More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0440 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_3846  uroporphyrinogen decarboxylase  88.98 
 
 		 354 aa  661    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000118509 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  98.31 
 
 		 354 aa  728    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.104978 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0413  uroporphyrinogen decarboxylase  89.27 
 
 		 354 aa  663    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0435  uroporphyrinogen decarboxylase  90.11 
 
 		 354 aa  669    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3422  uroporphyrinogen decarboxylase  92.37 
 
 		 354 aa  692    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3920  uroporphyrinogen decarboxylase  88.98 
 
 		 354 aa  660    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3406  uroporphyrinogen decarboxylase  90.4 
 
 		 354 aa  670    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0440  uroporphyrinogen decarboxylase  100 
 
 		 354 aa  736    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00115919 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0468  uroporphyrinogen decarboxylase  94.35 
 
 		 354 aa  700    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.551624  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4042  uroporphyrinogen decarboxylase  89.27 
 
 		 354 aa  663    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.984022 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0427  uroporphyrinogen decarboxylase  97.18 
 
 		 354 aa  719    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0439  uroporphyrinogen decarboxylase  89.55 
 
 		 354 aa  667    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3590  uroporphyrinogen decarboxylase  89.55 
 
 		 354 aa  667    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0482  uroporphyrinogen decarboxylase  92.66 
 
 		 354 aa  694    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0435  uroporphyrinogen decarboxylase  89.55 
 
 		 354 aa  667    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0387  uroporphyrinogen decarboxylase  87.57 
 
 		 354 aa  655    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0459  uroporphyrinogen decarboxylase  79.38 
 
 		 355 aa  587  1e-167  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000960348 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0351  uroporphyrinogen decarboxylase  79.38 
 
 		 355 aa  587  1e-167  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.777116  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3849  uroporphyrinogen decarboxylase  79.38 
 
 		 355 aa  588  1e-167  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4411  uroporphyrinogen decarboxylase  79.1 
 
 		 354 aa  587  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.356712  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4500  uroporphyrinogen decarboxylase  79.38 
 
 		 354 aa  587  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00407137 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4498  uroporphyrinogen decarboxylase  79.1 
 
 		 354 aa  587  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0575835 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4378  uroporphyrinogen decarboxylase  78.81 
 
 		 354 aa  584  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.91714 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4574  uroporphyrinogen decarboxylase  78.81 
 
 		 354 aa  583  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.300698 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  78.81 
 
 		 354 aa  582  1.0000000000000001e-165  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.844287  normal  0.0137069 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0223  uroporphyrinogen decarboxylase  78.19 
 
 		 354 aa  580  1.0000000000000001e-165  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03874  uroporphyrinogen decarboxylase  78.25 
 
 		 354 aa  579  1e-164  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3997  uroporphyrinogen decarboxylase  78.25 
 
 		 354 aa  579  1e-164  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00641  uroporphyrinogen decarboxylase  77.49 
 
 		 380 aa  580  1e-164  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4445  uroporphyrinogen decarboxylase  78.25 
 
 		 354 aa  579  1e-164  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000531857 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4488  uroporphyrinogen decarboxylase  78.25 
 
 		 354 aa  579  1e-164  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.830156  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4540  uroporphyrinogen decarboxylase  78.25 
 
 		 354 aa  579  1e-164  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5466  uroporphyrinogen decarboxylase  78.25 
 
 		 354 aa  579  1e-164  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.843277 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0219  uroporphyrinogen decarboxylase  78.19 
 
 		 354 aa  580  1e-164  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03827  hypothetical protein  78.25 
 
 		 354 aa  579  1e-164  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4028  uroporphyrinogen decarboxylase  78.25 
 
 		 354 aa  579  1e-164  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00901601 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4231  uroporphyrinogen decarboxylase  78.25 
 
 		 354 aa  579  1e-164  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3867  uroporphyrinogen decarboxylase  77.97 
 
 		 357 aa  576  1.0000000000000001e-163  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0448  uroporphyrinogen decarboxylase  76.62 
 
 		 355 aa  575  1.0000000000000001e-163  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3713  uroporphyrinogen decarboxylase  77.97 
 
 		 360 aa  575  1.0000000000000001e-163  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0210  uroporphyrinogen decarboxylase  77.62 
 
 		 354 aa  575  1.0000000000000001e-163  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0124917 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0245  uroporphyrinogen decarboxylase  75.14 
 
 		 355 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2851  uroporphyrinogen decarboxylase  75.77 
 
 		 355 aa  566  1e-160  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.180798  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1540  uroporphyrinogen decarboxylase  74.58 
 
 		 354 aa  566  1e-160  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0588582  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5124  uroporphyrinogen decarboxylase  75.99 
 
 		 354 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0392  uroporphyrinogen decarboxylase  76.27 
 
 		 354 aa  564  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5074  uroporphyrinogen decarboxylase  75.71 
 
 		 354 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5118  uroporphyrinogen decarboxylase  74.58 
 
 		 354 aa  559  1e-158  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4947  uroporphyrinogen decarboxylase  75.42 
 
 		 354 aa  557  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.136579  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0123  uroporphyrinogen decarboxylase  74.86 
 
 		 354 aa  560  1e-158  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180562  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0414  uroporphyrinogen decarboxylase  74.22 
 
