215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_0419 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_0419  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  100 
 
 
348 aa  719    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.919138  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0838  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  49.55 
 
 
342 aa  366  1e-100  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0077  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  48.96 
 
 
342 aa  362  4e-99  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.268466 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1825  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  48.96 
 
 
342 aa  358  6e-98  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26140  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  39.29 
 
 
341 aa  291  8e-78  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2786  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  37.72 
 
 
355 aa  264  2e-69  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0841  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  32.45 
 
 
339 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3639  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  32.86 
 
 
339 aa  196  7e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.739876  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0808  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  30.92 
 
 
338 aa  190  4e-47  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1005  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  28.86 
 
 
345 aa  176  6e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1054  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  31.76 
 
 
339 aa  172  5.999999999999999e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1688  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  31.5 
 
 
341 aa  155  1e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.967324  normal  0.14364 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0452  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  28.34 
 
 
310 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0079  uroporphyrinogen decarboxylase  29.72 
 
 
287 aa  146  5e-34  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0659182  hitchhiker  0.00575431 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1823  uroporphyrinogen decarboxylase  29.02 
 
 
287 aa  145  1e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.952283  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2082  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  28.2 
 
 
344 aa  144  2e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0836  uroporphyrinogen decarboxylase  29.02 
 
 
287 aa  144  2e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0422  uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  32.38 
 
 
293 aa  139  7e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2102  methyltransferase MtaA/CmuA  28.28 
 
 
338 aa  129  9.000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3585  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  28.82 
 
 
367 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.936166  normal  0.073488 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2100  methyltransferase MtaA/CmuA  27.54 
 
 
350 aa  124  2e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2069  methyltransferase MtaA/CmuA family  26.71 
 
 
348 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.096371  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2785  MtaA/CmuA family methyltransferase  26.04 
 
 
372 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.271038  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1447  cobalamin B12-binding  32.59 
 
 
556 aa  108  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0642463 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0076  uroporphyrinogen decarboxylase  23.12 
 
 
363 aa  106  7e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.541731  normal  0.38624 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1826  uroporphyrinogen decarboxylase  23.12 
 
 
363 aa  105  1e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2346  methyltransferase MtaA/CmuA  24.35 
 
 
349 aa  104  3e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.189161 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0417  uroporphyrinogen decarboxylase  23.85 
 
 
357 aa  102  1e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0839  uroporphyrinogen decarboxylase  22.54 
 
 
363 aa  102  1e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19560  uroporphyrinogen-III decarboxylase  23.01 
 
 
363 aa  100  5e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000289502 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26160  hypothetical protein  27.13 
 
 
296 aa  94  4e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0023  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  24.38 
 
 
337 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0731  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  25 
 
 
319 aa  81.6  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.20168  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1305  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  25.58 
 
 
337 aa  80.1  0.00000000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.536887  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0196  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  26.42 
 
 
335 aa  80.1  0.00000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.343296  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01860  uroporphyrinogen-III decarboxylase  21.45 
 
 
375 aa  76.6  0.0000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18310  uroporphyrinogen-III decarboxylase  25.74 
 
 
358 aa  75.9  0.000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2851  uroporphyrinogen decarboxylase  25.27 
 
 
355 aa  70.5  0.00000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.180798  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1058  uroporphyrinogen decarboxylase  22.95 
 
 
364 aa  70.5  0.00000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15330  methylamine-specific methylcobalamin coenzyme M methyltransferase  26.45 
 
 
448 aa  70.1  0.00000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2089  uroporphyrinogen decarboxylase  25 
 
 
359 aa  69.3  0.00000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4408  uroporphyrinogen decarboxylase  21.2 
 
 
349 aa  69.3  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3222  uroporphyrinogen decarboxylase  23.77 
 
 
354 aa  69.3  0.00000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.234724 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2989  uroporphyrinogen decarboxylase  25.93 
 
 
356 aa  69.3  0.00000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0769  uroporphyrinogen decarboxylase  24.64 
 
 
343 aa  68.2  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000649218  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0123  uroporphyrinogen decarboxylase  24.1 
 
 
354 aa  67.4  0.0000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180562  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0583  uroporphyrinogen decarboxylase  24.15 
 
 
346 aa  67  0.0000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2260  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  24.5 
 
 
330 aa  66.6  0.0000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000313707  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  27.1 
 
 
354 aa  66.2  0.0000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.844287  normal  0.0137069 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25860  uroporphyrinogen-III decarboxylase  22.97 
 
 
343 aa  65.9  0.0000000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0598  uroporphyrinogen decarboxylase  23.51 
 
 
335 aa  65.5  0.000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2734  uroporphyrinogen decarboxylase  26.01 
 
 
359 aa  65.5  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.961609  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002177  uroporphyrinogen III decarboxylase  26.64 
 
 
355 aa  65.1  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00641  uroporphyrinogen decarboxylase  26.72 
 
 
380 aa  64.7  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28976  predicted protein  24.9 
 
