216 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_25860 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_25860  uroporphyrinogen-III decarboxylase  100 
 
 
343 aa  718    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18310  uroporphyrinogen-III decarboxylase  50.91 
 
 
358 aa  345  5e-94  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2785  MtaA/CmuA family methyltransferase  34.53 
 
 
372 aa  216  4e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.271038  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0417  uroporphyrinogen decarboxylase  30.5 
 
 
357 aa  194  2e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01860  uroporphyrinogen-III decarboxylase  31.55 
 
 
375 aa  187  3e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0076  uroporphyrinogen decarboxylase  28.91 
 
 
363 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.541731  normal  0.38624 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1826  uroporphyrinogen decarboxylase  28.61 
 
 
363 aa  172  7.999999999999999e-42  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0839  uroporphyrinogen decarboxylase  27.81 
 
 
363 aa  170  4e-41  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0598  uroporphyrinogen decarboxylase  28.53 
 
 
335 aa  155  6e-37  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19550  uroporphyrinogen-III decarboxylase  31.29 
 
 
373 aa  136  5e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.288142  hitchhiker  0.0000066757 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19560  uroporphyrinogen-III decarboxylase  29.02 
 
 
363 aa  131  2.0000000000000002e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000289502 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2346  methyltransferase MtaA/CmuA  28.24 
 
 
349 aa  123  6e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.189161 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1447  cobalamin B12-binding  26.95 
 
 
556 aa  101  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0642463 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0731  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  28.1 
 
 
319 aa  101  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.20168  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0808  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  25.45 
 
 
338 aa  100  3e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1005  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  24.32 
 
 
345 aa  99.4  9e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1305  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  25.54 
 
 
337 aa  93.6  5e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.536887  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2102  methyltransferase MtaA/CmuA  24.83 
 
 
338 aa  92.4  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3585  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  30 
 
 
367 aa  89  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.936166  normal  0.073488 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5697  methyltransferase MtaA/CmuA family  23.26 
 
 
617 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3639  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  24.24 
 
 
339 aa  87  4e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.739876  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1688  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  24.47 
 
 
341 aa  86.3  7e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.967324  normal  0.14364 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0196  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  24.32 
 
 
335 aa  86.3  7e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.343296  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1054  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  24.01 
 
 
339 aa  84.3  0.000000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1825  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  23.98 
 
 
342 aa  83.6  0.000000000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0077  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  23.03 
 
 
342 aa  82.4  0.00000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.268466 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0838  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  23.17 
 
 
342 aa  80.1  0.00000000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0600  uroporphyrinogen decarboxylase  25.51 
 
 
314 aa  79  0.0000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0452  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  24.16 
 
 
310 aa  77  0.0000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2069  methyltransferase MtaA/CmuA family  21.9 
 
 
348 aa  75.1  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.096371  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0023  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  26.4 
 
 
337 aa  75.1  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15330  methylamine-specific methylcobalamin coenzyme M methyltransferase  23.92 
 
 
448 aa  74.7  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2786  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  22.88 
 
 
355 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0841  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  21.99 
 
 
339 aa  73.6  0.000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2100  methyltransferase MtaA/CmuA  23.96 
 
 
350 aa  72.8  0.000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0419  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  22.97 
 
 
348 aa  71.6  0.00000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.919138  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26140  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  23.67 
 
 
341 aa  71.6  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0134  uroporphyrinogen decarboxylase  24.6 
 
 
372 aa  71.6  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.106114  normal  0.310056 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1714  uroporphyrinogen decarboxylase  29.28 
 
 
354 aa  70.5  0.00000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.451104  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3422  uroporphyrinogen decarboxylase  27.27 
 
 
354 aa  70.1  0.00000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4338  uroporphyrinogen decarboxylase  24.4 
 
 
354 aa  69.3  0.0000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.332252  normal  0.612683 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3222  uroporphyrinogen decarboxylase  25.97 
 
 
354 aa  68.9  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.234724 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0427  uroporphyrinogen decarboxylase  24.64 
 
 
354 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2317  uroporphyrinogen decarboxylase  26.02 
 
 
335 aa  68.6  0.0000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0430681  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  25.5 
 
 
354 aa  67.8  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.844287  normal  0.0137069 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002177  uroporphyrinogen III decarboxylase  24.27 
 
 
355 aa  67  0.0000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0468  uroporphyrinogen decarboxylase  27.07 
 
 
354 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.551624  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2887  uroporphyrinogen decarboxylase  23.33 
 
 
354 aa  66.6  0.0000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.242767  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00219  uroporphyrinogen decarboxylase  24.27 
 
 
355 aa  66.2  0.0000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0482  uroporphyrinogen decarboxylase  25.37 
 
 
354 aa  65.9  0.0000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  24.17 
 
 
354 aa  65.9  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.104978 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3008  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  27.07 
 