 		 354 aa  553  1e-156  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002177  uroporphyrinogen III decarboxylase  73.8 
 
 		 355 aa  549  1e-155  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3222  uroporphyrinogen decarboxylase  72.52 
 
 		 354 aa  548  1e-155  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.234724 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0415  uroporphyrinogen decarboxylase  74.08 
 
 		 355 aa  547  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66550  uroporphyrinogen decarboxylase  74.29 
 
 		 355 aa  546  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00219  uroporphyrinogen decarboxylase  73.24 
 
 		 355 aa  543  1e-153  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2734  uroporphyrinogen decarboxylase  72.32 
 
 		 359 aa  541  1e-153  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.961609  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5771  uroporphyrinogen decarboxylase  74.01 
 
 		 355 aa  544  1e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0552  uroporphyrinogen decarboxylase  72.68 
 
 		 355 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00147846 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2681  uroporphyrinogen decarboxylase  72.88 
 
 		 354 aa  538  9.999999999999999e-153  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.418282 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45190  uroporphyrinogen decarboxylase  73.52 
 
 		 355 aa  540  9.999999999999999e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0836  uroporphyrinogen decarboxylase  70.9 
 
 		 354 aa  527  1e-148  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.41854  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3008  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  67.71 
 
 		 357 aa  523  1e-147  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3020  uroporphyrinogen decarboxylase  68.88 
 
 		 351 aa  516  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.404032  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1934  uroporphyrinogen decarboxylase  67.42 
 
 		 365 aa  502  1e-141  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0116  uroporphyrinogen decarboxylase  66.29 
 
 		 353 aa  498  1e-140  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.754255  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1118  uroporphyrinogen decarboxylase  67.9 
 
 		 366 aa  500  1e-140  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2765  uroporphyrinogen decarboxylase  68.93 
 
 		 365 aa  497  1e-139  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0272  uroporphyrinogen decarboxylase  65.79 
 
 		 352 aa  490  1e-137  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.109144 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2666  uroporphyrinogen decarboxylase  65.72 
 
 		 354 aa  486  1e-136  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000212078  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0705  uroporphyrinogen decarboxylase  63.28 
 
 		 365 aa  480  1e-134  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4080  uroporphyrinogen decarboxylase  63.58 
 
 		 356 aa  470  1.0000000000000001e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2779  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  63.04 
 
 		 356 aa  465  9.999999999999999e-131  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.313146 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1058  uroporphyrinogen decarboxylase  62.22 
 
 		 364 aa  466  9.999999999999999e-131  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0032  uroporphyrinogen decarboxylase  62.57 
 
 		 355 aa  463  1e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.590696  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0332  uroporphyrinogen decarboxylase  62.72 
 
 		 350 aa  455  1e-127  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0475139  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0025  uroporphyrinogen decarboxylase  59.2 
 
 		 356 aa  445  1.0000000000000001e-124  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2005  uroporphyrinogen decarboxylase  60.06 
 
 		 353 aa  442  1e-123  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2010  uroporphyrinogen decarboxylase  59.77 
 
 		 352 aa  441  9.999999999999999e-123  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0876  uroporphyrinogen decarboxylase  63.19 
 
 		 354 aa  438  9.999999999999999e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0728  uroporphyrinogen decarboxylase  63.19 
 
 		 354 aa  438  9.999999999999999e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3292  uroporphyrinogen decarboxylase  59.26 
 
 		 392 aa  436  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.136246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0044  uroporphyrinogen decarboxylase  60.23 
 
 		 366 aa  435  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.629756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2944  uroporphyrinogen decarboxylase  59.09 
 
 		 392 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0032555  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0111  uroporphyrinogen decarboxylase  59.09 
 
 		 392 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0979299  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0112  uroporphyrinogen decarboxylase  58.97 
 
 		 392 aa  433  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.226113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0110  uroporphyrinogen decarboxylase  58.81 
 
 		 375 aa  433  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.760433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0101  uroporphyrinogen decarboxylase  58.81 
 
 		 392 aa  433  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3304  uroporphyrinogen decarboxylase  59.26 
 
 		 364 aa  429  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3963  uroporphyrinogen decarboxylase  58.97 
 
 		 364 aa  428  1e-119  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0126  uroporphyrinogen decarboxylase  58.24 
 
 		 375 aa  431  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4036  uroporphyrinogen decarboxylase  58.97 
 
 		 364 aa  427  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.617261  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3349  uroporphyrinogen decarboxylase  58.69 
 
 		 364 aa  426  1e-118  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2962  uroporphyrinogen decarboxylase  58.69 
 
 		 405 aa  425  1e-118  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1502  uroporphyrinogen decarboxylase  60 
 
 		 378 aa  425  1e-118  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1580  uroporphyrinogen decarboxylase  58.69 
 
 		 364 aa  426  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1681  uroporphyrinogen decarboxylase  60 
 
 		 378 aa  425  1e-118  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3022  uroporphyrinogen decarboxylase  58.69 
 
 		 364 aa  426  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3524  uroporphyrinogen decarboxylase  58.69 
 
 		 356 aa  426  1e-118  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00974086 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3890  uroporphyrinogen decarboxylase  59.38 
 
 		 366 aa  426  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>