174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtox_0023 on replicon NC_013216
Organism: Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013216  Dtox_0023  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  100 
 
 
337 aa  692    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1447  cobalamin B12-binding  34.46 
 
 
556 aa  162  8.000000000000001e-39  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0642463 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0731  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  31.58 
 
 
319 aa  162  1e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.20168  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2785  MtaA/CmuA family methyltransferase  26.52 
 
 
372 aa  123  5e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.271038  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1826  uroporphyrinogen decarboxylase  26.65 
 
 
363 aa  120  3e-26  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0076  uroporphyrinogen decarboxylase  26.95 
 
 
363 aa  120  3e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.541731  normal  0.38624 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0839  uroporphyrinogen decarboxylase  26.35 
 
 
363 aa  119  7e-26  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0841  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  31.06 
 
 
339 aa  108  1e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19560  uroporphyrinogen-III decarboxylase  26.45 
 
 
363 aa  108  2e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000289502 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0598  uroporphyrinogen decarboxylase  29.54 
 
 
335 aa  106  5e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1305  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  26.87 
 
 
337 aa  96.3  6e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.536887  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0808  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  27.94 
 
 
338 aa  93.6  4e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0417  uroporphyrinogen decarboxylase  22.46 
 
 
357 aa  93.2  5e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15330  methylamine-specific methylcobalamin coenzyme M methyltransferase  24.67 
 
 
448 aa  87.8  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01860  uroporphyrinogen-III decarboxylase  21.78 
 
 
375 aa  87  4e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2082  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  26.79 
 
 
344 aa  85.5  0.000000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2786  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  25.86 
 
 
355 aa  85.5  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26140  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  23.22 
 
 
341 aa  85.5  0.000000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19550  uroporphyrinogen-III decarboxylase  24.45 
 
 
373 aa  82.8  0.000000000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.288142  hitchhiker  0.0000066757 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0419  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  24.38 
 
 
348 aa  82.4  0.00000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.919138  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4338  uroporphyrinogen decarboxylase  22.69 
 
 
354 aa  81.3  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.332252  normal  0.612683 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2069  methyltransferase MtaA/CmuA family  28.03 
 
 
348 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.096371  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3639  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  26.84 
 
 
339 aa  79.7  0.00000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.739876  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1005  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  23.24 
 
 
345 aa  77.8  0.0000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0077  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  24.18 
 
 
342 aa  78.2  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.268466 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25860  uroporphyrinogen-III decarboxylase  26.4 
 
 
343 aa  74.7  0.000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0600  uroporphyrinogen decarboxylase  25.78 
 
 
314 aa  73.9  0.000000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2005  uroporphyrinogen decarboxylase  22.26 
 
 
353 aa  71.6  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18310  uroporphyrinogen-III decarboxylase  24.27 
 
 
358 aa  71.2  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0838  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  22.34 
 
 
342 aa  71.2  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0448  uroporphyrinogen decarboxylase  25.1 
 
 
355 aa  70.9  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002177  uroporphyrinogen III decarboxylase  24.13 
 
 
355 aa  70.9  0.00000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2010  uroporphyrinogen decarboxylase  23.38 
 
 
352 aa  70.1  0.00000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2344  uroporphyrinogen decarboxylase  24.83 
 
 
352 aa  70.1  0.00000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.198374 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0245  uroporphyrinogen decarboxylase  22.83 
 
 
355 aa  69.3  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3849  uroporphyrinogen decarboxylase  23.62 
 
 
355 aa  68.9  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1825  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  21.98 
 
 
342 aa  67.8  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0459  uroporphyrinogen decarboxylase  23.62 
 
 
355 aa  67.8  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000960348 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0452  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  24.83 
 
 
310 aa  68.2  0.0000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0351  uroporphyrinogen decarboxylase  23.62 
 
 
355 aa  67.8  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.777116  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0196  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  25.37 
 
 
335 aa  68.2  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.343296  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3585  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  23 
 
 
367 aa  67.4  0.0000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.936166  normal  0.073488 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2102  methyltransferase MtaA/CmuA  25.37 
 
 
338 aa  67.4  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1054  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  23.94 
 
 
339 aa  67  0.0000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2887  uroporphyrinogen decarboxylase  27.24 
 
 
354 aa  66.6  0.0000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.242767  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0425  uroporphyrinogen decarboxylase  25 
 
 
343 aa  66.2  0.0000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0329871 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00219  uroporphyrinogen decarboxylase  23.81 
 
 
355 aa  66.2  0.0000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1688  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  26.37 
 
 
341 aa  64.7  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.967324  normal  0.14364 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2346  methyltransferase MtaA/CmuA  27.18 
 
 
349 aa  63.9  0.000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.189161 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4378  uroporphyrinogen decarboxylase  23.81 
 
 
354 aa  63.5  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.91714 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4500  uroporphyrinogen decarboxylase  23.81 
 
