157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_19550 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_19550  uroporphyrinogen-III decarboxylase  100 
 
 
373 aa  775    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.288142  hitchhiker  0.0000066757 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19560  uroporphyrinogen-III decarboxylase  35.96 
 
 
363 aa  235  7e-61  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000289502 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0417  uroporphyrinogen decarboxylase  36.42 
 
 
357 aa  224  3e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01860  uroporphyrinogen-III decarboxylase  34.78 
 
 
375 aa  207  2e-52  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0076  uroporphyrinogen decarboxylase  34 
 
 
363 aa  195  1e-48  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.541731  normal  0.38624 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0839  uroporphyrinogen decarboxylase  33.71 
 
 
363 aa  194  2e-48  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1826  uroporphyrinogen decarboxylase  33.71 
 
 
363 aa  194  2e-48  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18310  uroporphyrinogen-III decarboxylase  34.82 
 
 
358 aa  181  2e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2785  MtaA/CmuA family methyltransferase  31.79 
 
 
372 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.271038  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25860  uroporphyrinogen-III decarboxylase  30.96 
 
 
343 aa  129  1.0000000000000001e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0598  uroporphyrinogen decarboxylase  32.23 
 
 
335 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0731  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  28.94 
 
 
319 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.20168  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0808  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  25.36 
 
 
338 aa  95.1  2e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1825  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  23.66 
 
 
342 aa  94.4  3e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3639  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  24.44 
 
 
339 aa  94  4e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.739876  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0838  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  23.1 
 
 
342 aa  92.8  9e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0077  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  23.51 
 
 
342 aa  92  2e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.268466 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3585  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  24.08 
 
 
367 aa  90.9  3e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.936166  normal  0.073488 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1447  cobalamin B12-binding  27.51 
 
 
556 aa  83.2  0.000000000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0642463 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1054  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  25.28 
 
 
339 aa  82.8  0.000000000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0023  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  24.45 
 
 
337 aa  82.8  0.000000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5697  methyltransferase MtaA/CmuA family  29.61 
 
 
617 aa  79.3  0.00000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0841  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  27.13 
 
 
339 aa  79.3  0.0000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2346  methyltransferase MtaA/CmuA  24.59 
 
 
349 aa  78.6  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.189161 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2102  methyltransferase MtaA/CmuA  26.34 
 
 
338 aa  76.6  0.0000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0600  uroporphyrinogen decarboxylase  26.92 
 
 
314 aa  75.9  0.000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1305  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  23.21 
 
 
337 aa  75.5  0.000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.536887  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2082  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  25.66 
 
 
344 aa  74.3  0.000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2386  methylcobamide:CoM methyltransferase-related protein  25.21 
 
 
341 aa  73.2  0.000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2100  methyltransferase MtaA/CmuA  26.07 
 
 
350 aa  72.8  0.000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0425  uroporphyrinogen decarboxylase  21.7 
 
 
343 aa  72  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0329871 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1005  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  26.11 
 
 
345 aa  70.9  0.00000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2932  hypothetical protein  28.64 
 
 
397 aa  69.3  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2069  methyltransferase MtaA/CmuA family  25.52 
 
 
348 aa  68.2  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.096371  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0386  hypothetical protein  28.64 
 
 
389 aa  67.4  0.0000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.33173  normal  0.334793 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26140  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  24.06 
 
 
341 aa  67.4  0.0000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0245  uroporphyrinogen decarboxylase  24.91 
 
 
355 aa  67  0.0000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0196  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  25.84 
 
 
335 aa  66.2  0.0000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.343296  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0452  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  22.71 
 
 
310 aa  64.7  0.000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1317  hypothetical protein  29.73 
 
 
390 aa  64.7  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.600188 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1713  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  22.29 
 
 
349 aa  64.3  0.000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00218554  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0387  uroporphyrinogen decarboxylase  27.27 
 
 
354 aa  63.2  0.000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0419  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  19.75 
 
 
348 aa  62.4  0.00000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.919138  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2786  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  20.87 
 
 
355 aa  61.6  0.00000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0062  uroporphyrinogen decarboxylase  27.49 
 
