206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_18310 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_18310  uroporphyrinogen-III decarboxylase  100 
 
 
358 aa  737    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25860  uroporphyrinogen-III decarboxylase  50.91 
 
 
343 aa  339  4e-92  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2785  MtaA/CmuA family methyltransferase  31.41 
 
 
372 aa  196  6e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.271038  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0417  uroporphyrinogen decarboxylase  32.86 
 
 
357 aa  192  1e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19550  uroporphyrinogen-III decarboxylase  34.82 
 
 
373 aa  181  2e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.288142  hitchhiker  0.0000066757 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19560  uroporphyrinogen-III decarboxylase  32.67 
 
 
363 aa  176  5e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000289502 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0076  uroporphyrinogen decarboxylase  30.95 
 
 
363 aa  176  5e-43  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.541731  normal  0.38624 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0839  uroporphyrinogen decarboxylase  30.35 
 
 
363 aa  175  9.999999999999999e-43  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1826  uroporphyrinogen decarboxylase  30.7 
 
 
363 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0598  uroporphyrinogen decarboxylase  30.7 
 
 
335 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01860  uroporphyrinogen-III decarboxylase  29.68 
 
 
375 aa  165  9e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0731  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  28.61 
 
 
319 aa  139  6e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.20168  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2346  methyltransferase MtaA/CmuA  28.09 
 
 
349 aa  130  4.0000000000000003e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.189161 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0808  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  28.03 
 
 
338 aa  119  9e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3585  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  27.91 
 
 
367 aa  116  6.9999999999999995e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.936166  normal  0.073488 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3639  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  26.5 
 
 
339 aa  115  8.999999999999998e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.739876  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2102  methyltransferase MtaA/CmuA  26.3 
 
 
338 aa  115  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1005  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  26.38 
 
 
345 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0452  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  27.97 
 
 
310 aa  112  8.000000000000001e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2786  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  26.12 
 
 
355 aa  108  1e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1447  cobalamin B12-binding  29.72 
 
 
556 aa  107  3e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0642463 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1054  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  24.78 
 
 
339 aa  103  5e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15330  methylamine-specific methylcobalamin coenzyme M methyltransferase  24.93 
 
 
448 aa  102  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0841  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  24.65 
 
 
339 aa  95.5  1e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4338  uroporphyrinogen decarboxylase  25.57 
 
 
354 aa  95.1  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.332252  normal  0.612683 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1688  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  24.57 
 
 
341 aa  93.6  4e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.967324  normal  0.14364 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2069  methyltransferase MtaA/CmuA family  22.8 
 
 
348 aa  90.1  5e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.096371  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1305  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  25.72 
 
 
337 aa  88.2  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.536887  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0077  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  23.98 
 
 
342 aa  85.5  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.268466 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1825  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  24.43 
 
 
342 aa  84.7  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0196  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  23.32 
 
 
335 aa  83.2  0.000000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.343296  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2100  methyltransferase MtaA/CmuA  23.12 
 
 
350 aa  82.4  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2082  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  22.35 
 
 
344 aa  82.4  0.00000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26140  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  24.57 
 
 
341 aa  82  0.00000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5697  methyltransferase MtaA/CmuA family  24.14 
 
 
617 aa  81.3  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0838  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  23.3 
 
 
342 aa  80.1  0.00000000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0419  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  25.74 
 
 
348 aa  75.9  0.000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.919138  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0600  uroporphyrinogen decarboxylase  27.23 
 
 
314 aa  72.4  0.00000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0023  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  24.27 
 
 
337 aa  71.2  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0425  uroporphyrinogen decarboxylase  23.68 
 
 
343 aa  69.7  0.00000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0329871 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2887  uroporphyrinogen decarboxylase  25.34 
 
 
354 aa  70.1  0.00000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.242767  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0062  uroporphyrinogen decarboxylase  23.16 
 
 
386 aa  68.9  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.629057  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2317  uroporphyrinogen decarboxylase  24.21 
 
 
335 aa  65.9  0.000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0430681  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1713  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  23.03 
 
 
349 aa  65.5  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00218554  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0957  uroporphyrinogen decarboxylase  24.23 
 
 
348 aa  65.1  0.000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12950  Uroporphyrinogen-III decarboxylase  23.47 
 
 
380 aa  63.9  0.000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000558347  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0134  uroporphyrinogen decarboxylase  24.1 
 
 
372 aa  63.9  0.000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.106114  normal  0.310056 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2386  methylcobamide:CoM methyltransferase-related protein  23.71 
 
 
341 aa  61.2  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2569  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  28.06 
 
 
371 aa  60.8  0.00000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000262106  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1058  uroporphyrinogen decarboxylase  24.58 
 
 
364 aa  60.8  0.00000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2851  uroporphyrinogen decarboxylase  27.66 
 
 
355 aa  60.1  0.00000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.180798  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2886  uroporphyrinogen-III decarboxylase-like protein  27.27 
 
 
361 aa  59.7  0.00000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2750  uroporphyrinogen decarboxylase  24.11 
 