 
354 aa  63.2  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00407137 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4411  uroporphyrinogen decarboxylase  22.08 
 
 
354 aa  63.2  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.356712  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0123  uroporphyrinogen decarboxylase  23.96 
 
 
354 aa  63.2  0.000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180562  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2851  uroporphyrinogen decarboxylase  23.21 
 
 
355 aa  62.8  0.000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.180798  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1017  uroporphyrinogen decarboxylase  25.09 
 
 
352 aa  62.4  0.00000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0583  uroporphyrinogen decarboxylase  24.71 
 
 
346 aa  62  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45190  uroporphyrinogen decarboxylase  25.43 
 
 
355 aa  62  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3222  uroporphyrinogen decarboxylase  22.1 
 
 
354 aa  62  0.00000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.234724 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03874  uroporphyrinogen decarboxylase  23.81 
 
 
354 aa  62  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3997  uroporphyrinogen decarboxylase  23.81 
 
 
354 aa  62  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4498  uroporphyrinogen decarboxylase  23.41 
 
 
354 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0575835 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5466  uroporphyrinogen decarboxylase  23.81 
 
 
354 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.843277 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03827  hypothetical protein  23.81 
 
 
354 aa  62  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4445  uroporphyrinogen decarboxylase  23.81 
 
 
354 aa  62  0.00000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000531857 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03630  uroporphyrinogen decarboxylase  26.16 
 
 
343 aa  61.2  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4574  uroporphyrinogen decarboxylase  23.81 
 
 
354 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.300698 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4488  uroporphyrinogen decarboxylase  23.81 
 
 
354 aa  62  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.830156  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4028  uroporphyrinogen decarboxylase  23.81 
 
 
354 aa  62  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00901601 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4231  uroporphyrinogen decarboxylase  23.81 
 
 
354 aa  62  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4540  uroporphyrinogen decarboxylase  23.81 
 
 
354 aa  62  0.00000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00641  uroporphyrinogen decarboxylase  22.08 
 
 
380 aa  60.8  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0223  uroporphyrinogen decarboxylase  22.65 
 
 
354 aa  60.8  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0219  uroporphyrinogen decarboxylase  22.3 
 
 
354 aa  60.1  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2734  uroporphyrinogen decarboxylase  22.58 
 
 
359 aa  60.1  0.00000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.961609  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  22.95 
 
 
354 aa  59.7  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.844287  normal  0.0137069 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0019  uroporphyrinogen decarboxylase  25.23 
 
 
352 aa  58.5  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.693326  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18361  uroporphyrinogen decarboxylase  25.56 
 
 
352 aa  58.9  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.28197 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06391  uroporphyrinogen decarboxylase  25.23 
 
 
352 aa  58.2  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.401207  normal  0.983268 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0552  uroporphyrinogen decarboxylase  25.72 
 
 
355 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00147846 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6502  uroporphyrinogen decarboxylase  24.79 
 
 
341 aa  57.4  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.607973 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2695  uroporphyrinogen decarboxylase  28.16 
 
 
342 aa  56.6  0.0000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0214736  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5771  uroporphyrinogen decarboxylase  25 
 
 
355 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0210  uroporphyrinogen decarboxylase  21.75 
 
 
354 aa  56.6  0.0000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0124917 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2100  methyltransferase MtaA/CmuA  21.83 
 
 
350 aa  56.2  0.0000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1540  uroporphyrinogen decarboxylase  22.38 
 
 
354 aa  55.8  0.0000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0588582  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66550  uroporphyrinogen decarboxylase  25 
 
 
355 aa  55.8  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0427  uroporphyrinogen decarboxylase  23.4 
 
 
354 aa  55.8  0.0000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0415  uroporphyrinogen decarboxylase  23.96 
 
 
355 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0062  uroporphyrinogen decarboxylase  21.43 
 
 
386 aa  55.8  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.629057  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0387  uroporphyrinogen decarboxylase  23.89 
 
 
354 aa  55.5  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1013  uroporphyrinogen decarboxylase  24.62 
 
 
340 aa  55.1  0.000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0440  uroporphyrinogen decarboxylase  25 
 
 
354 aa  54.7  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00115919 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0918  uroporphyrinogen decarboxylase  24.53 
 
 
352 aa  53.9  0.000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.763067  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1216  uroporphyrinogen decarboxylase  24.4 
 
 
350 aa  54.7  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3546  uroporphyrinogen decarboxylase  21.58 
 
 
340 aa  54.3  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1058  uroporphyrinogen decarboxylase  23.47 
 
 
364 aa  54.3  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0946  uroporphyrinogen decarboxylase  25.53 
 
 
341 aa  54.3  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1934  uroporphyrinogen decarboxylase  24.37 
 
 
365 aa  54.3  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  24.59 
 
 
354 aa  54.3  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.104978 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06391  uroporphyrinogen decarboxylase  24.71 
 
 
346 aa  53.9  0.000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>