase  31.29 
 
 		 389 aa  110  3e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.701127  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0831  phage integrase family protein  28.74 
 
 		 362 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7358  integrase family protein  32.22 
 
 		 344 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.210613  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2857  phage integrase  27.34 
 
 		 359 aa  103  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6147  Integrase  27.44 
 
 		 344 aa  103  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.236662  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0812  integrase family protein  30.95 
 
 		 385 aa  103  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.427445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0970  integrase family protein  31.07 
 
 		 367 aa  102  8e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.605472  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0275  phage integrase  31.27 
 
 		 359 aa  99.8  6e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0362718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0961  phage integrase family protein  30.95 
 
 		 359 aa  97.8  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178489  normal  0.193987 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6744  putative phage integrase  26.79 
 
 		 382 aa  95.5  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4758  integrase family protein  27.56 
 
 		 405 aa  94  4e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0826  phage integrase family protein  30.67 
 
 		 294 aa  93.2  5e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.132238  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0140  phage integrase family protein  27.5 
 
 		 375 aa  88.6  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.42287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0969  integrase family protein  31.55 
 
 		 426 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686349  normal  0.45689 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1076  integrase  31.03 
 
 		 250 aa  86.7  6e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0619  phage integrase family protein  29.61 
 
 		 389 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1662  integrase/recombinase  29.62 
 
 		 348 aa  82.8  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0125485  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3065  phage integrase family protein  31.35 
 
 		 361 aa  66.6  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.490306 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1428  phage integrase family site specific recombinase  33.33 
 
 		 125 aa  63.2  0.000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2161  phage integrase family protein  27.5 
 
 		 297 aa  62.8  0.000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3588  phage integrase  32.86 
 
 		 197 aa  62.8  0.000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.385994 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1968  integrase/recombinase  31.32 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0676  phage integrase family protein  31.32 
 
 		 363 aa  61.2  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1474  phage integrase family site specific recombinase  33.33 
 
 		 164 aa  60.8  0.00000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0755  putative tyrosine recombinase  40.24 
 
 		 101 aa  59.7  0.00000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.313446  normal  0.431565 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1951  phage-related integrase  24.31 
 
 		 343 aa  58.5  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.242299  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4095  phage integrase family protein  26.84 
 
 		 335 aa  58.2  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53570  putative integrase  26.4 
 
 		 258 aa  57  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000326616  decreased coverage  0.0000890956 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  25.83 
 
 		 334 aa  55.1  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3849  phage integrase family protein  26.24 
 
 		 357 aa  55.5  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.224886 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4150  phage integrase family protein  26.26 
 
 		 326 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4398  integrase family protein  24.57 
 
 		 451 aa  53.5  0.000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0364227  hitchhiker  0.00879025 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0045  phage integrase family site specific recombinase  23.96 
 
 		 456 aa  53.5  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.869382  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3720  phage integrase family protein  24.3 
 
 		 451 aa  52.8  0.000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1583  phage integrase family protein  24.57 
 
 		 451 aa  52.8  0.000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0952  integrase family protein  29.86 
 
 		 412 aa  52.8  0.00001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.571908  normal  0.0199815 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1519  integrase family protein  22.73 
 
 		 279 aa  52  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.959361  decreased coverage  3.1361700000000003e-18 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1790  phage integrase family protein  27.27 
 
 		 361 aa  52  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0999654  n/a   
 
 
-
 
NC_013386  Adeg_2179  integrase family protein  25.97 
 
 		 288 aa  52.4  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.353401  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3294  phage integrase family protein  28.97 
 
 		 360 aa  51.2  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0562  integrase/recombinase  23.01 
 
 		 308 aa  50.4  0.00004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0843058  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  26.8 
 
 		 347 aa  50.1  0.00006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  27.48 
 
 		 340 aa  49.7  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  29.01 
 
 		 251 aa  49.3  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1902  integrase family protein  25.44 
 
 		 416 aa  48.5  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41933  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3879  integrase family protein  26.83 
 
 		 349 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0795  phage integrase family protein  35.48 
 
 		 283 aa  49.3  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1375  phage integrase family protein  27.73 
 
 		 336 aa  48.5  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.182465 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4057  site-specific recombinase, phage integrase family  25 
 
 		 325 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.251442  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2860  tyrosine recombinase XerC subunit  26.16 
 
 		 300 aa  47.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3762  phage integrase  22.55 
 
 		 379 aa  47.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.288729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0924  phage integrase family protein  24.08 
 
 		 294 aa  47.8  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.852644  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3623  putative integrase  27.48 
 
 		 373 aa  46.6  0.0006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238631  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3715  integrase family protein  23.35 
 
 		 298 aa  46.6  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5872  integrase family protein  23.81 
 
 		 433 aa  46.6  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2622  integrase family protein  22.92 
 
 		 335 aa  46.6  0.0007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.647869  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1453  integrase  28.19 
 
 		 400 aa  46.2  0.0009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0820  integrase  28.19 
 
 		 400 aa  46.2  0.0009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1328  phage integrase  22.69 
 
 		 333 aa  45.4  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.478819  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5219  integrase family protein  25.35 
 
 		 406 aa  45.8  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.759008  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2865  site-specific recombinase XerD-like  24.88 
 
 		 417 aa  44.7  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.11888  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2649  integrase family protein  23.98 
 
 		 333 aa  44.3  0.003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.413706  hitchhiker  0.000000656425 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2084  integrase  30.23 
 
 		 284 aa  44.3  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.266989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4128  integrase family protein  24.31 
 
 		 400 aa  44.3  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0010  tyrosine recombinase XerC  20.36 
 
 		 299 aa  44.3  0.003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1238  integrase family protein  31.68 
 
 		 617 aa  44.3  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.375916 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2521  integrase family protein  31.68 
 
 		 617 aa  44.3  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000524212  hitchhiker  0.00558917 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0900  phage integrase family site specific recombinase  21.5 
 
 		 334 aa  43.9  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.198351  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6293  integrase family protein  27.44 
 
 		 344 aa  43.5  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  21.91 
 
 		 285 aa  43.5  0.005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_012790  GWCH70_3470  integrase family protein  27.27 
 
 		 182 aa  43.5  0.005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2023  phage integrase  28.15 
 
 		 359 aa  43.1  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.280518  normal  0.814063 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48880  putative bacteriophage integrase  20 
 
 		 338 aa  43.5  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000942528  hitchhiker  0.000000101575 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  27.01 
 
 		 353 aa  43.1  0.007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1463  site-specific recombinase, phage integrase family  21.2 
 
 		 385 aa  42.7  0.009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000119227  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1673  integrase family protein  24.37 
 
 		 374 aa  42.7  0.009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000152851  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11843  putative transposase  19.52 
 
 		 416 aa  42.7  0.009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.383494  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2981  integrase family protein  22.33 
 
 		 307 aa  42.7  0.01  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0716  integrase  23.25 
 
 		 394 aa  42.4  0.01  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>