 
357 aa  65.5  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3713  uroporphyrinogen decarboxylase  25.13 
 
 
360 aa  65.5  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2851  uroporphyrinogen decarboxylase  24.27 
 
 
355 aa  65.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.180798  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2569  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  29.5 
 
 
371 aa  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000262106  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00641  uroporphyrinogen decarboxylase  23.76 
 
 
380 aa  64.7  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0219  uroporphyrinogen decarboxylase  24.86 
 
 
354 aa  64.7  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0440  uroporphyrinogen decarboxylase  23.7 
 
 
354 aa  64.3  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00115919 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0245  uroporphyrinogen decarboxylase  24.86 
 
 
355 aa  63.9  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0223  uroporphyrinogen decarboxylase  24.86 
 
 
354 aa  64.3  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4080  uroporphyrinogen decarboxylase  23.96 
 
 
356 aa  63.5  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2998  uroporphyrinogen decarboxylase  26.6 
 
 
354 aa  63.5  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0123  uroporphyrinogen decarboxylase  24.02 
 
 
354 aa  62.8  0.000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180562  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2082  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  22.64 
 
 
344 aa  62  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3121  uroporphyrinogen decarboxylase  26.6 
 
 
354 aa  62  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.176103  normal  0.535285 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0599  uroporphyrinogen-III decarboxylase-like protein  25.58 
 
 
267 aa  61.6  0.00000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4574  uroporphyrinogen decarboxylase  25.14 
 
 
354 aa  61.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.300698 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3867  uroporphyrinogen decarboxylase  23.89 
 
 
357 aa  60.1  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3849  uroporphyrinogen decarboxylase  23.41 
 
 
355 aa  60.1  0.00000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0957  uroporphyrinogen decarboxylase  21.83 
 
 
348 aa  59.7  0.00000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4411  uroporphyrinogen decarboxylase  24.58 
 
 
354 aa  59.7  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.356712  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03874  uroporphyrinogen decarboxylase  24.02 
 
 
354 aa  59.3  0.00000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3997  uroporphyrinogen decarboxylase  24.02 
 
 
354 aa  59.3  0.00000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4488  uroporphyrinogen decarboxylase  24.02 
 
 
354 aa  59.3  0.00000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.830156  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4231  uroporphyrinogen decarboxylase  24.02 
 
 
354 aa  59.3  0.00000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4445  uroporphyrinogen decarboxylase  24.02 
 
 
354 aa  59.3  0.00000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000531857 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03827  hypothetical protein  24.02 
 
 
354 aa  59.3  0.00000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1058  uroporphyrinogen decarboxylase  21.47 
 
 
364 aa  59.3  0.00000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4028  uroporphyrinogen decarboxylase  24.02 
 
 
354 aa  59.3  0.00000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00901601 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4540  uroporphyrinogen decarboxylase  24.02 
 
 
354 aa  59.3  0.00000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4500  uroporphyrinogen decarboxylase  24.58 
 
 
354 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00407137 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4378  uroporphyrinogen decarboxylase  24.58 
 
 
354 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.91714 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2779  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  24.48 
 
 
356 aa  58.9  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.313146 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0351  uroporphyrinogen decarboxylase  23.41 
 
 
355 aa  58.9  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.777116  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4498  uroporphyrinogen decarboxylase  24.58 
 
 
354 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0575835 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2666  uroporphyrinogen decarboxylase  23.68 
 
 
354 aa  58.9  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000212078  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0459  uroporphyrinogen decarboxylase  23.41 
 
 
355 aa  58.9  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000960348 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5466  uroporphyrinogen decarboxylase  24.02 
 
 
354 aa  59.3  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.843277 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0332  uroporphyrinogen decarboxylase  23.89 
 
 
350 aa  57.8  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0475139  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1788  uroporphyrinogen decarboxylase  24.29 
 
 
350 aa  58.2  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3020  uroporphyrinogen decarboxylase  25.99 
 
 
351 aa  57.8  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.404032  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3890  uroporphyrinogen decarboxylase  24.31 
 
 
366 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2734  uroporphyrinogen decarboxylase  21.9 
 
 
359 aa  58.2  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.961609  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2671  uroporphyrinogen decarboxylase  25 
 
 
353 aa  57.8  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.181527 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0210  uroporphyrinogen decarboxylase  24.59 
 
 
354 aa  57.4  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0124917 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0387  uroporphyrinogen decarboxylase  24.88 
 
 
354 aa  57.4  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0032  uroporphyrinogen decarboxylase  23.2 
 
 
355 aa  56.6  0.0000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.590696  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2765  uroporphyrinogen decarboxylase  25 
 
 
365 aa  57  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0272  uroporphyrinogen decarboxylase  24.73 
 
 
352 aa  56.6  0.0000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.109144 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4408  uroporphyrinogen decarboxylase  29.12 
 
 
349 aa  56.2  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>