More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_1238 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_1238  integrase family protein  100 
 
 		 617 aa  1270    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.375916 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2521  integrase family protein  100 
 
 		 617 aa  1270    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000524212  hitchhiker  0.00558917 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2584  integrase family protein  47.8 
 
 		 608 aa  513  1e-144  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4727  integrase family protein  47.8 
 
 		 608 aa  512  1e-144  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2671  integrase family protein  47.8 
 
 		 608 aa  513  1e-144  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1114  phage integrase family protein  29.85 
 
 		 637 aa  192  2e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5498  phage integrase family protein  30.99 
 
 		 647 aa  186  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0714023 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3588  phage integrase family protein  30.99 
 
 		 647 aa  186  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00892563 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0456  phage integrase family protein  30.99 
 
 		 647 aa  186  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4644  phage integrase family protein  28.37 
 
 		 637 aa  171  4e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3615  integrase family protein  32.84 
 
 		 638 aa  148  3e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00140934  normal  0.0339314 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1223  Tn554, transposase B  24.6 
 
 		 630 aa  107  5e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.559956  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1346  Tn554, transposase B  24.6 
 
 		 630 aa  107  5e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2507  transposase B  24.6 
 
 		 630 aa  107  5e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1716  phage integrase family protein  24.6 
 
 		 630 aa  107  5e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0042  phage integrase family protein  24.6 
 
 		 630 aa  107  5e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0042  phage integrase family protein  24.6 
 
 		 630 aa  107  5e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1750  phage integrase family protein  24.6 
 
 		 630 aa  107  5e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00214495  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4149  integrase family protein  27.15 
 
 		 498 aa  99  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.353708 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5578  phage integrase  31.13 
 
 		 721 aa  94  7e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5981  phage integrase family protein  31.13 
 
 		 721 aa  94  7e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.259227 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1705  phage integrase family protein  31.13 
 
 		 737 aa  94  8e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.602648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  28.92 
 
 		 282 aa  93.2  1e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2146  phage integrase family protein  27.48 
 
 		 663 aa  90.5  8e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0386  phage integrase family site specific recombinase  30.77 
 
 		 400 aa  89.7  1e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1312  tyrosine recombinase XerC  25.32 
 
 		 298 aa  89.7  1e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.199373  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1337  tyrosine recombinase XerC  25.32 
 
 		 298 aa  89.7  1e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0149085  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4539  transposase B  20.54 
 
 		 637 aa  89  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  25.42 
 
 		 296 aa  87.4  8e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06600  site-specific recombinase, integrase family  27.45 
 
 		 491 aa  87  8e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0101148  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  25.83 
 
 		 307 aa  87  9e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  26.61 
 
 		 290 aa  86.7  0.000000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1381  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.56 
 
 		 298 aa  86.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00360913  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  29.26 
 
 		 317 aa  86.7  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.56 
 
 		 298 aa  87  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  27.8 
 
 		 302 aa  86.7  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1906  integrase family protein  27.89 
 
 		 295 aa  85.9  0.000000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.713326  normal  0.217947 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0098  integrase family protein  31.3 
 
 		 298 aa  85.9  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3396  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.71 
 
 		 298 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  28.14 
 
 		 307 aa  85.5  0.000000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20690  site-specific recombinase, integrase family  27.87 
 
 		 426 aa  86.3  0.000000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1178  tyrosine recombinase XerC subunit  25.97 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  30.86 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2344  phage integrase  33.53 
 
 		 322 aa  84  0.000000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0456613  normal  0.219342 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  26.8 
 
 		 284 aa  83.6  0.00000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.4 
 
 		 298 aa  83.6  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008696  Tpen_1891  phage integrase family protein  28.63 
 
 		 278 aa  83.2  0.00000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  28.1 
 
 		 308 aa  82.8  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  23.59 
 
 		 299 aa  82.8  0.00000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0234  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.42 
 
 		 302 aa  82.4  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.62 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.55 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.55 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.55 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4164  site-specific tyrosine recombinase XerC  25 
 
 		 311 aa  81.6  0.00000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.154418  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1286  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0511461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3082  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.91 
 
 		 306 aa  81.3  0.00000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.633641  normal  0.120316 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  29.75 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  32.81 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2105  tyrosine recombinase XerD  27.18 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.179497  hitchhiker  0.00877552 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0074  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.75 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  25 
 
 		 303 aa  80.5  0.00000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0517  integrase family protein  26.02 
 
 		 335 aa  80.5  0.00000000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0543  site-specific tyrosine recombinase XerC  25 
 
 		 303 aa  80.5  0.00000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.58 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  25 
 
 		 303 aa  80.5  0.00000000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  29.37 
 
 		 309 aa  80.1  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.48 
 
 		 299 aa  80.1  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  31.78 
 
 		 254 aa  79.7  0.0000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0840  integrase family protein  28.06 
 
 		 294 aa  79.7  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.774041 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  24.41 
 
 		 300 aa  79.7  0.0000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  29.59 
 
 		 299 aa  79.7  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1468  phage integrase family protein  30.99 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  24.17 
 
 		 295 aa  78.6  0.0000000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.95 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  28.38 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2996  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.93 
 
 		 306 aa  77.8  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0374572 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3133  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.93 
 
 		 306 aa  77.8  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  30.36 
 
 		 304 aa  77.4  0.0000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3304  tyrosine recombinase XerD  26.15 
 
 		 298 aa  77.4  0.0000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0133185  normal  0.394454 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3258  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.96 
 
 		 310 aa  77.4  0.0000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.706598  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0392  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.96 
 
 		 310 aa  77.4  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0195  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.96 
 
 		 310 aa  77.4  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2169  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.96 
 
 		 310 aa  77.4  0.0000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126979  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2920  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.96 
 
 		 310 aa  77.4  0.0000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.510567  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3428  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.96 
 
 		 310 aa  77.4  0.0000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.96 
 
 		 310 aa  77.4  0.0000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2670  integrase family protein  30 
 
 		 324 aa  77  0.0000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2585  integrase family protein  30 
 
 		 324 aa  77  0.0000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4728  integrase family protein  30 
 
 		 324 aa  77  0.0000000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.5 
 
 		 299 aa  77  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2473  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.08 
 
 		 306 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3087  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.08 
 
 		 306 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.86 
 
 		 299 aa  76.3  0.000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.32 
 
 		 299 aa  76.3  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0674  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.73 
 
 		 303 aa  76.3  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6437  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.67 
 
 		 306 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.798094 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  29.8 
 
 		 308 aa  75.9  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1133  integrase family protein  29.7 
 
 		 299 aa  76.3  0.000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3104  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.08 
 
 		 306 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494742 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>