236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_4338 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_4338  uroporphyrinogen decarboxylase  100 
 
 
354 aa  736    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.332252  normal  0.612683 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1713  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  40.74 
 
 
349 aa  287  2e-76  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00218554  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0425  uroporphyrinogen decarboxylase  43.35 
 
 
343 aa  284  1.0000000000000001e-75  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0329871 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2344  uroporphyrinogen decarboxylase  27.16 
 
 
352 aa  131  2.0000000000000002e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.198374 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0417  uroporphyrinogen decarboxylase  28.22 
 
 
357 aa  114  2.0000000000000002e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01860  uroporphyrinogen-III decarboxylase  25.51 
 
 
375 aa  100  6e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0839  uroporphyrinogen decarboxylase  28.2 
 
 
363 aa  94.7  2e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18310  uroporphyrinogen-III decarboxylase  25.57 
 
 
358 aa  95.1  2e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0076  uroporphyrinogen decarboxylase  28.57 
 
 
363 aa  94  3e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.541731  normal  0.38624 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1826  uroporphyrinogen decarboxylase  28.57 
 
 
363 aa  94.4  3e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0332  uroporphyrinogen decarboxylase  26.15 
 
 
350 aa  85.1  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0475139  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2886  uroporphyrinogen-III decarboxylase-like protein  31.41 
 
 
361 aa  85.1  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19560  uroporphyrinogen-III decarboxylase  23.08 
 
 
363 aa  83.6  0.000000000000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000289502 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0023  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  22.69 
 
 
337 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0731  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  26.02 
 
 
319 aa  80.5  0.00000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.20168  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2785  MtaA/CmuA family methyltransferase  21.45 
 
 
372 aa  80.5  0.00000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.271038  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5771  uroporphyrinogen decarboxylase  21.66 
 
 
355 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66550  uroporphyrinogen decarboxylase  21.66 
 
 
355 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0841  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  26.47 
 
 
339 aa  76.3  0.0000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1187  uroporphyrinogen decarboxylase  23.97 
 
 
353 aa  75.5  0.000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0414  uroporphyrinogen decarboxylase  23.26 
 
 
354 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0552  uroporphyrinogen decarboxylase  23.34 
 
 
355 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00147846 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1058  uroporphyrinogen decarboxylase  22.42 
 
 
364 aa  74.3  0.000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0848  uroporphyrinogen-III decarboxylase-like protein  21.74 
 
 
361 aa  73.6  0.000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.878025  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0174  uroporphyrinogen decarboxylase  27.03 
 
 
351 aa  73.2  0.000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5118  uroporphyrinogen decarboxylase  22.92 
 
 
354 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1992  uroporphyrinogen decarboxylase  29.19 
 
 
351 aa  72.8  0.000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45190  uroporphyrinogen decarboxylase  22.39 
 
 
355 aa  72.8  0.000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  24.45 
 
 
354 aa  72.8  0.000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.844287  normal  0.0137069 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1314  hypothetical protein  28.5 
 
 
438 aa  70.9  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.42967 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0123  uroporphyrinogen decarboxylase  21.51 
 
 
354 aa  70.5  0.00000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180562  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0251  uroporphyrinogen decarboxylase  27.03 
 
 
351 aa  70.5  0.00000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.821676  normal  0.456057 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  28.11 
 
 
351 aa  70.5  0.00000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.551213 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0836  uroporphyrinogen decarboxylase  23.37 
 
 
354 aa  70.9  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.41854  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2851  uroporphyrinogen decarboxylase  24.31 
 
 
355 aa  70.5  0.00000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.180798  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002177  uroporphyrinogen III decarboxylase  23.51 
 
 
355 aa  70.1  0.00000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1005  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  25.76 
 
 
345 aa  69.7  0.00000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2341  uroporphyrinogen decarboxylase  28.65 
 
 
351 aa  69.3  0.00000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25860  uroporphyrinogen-III decarboxylase  25.52 
 
 
343 aa  68.2  0.0000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2779  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  25.91 
 
 
356 aa  68.6  0.0000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.313146 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_10691  uroporphyrinogen decarboxylase  28.11 
 
 
351 aa  67.8  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.88253  normal  0.85423 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1714  uroporphyrinogen decarboxylase  27.33 
 
 
354 aa  67.4  0.0000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.451104  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00219  uroporphyrinogen decarboxylase  22.38 
 
 
355 aa  67.8  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0351  uroporphyrinogen decarboxylase  23.05 
 
 
355 aa  67.4  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.777116  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3849  uroporphyrinogen decarboxylase  23.05 
 
 
355 aa  67.4  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0459  uroporphyrinogen decarboxylase  23.05 
 
 
355 aa  67.4  0.0000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000960348 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0377  uroporphyrinogen decarboxylase  28.65 
 
 
361 aa  67  0.0000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00215009  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1818  uroporphyrinogen decarboxylase  28.65 
 
 
402 aa  67  0.0000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.935684  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06391  uroporphyrinogen decarboxylase  26.6 
 
 
352 aa  66.6  0.0000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.401207  normal  0.983268 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2346  methyltransferase MtaA/CmuA  27.13 
 
