258 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_01860 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_01860  uroporphyrinogen-III decarboxylase  100 
 
 
375 aa  770    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0417  uroporphyrinogen decarboxylase  42.57 
 
 
357 aa  315  8e-85  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2785  MtaA/CmuA family methyltransferase  37.03 
 
 
372 aa  254  1.0000000000000001e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.271038  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0839  uroporphyrinogen decarboxylase  35.94 
 
 
363 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19560  uroporphyrinogen-III decarboxylase  39.66 
 
 
363 aa  253  3e-66  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000289502 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1826  uroporphyrinogen decarboxylase  35.94 
 
 
363 aa  252  6e-66  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0076  uroporphyrinogen decarboxylase  35.65 
 
 
363 aa  248  9e-65  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.541731  normal  0.38624 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19550  uroporphyrinogen-III decarboxylase  34.78 
 
 
373 aa  207  2e-52  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.288142  hitchhiker  0.0000066757 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0598  uroporphyrinogen decarboxylase  32.74 
 
 
335 aa  181  2e-44  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25860  uroporphyrinogen-III decarboxylase  31.55 
 
 
343 aa  180  4e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18310  uroporphyrinogen-III decarboxylase  29.68 
 
 
358 aa  165  1.0000000000000001e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0077  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  26.43 
 
 
342 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.268466 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1005  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  28.7 
 
 
345 aa  117  3e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0731  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  29.33 
 
 
319 aa  116  6e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.20168  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0838  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  25.58 
 
 
342 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1825  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  26.16 
 
 
342 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0957  uroporphyrinogen decarboxylase  27.07 
 
 
348 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1447  cobalamin B12-binding  27.33 
 
 
556 aa  114  4.0000000000000004e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0642463 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1305  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  26.83 
 
 
337 aa  110  6e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.536887  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1054  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  28.36 
 
 
339 aa  108  2e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0196  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  27 
 
 
335 aa  108  2e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.343296  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3585  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  27.06 
 
 
367 aa  107  3e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.936166  normal  0.073488 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0841  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  27.3 
 
 
339 aa  106  7e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15330  methylamine-specific methylcobalamin coenzyme M methyltransferase  25.7 
 
 
448 aa  103  4e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4338  uroporphyrinogen decarboxylase  25.51 
 
 
354 aa  100  6e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.332252  normal  0.612683 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5697  methyltransferase MtaA/CmuA family  26.89 
 
 
617 aa  99  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0808  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  27.03 
 
 
338 aa  98.2  2e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3639  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  25.95 
 
 
339 aa  94.7  2e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.739876  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0600  uroporphyrinogen decarboxylase  28.08 
 
 
314 aa  93.6  5e-18  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2346  methyltransferase MtaA/CmuA  24.62 
 
 
349 aa  90.9  3e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.189161 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1713  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  26.95 
 
 
349 aa  90.1  5e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00218554  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0062  uroporphyrinogen decarboxylase  25.65 
 
 
386 aa  89.4  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.629057  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28976  predicted protein  25.84 
 
 
365 aa  87.4  4e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0707495  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0023  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  21.78 
 
 
337 aa  87  5e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2887  uroporphyrinogen decarboxylase  25.72 
 
 
354 aa  85.1  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.242767  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2100  methyltransferase MtaA/CmuA  24.86 
 
 
350 aa  84.7  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2786  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  21.88 
 
 
355 aa  85.1  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26140  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  23.19 
 
 
341 aa  83.6  0.000000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2102  methyltransferase MtaA/CmuA  23.63 
 
 
338 aa  83.2  0.000000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0452  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  27.88 
 
 
310 aa  82.8  0.000000000000009  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2082  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  24.26 
 
 
344 aa  82.4  0.00000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0836  uroporphyrinogen decarboxylase  22.97 
 
 
287 aa  80.1  0.00000000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0079  uroporphyrinogen decarboxylase  23.31 
 
 
287 aa  79.7  0.00000000000008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0659182  hitchhiker  0.00575431 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1823  uroporphyrinogen decarboxylase  25.83 
 
 
287 aa  77.8  0.0000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.952283  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0174  uroporphyrinogen decarboxylase  27.84 
 
 
351 aa  77.4  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0918  uroporphyrinogen decarboxylase  26.35 
 
 
352 aa  77  0.0000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.763067  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0419  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  21.45 
 
 
348 aa  76.6  0.0000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.919138  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2069  methyltransferase MtaA/CmuA family  24.01 
 
 
348 aa  75.5  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.096371  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3008  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  25.08 
 
 
357 aa  75.5  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1017  uroporphyrinogen decarboxylase  26.13 
 
 
352 aa  75.1  0.000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2932  hypothetical protein  26.67 
 
 
397 aa  75.1  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3222  uroporphyrinogen decarboxylase  23.51 
 
 
354 aa  75.1  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.234724 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18361  uroporphyrinogen decarboxylase  25.26 
 