 
365 aa  65.1  0.000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0707495  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0032  uroporphyrinogen decarboxylase  28.68 
 
 
355 aa  64.3  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.590696  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06391  uroporphyrinogen decarboxylase  21.57 
 
 
352 aa  63.9  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.401207  normal  0.983268 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1818  uroporphyrinogen decarboxylase  22.99 
 
 
402 aa  63.5  0.000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.935684  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0600  uroporphyrinogen decarboxylase  22.9 
 
 
314 aa  63.5  0.000000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06391  uroporphyrinogen decarboxylase  21.99 
 
 
346 aa  63.2  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0019  uroporphyrinogen decarboxylase  23.57 
 
 
352 aa  63.2  0.000000007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.693326  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06091  uroporphyrinogen decarboxylase  22 
 
 
346 aa  62.8  0.000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.633731  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1368  uroporphyrinogen decarboxylase  23.58 
 
 
344 aa  62  0.00000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368391  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0223  uroporphyrinogen decarboxylase  25.32 
 
 
354 aa  62.4  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1017  uroporphyrinogen decarboxylase  22.32 
 
 
352 aa  62.4  0.00000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19550  uroporphyrinogen-III decarboxylase  19.75 
 
 
373 aa  62.4  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.288142  hitchhiker  0.0000066757 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00219  uroporphyrinogen decarboxylase  25.18 
 
 
355 aa  62.4  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0219  uroporphyrinogen decarboxylase  25.52 
 
 
354 aa  62.4  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1187  uroporphyrinogen decarboxylase  25 
 
 
353 aa  61.6  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1921  uroporphyrinogen decarboxylase  23.29 
 
 
345 aa  61.6  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000898972  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1887  uroporphyrinogen decarboxylase  23.29 
 
 
345 aa  61.6  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0259223  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0377  uroporphyrinogen decarboxylase  22.73 
 
 
361 aa  62  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00215009  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06481  uroporphyrinogen decarboxylase  23.72 
 
 
346 aa  60.8  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.828005  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2590  uroporphyrinogen decarboxylase  25.11 
 
 
360 aa  60.5  0.00000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0245  uroporphyrinogen decarboxylase  23.08 
 
 
355 aa  60.5  0.00000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1714  uroporphyrinogen decarboxylase  21.63 
 
 
354 aa  60.8  0.00000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.451104  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3849  uroporphyrinogen decarboxylase  26.54 
 
 
355 aa  59.3  0.00000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5697  methyltransferase MtaA/CmuA family  21.51 
 
 
617 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0351  uroporphyrinogen decarboxylase  26.54 
 
 
355 aa  59.3  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.777116  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4338  uroporphyrinogen decarboxylase  23.16 
 
 
354 aa  58.9  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.332252  normal  0.612683 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0918  uroporphyrinogen decarboxylase  21.66 
 
 
352 aa  58.5  0.0000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.763067  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0016  uroporphyrinogen decarboxylase  22.25 
 
 
340 aa  59.3  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.87416  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1086  uroporphyrinogen decarboxylase  20.98 
 
 
354 aa  58.9  0.0000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000970328 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0836  uroporphyrinogen decarboxylase  25.46 
 
 
354 aa  58.9  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.41854  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0015  uroporphyrinogen decarboxylase  21.94 
 
 
339 aa  58.9  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00367491  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0459  uroporphyrinogen decarboxylase  26.54 
 
 
355 aa  59.3  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000960348 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2998  uroporphyrinogen decarboxylase  21.36 
 
 
354 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0824  uroporphyrinogen decarboxylase  23.6 
 
 
357 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_17656  predicted protein  23.9 
 
 
339 aa  58.5  0.0000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.0099841  normal  0.0141903 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0821  uroporphyrinogen decarboxylase  25.48 
 
 
369 aa  58.5  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00198157  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0363  uroporphyrinogen decarboxylase  25.78 
 
 
369 aa  58.5  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.178148  normal  0.394936 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18361  uroporphyrinogen decarboxylase  20.56 
 
 
352 aa  57.8  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.28197 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3121  uroporphyrinogen decarboxylase  21.36 
 
 
354 aa  57.4  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.176103  normal  0.535285 
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_18446  predicted protein  26.01 
 
 
321 aa  57.4  0.0000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10691  uroporphyrinogen decarboxylase  20.7 
 
 
351 aa  57.4  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.88253  normal  0.85423 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1403  uroporphyrinogen decarboxylase  24.91 
 
 
352 aa  57  0.0000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.227332 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0448  uroporphyrinogen decarboxylase  25.59 
 
 
355 aa  57  0.0000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1502  uroporphyrinogen decarboxylase  21.81 
 
 
378 aa  56.6  0.0000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0134  uroporphyrinogen decarboxylase  23.42 
 
 
372 aa  56.6  0.0000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.106114  normal  0.310056 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3524  uroporphyrinogen decarboxylase  25.1 
 
 
356 aa  56.2  0.0000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00974086 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>