 
349 aa  66.2  0.0000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.189161 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3222  uroporphyrinogen decarboxylase  22.38 
 
 
354 aa  65.9  0.0000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.234724 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0272  uroporphyrinogen decarboxylase  23.2 
 
 
352 aa  65.5  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.109144 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1017  uroporphyrinogen decarboxylase  28.25 
 
 
352 aa  65.5  0.000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3425  uroporphyrinogen decarboxylase  23.91 
 
 
342 aa  65.5  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.014949  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1447  cobalamin B12-binding  23.72 
 
 
556 aa  65.5  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0642463 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3020  uroporphyrinogen decarboxylase  27.12 
 
 
351 aa  65.5  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.404032  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0019  uroporphyrinogen decarboxylase  26.06 
 
 
352 aa  65.1  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.693326  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3342  uroporphyrinogen decarboxylase  21.35 
 
 
363 aa  64.7  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0415  uroporphyrinogen decarboxylase  20.98 
 
 
355 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0116  uroporphyrinogen decarboxylase  22.18 
 
 
353 aa  64.7  0.000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.754255  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0245  uroporphyrinogen decarboxylase  23.08 
 
 
355 aa  65.1  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2714  uroporphyrinogen decarboxylase  27.03 
 
 
351 aa  65.5  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0957  uroporphyrinogen decarboxylase  23.69 
 
 
348 aa  64.3  0.000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0032  uroporphyrinogen decarboxylase  23.94 
 
 
355 aa  63.5  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.590696  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4574  uroporphyrinogen decarboxylase  23.42 
 
 
354 aa  63.2  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.300698 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2734  uroporphyrinogen decarboxylase  23.53 
 
 
359 aa  63.2  0.000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.961609  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18361  uroporphyrinogen decarboxylase  27.43 
 
 
352 aa  63.2  0.000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.28197 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03874  uroporphyrinogen decarboxylase  23.19 
 
 
354 aa  62.8  0.000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3997  uroporphyrinogen decarboxylase  23.19 
 
 
354 aa  62.8  0.000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3713  uroporphyrinogen decarboxylase  22.34 
 
 
360 aa  62.8  0.000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4231  uroporphyrinogen decarboxylase  23.19 
 
 
354 aa  62.8  0.000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4488  uroporphyrinogen decarboxylase  23.19 
 
 
354 aa  62.8  0.000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.830156  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4540  uroporphyrinogen decarboxylase  23.19 
 
 
354 aa  62.8  0.000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4445  uroporphyrinogen decarboxylase  23.19 
 
 
354 aa  62.8  0.000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000531857 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0774  uroporphyrinogen decarboxylase  29.51 
 
 
344 aa  62.8  0.000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.352991 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4028  uroporphyrinogen decarboxylase  23.19 
 
 
354 aa  62.8  0.000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00901601 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03827  hypothetical protein  23.19 
 
 
354 aa  62.8  0.000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4411  uroporphyrinogen decarboxylase  22.66 
 
 
354 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.356712  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5466  uroporphyrinogen decarboxylase  23.19 
 
 
354 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.843277 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0223  uroporphyrinogen decarboxylase  22.81 
 
 
354 aa  62.8  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2005  uroporphyrinogen decarboxylase  24.51 
 
 
353 aa  61.6  0.00000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4498  uroporphyrinogen decarboxylase  23.19 
 
 
354 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0575835 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0918  uroporphyrinogen decarboxylase  27.43 
 
 
352 aa  61.6  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.763067  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06481  uroporphyrinogen decarboxylase  29.07 
 
 
346 aa  62  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.828005  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4500  uroporphyrinogen decarboxylase  23.19 
 
 
354 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00407137 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0219  uroporphyrinogen decarboxylase  22.43 
 
 
354 aa  60.8  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3867  uroporphyrinogen decarboxylase  23.11 
 
 
357 aa  61.2  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4378  uroporphyrinogen decarboxylase  23.19 
 
 
354 aa  61.2  0.00000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.91714 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0077  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  25.52 
 
 
342 aa  60.5  0.00000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.268466 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0210  uroporphyrinogen decarboxylase  22.81 
 
 
354 aa  60.5  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0124917 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0025  uroporphyrinogen decarboxylase  21.86 
 
 
356 aa  60.5  0.00000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0134  uroporphyrinogen decarboxylase  21.6 
 
 
372 aa  60.1  0.00000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.106114  normal  0.310056 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0583  uroporphyrinogen decarboxylase  28.49 
 
 
346 aa  60.1  0.00000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3585  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  22.55 
 
 
367 aa  58.5  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.936166  normal  0.073488 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0130  uroporphyrinogen decarboxylase  22.46 
 
 
351 aa  58.9  0.0000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0339923  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06091  uroporphyrinogen decarboxylase  28.07 
 
 
346 aa  58.9  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.633731  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0419  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  23.16 
 
 
348 aa  58.9  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.919138  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5124  uroporphyrinogen decarboxylase  21.05 
 
 
354 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3008  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  20.43 
 
 
357 aa  58.2  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5159  uroporphyrinogen decarboxylase  26.49 
 
 
350 aa  58.2  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>