 
352 aa  75.1  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.28197 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1688  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  28.51 
 
 
341 aa  73.9  0.000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.967324  normal  0.14364 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2341  uroporphyrinogen decarboxylase  25.6 
 
 
351 aa  72.4  0.00000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3245  uroporphyrinogen decarboxylase  23.12 
 
 
340 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1992  uroporphyrinogen decarboxylase  25.48 
 
 
351 aa  71.6  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0425  uroporphyrinogen decarboxylase  23.42 
 
 
343 aa  71.6  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0329871 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2671  uroporphyrinogen decarboxylase  26.81 
 
 
353 aa  70.9  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.181527 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4080  uroporphyrinogen decarboxylase  24.5 
 
 
356 aa  70.9  0.00000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2714  uroporphyrinogen decarboxylase  26.89 
 
 
351 aa  70.5  0.00000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0251  uroporphyrinogen decarboxylase  26.27 
 
 
351 aa  70.5  0.00000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.821676  normal  0.456057 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00641  uroporphyrinogen decarboxylase  22.44 
 
 
380 aa  70.1  0.00000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2534  uroporphyrinogen decarboxylase  24.37 
 
 
349 aa  69.7  0.00000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  24.25 
 
 
354 aa  69.3  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.844287  normal  0.0137069 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3713  uroporphyrinogen decarboxylase  23.26 
 
 
360 aa  68.9  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0123  uroporphyrinogen decarboxylase  23.45 
 
 
354 aa  68.9  0.0000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180562  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0414  uroporphyrinogen decarboxylase  24.44 
 
 
354 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0016  uroporphyrinogen decarboxylase  23.05 
 
 
340 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.87416  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3422  uroporphyrinogen decarboxylase  23.84 
 
 
354 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5118  uroporphyrinogen decarboxylase  24.44 
 
 
354 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1314  hypothetical protein  26.15 
 
 
438 aa  67.8  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.42967 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2681  uroporphyrinogen decarboxylase  22.13 
 
 
354 aa  67.8  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.418282 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4408  uroporphyrinogen decarboxylase  24.08 
 
 
349 aa  67.8  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0245  uroporphyrinogen decarboxylase  22.3 
 
 
355 aa  67.8  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0130  uroporphyrinogen decarboxylase  25.85 
 
 
351 aa  66.6  0.0000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0339923  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1147  uroporphyrinogen decarboxylase  26.8 
 
 
350 aa  66.6  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0025  uroporphyrinogen decarboxylase  23.63 
 
 
356 aa  67  0.0000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1430  uroporphyrinogen decarboxylase  20.96 
 
 
345 aa  67  0.0000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000852244  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0552  uroporphyrinogen decarboxylase  25.95 
 
 
355 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00147846 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02733  uroporphyrinogen decarboxylase (AFU_orthologue; AFUA_1G05060)  24.23 
 
 
363 aa  66.6  0.0000000007  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  25.86 
 
 
351 aa  66.6  0.0000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.551213 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0210  uroporphyrinogen decarboxylase  22.92 
 
 
354 aa  66.6  0.0000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0124917 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0032  uroporphyrinogen decarboxylase  22.92 
 
 
355 aa  66.2  0.0000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.590696  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1216  uroporphyrinogen decarboxylase  27.67 
 
 
350 aa  66.2  0.0000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3020  uroporphyrinogen decarboxylase  24.18 
 
 
351 aa  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.404032  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0482  uroporphyrinogen decarboxylase  23.32 
 
 
354 aa  66.2  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0427  uroporphyrinogen decarboxylase  23.97 
 
 
354 aa  65.1  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3039  uroporphyrinogen decarboxylase  25.78 
 
 
360 aa  64.7  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0386  hypothetical protein  23.08 
 
 
389 aa  65.1  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.33173  normal  0.334793 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2779  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  26.19 
 
 
356 aa  64.3  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.313146 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1317  hypothetical protein  28.1 
 
 
390 aa  64.7  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.600188 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1714  uroporphyrinogen decarboxylase  25.83 
 
 
354 aa  64.7  0.000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.451104  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0836  uroporphyrinogen decarboxylase  23.46 
 
 
354 aa  64.3  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.41854  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1058  uroporphyrinogen decarboxylase  22.78 
 
 
364 aa  64.3  0.000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5441  uroporphyrinogen decarboxylase  23.95 
 
 
334 aa  64.3  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.104198  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10691  uroporphyrinogen decarboxylase  24.35 
 
 
351 aa  64.3  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.88253  normal  0.85423 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0019  uroporphyrinogen decarboxylase  24.39 
 
 
352 aa  63.5  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.693326  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1818  uroporphyrinogen decarboxylase  22.19 
 
 
402 aa  63.5  0.000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.935684  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00219  uroporphyrinogen decarboxylase  24.07 
 
 
355 aa  63.2  0.000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>