 
340 aa  59.3  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0245  uroporphyrinogen decarboxylase  27.08 
 
 
355 aa  58.9  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3222  uroporphyrinogen decarboxylase  22.91 
 
 
354 aa  59.3  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.234724 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4080  uroporphyrinogen decarboxylase  25.79 
 
 
356 aa  58.2  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002177  uroporphyrinogen III decarboxylase  28.37 
 
 
355 aa  58.5  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00219  uroporphyrinogen decarboxylase  28.37 
 
 
355 aa  58.5  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0693  uroporphyrinogen decarboxylase  26.81 
 
 
351 aa  57.4  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3422  uroporphyrinogen decarboxylase  27.98 
 
 
354 aa  57.4  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4642  Uroporphyrinogen-III decarboxylase-like protein  26.39 
 
 
382 aa  56.6  0.0000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2344  uroporphyrinogen decarboxylase  23.68 
 
 
352 aa  56.6  0.0000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.198374 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00641  uroporphyrinogen decarboxylase  24.42 
 
 
380 aa  55.8  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2998  uroporphyrinogen decarboxylase  23.44 
 
 
354 aa  55.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2666  uroporphyrinogen decarboxylase  25.23 
 
 
354 aa  54.7  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000212078  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4344  uroporphyrinogen decarboxylase  27.43 
 
 
337 aa  55.1  0.000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.167792  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4408  uroporphyrinogen decarboxylase  25.37 
 
 
349 aa  54.7  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1818  uroporphyrinogen decarboxylase  24.65 
 
 
402 aa  54.3  0.000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.935684  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3121  uroporphyrinogen decarboxylase  22.99 
 
 
354 aa  54.7  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.176103  normal  0.535285 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0599  uroporphyrinogen-III decarboxylase-like protein  24.52 
 
 
267 aa  54.7  0.000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0019  uroporphyrinogen decarboxylase  24.49 
 
 
352 aa  53.9  0.000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.693326  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06391  uroporphyrinogen decarboxylase  24.15 
 
 
352 aa  53.9  0.000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.401207  normal  0.983268 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0377  uroporphyrinogen decarboxylase  24.65 
 
 
361 aa  53.9  0.000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00215009  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3498  uroporphyrinogen decarboxylase  33.33 
 
 
367 aa  53.5  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.362674 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1892  uroporphyrinogen decarboxylase  33.64 
 
 
357 aa  53.5  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3453  uroporphyrinogen decarboxylase  27.33 
 
 
340 aa  53.1  0.000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0575742  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0728  uroporphyrinogen decarboxylase  26.06 
 
 
354 aa  53.1  0.000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0876  uroporphyrinogen decarboxylase  26.06 
 
 
354 aa  53.1  0.000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  27.14 
 
 
354 aa  52.4  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.844287  normal  0.0137069 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0016  uroporphyrinogen decarboxylase  27.33 
 
 
340 aa  52.8  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.87416  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1088  uroporphyrinogen decarboxylase  31.54 
 
 
350 aa  52  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1763  uroporphyrinogen decarboxylase  25.94 
 
 
354 aa  52  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000856946  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28976  predicted protein  22.67 
 
 
365 aa  52.4  0.00001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0707495  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1532  uroporphyrinogen decarboxylase  26.37 
 
 
371 aa  52.4  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.762506  normal  0.967001 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2089  uroporphyrinogen decarboxylase  25 
 
 
359 aa  52.4  0.00001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0015  uroporphyrinogen decarboxylase  27.33 
 
 
339 aa  52.8  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00367491  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1187  uroporphyrinogen decarboxylase  24.18 
 
 
353 aa  51.6  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36030  uroporphyrinogen decarboxylase  26.18 
 
 
355 aa  51.2  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.142165  normal  0.921128 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0123  uroporphyrinogen decarboxylase  26.43 
 
 
354 aa  52  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180562  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0427  uroporphyrinogen decarboxylase  25.95 
 
 
354 aa  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0118  uroporphyrinogen decarboxylase  26.87 
 
 
341 aa  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0821  uroporphyrinogen decarboxylase  24.74 
 
 
369 aa  52  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00198157  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0468  uroporphyrinogen decarboxylase  24.86 
 
 
354 aa  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.551624  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0116  uroporphyrinogen decarboxylase  28.57 
 
 
353 aa  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.754255  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1714  uroporphyrinogen decarboxylase  22.65 
 
 
354 aa  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.451104  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2765  uroporphyrinogen decarboxylase  26.76 
 
 
365 aa  51.6  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3546  uroporphyrinogen decarboxylase  30.71 
 
 
340 aa  52  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0332  uroporphyrinogen decarboxylase  22.91 
 
 
350 aa  50.8  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0475139  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1147  uroporphyrinogen decarboxylase  30.77 
 
 
350 aa  51.2  0.00003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2671  uroporphyrinogen decarboxylase  25.19 
 
 
353 aa  50.8  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.181527 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>