 
386 aa  62  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.629057  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1688  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  26.11 
 
 
341 aa  61.2  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.967324  normal  0.14364 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  26.26 
 
 
354 aa  61.2  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.844287  normal  0.0137069 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0957  uroporphyrinogen decarboxylase  20.68 
 
 
348 aa  60.5  0.00000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0468  uroporphyrinogen decarboxylase  26.54 
 
 
354 aa  60.5  0.00000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.551624  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00641  uroporphyrinogen decarboxylase  25.87 
 
 
380 aa  60.5  0.00000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3422  uroporphyrinogen decarboxylase  27.69 
 
 
354 aa  60.1  0.00000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2569  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  27.42 
 
 
371 aa  60.1  0.00000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000262106  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002177  uroporphyrinogen III decarboxylase  24.21 
 
 
355 aa  59.7  0.00000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0448  uroporphyrinogen decarboxylase  25.1 
 
 
355 aa  59.3  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2681  uroporphyrinogen decarboxylase  26.81 
 
 
354 aa  58.9  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.418282 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4338  uroporphyrinogen decarboxylase  19.43 
 
 
354 aa  58.2  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.332252  normal  0.612683 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1314  hypothetical protein  27.91 
 
 
438 aa  57.4  0.0000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.42967 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0210  uroporphyrinogen decarboxylase  26.43 
 
 
354 aa  57.4  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0124917 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0032  uroporphyrinogen decarboxylase  25.7 
 
 
355 aa  57  0.0000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.590696  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15330  methylamine-specific methylcobalamin coenzyme M methyltransferase  23.31 
 
 
448 aa  56.6  0.0000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00219  uroporphyrinogen decarboxylase  23.51 
 
 
355 aa  55.8  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2851  uroporphyrinogen decarboxylase  22.46 
 
 
355 aa  54.7  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.180798  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1017  uroporphyrinogen decarboxylase  26.19 
 
 
352 aa  55.5  0.000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4500  uroporphyrinogen decarboxylase  26.62 
 
 
354 aa  54.7  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00407137 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0413  uroporphyrinogen decarboxylase  26.22 
 
 
354 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0552  uroporphyrinogen decarboxylase  28.35 
 
 
355 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00147846 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2734  uroporphyrinogen decarboxylase  24.46 
 
 
359 aa  55.1  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.961609  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3920  uroporphyrinogen decarboxylase  26.22 
 
 
354 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0427  uroporphyrinogen decarboxylase  26.22 
 
 
354 aa  55.1  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4042  uroporphyrinogen decarboxylase  26.22 
 
 
354 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.984022 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1368  uroporphyrinogen decarboxylase  27.76 
 
 
344 aa  54.7  0.000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368391  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0439  uroporphyrinogen decarboxylase  26.92 
 
 
354 aa  54.7  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3590  uroporphyrinogen decarboxylase  26.92 
 
 
354 aa  54.7  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5466  uroporphyrinogen decarboxylase  27.93 
 
 
354 aa  54.7  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.843277 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0435  uroporphyrinogen decarboxylase  26.92 
 
 
354 aa  54.7  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1058  uroporphyrinogen decarboxylase  27.18 
 
 
364 aa  54.7  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0079  uroporphyrinogen decarboxylase  26.62 
 
 
287 aa  54.3  0.000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0659182  hitchhiker  0.00575431 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1118  uroporphyrinogen decarboxylase  25.56 
 
 
366 aa  54.7  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3846  uroporphyrinogen decarboxylase  26.62 
 
 
354 aa  54.7  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000118509 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0435  uroporphyrinogen decarboxylase  26.92 
 
 
354 aa  53.9  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4411  uroporphyrinogen decarboxylase  26.26 
 
 
354 aa  53.9  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.356712  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0482  uroporphyrinogen decarboxylase  25.77 
 
 
354 aa  53.9  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0440  uroporphyrinogen decarboxylase  25 
 
 
354 aa  53.9  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00115919 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3406  uroporphyrinogen decarboxylase  25.52 
 
 
354 aa  53.5  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0415  uroporphyrinogen decarboxylase  27.63 
 
 
355 aa  53.1  0.000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.218372 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03874  uroporphyrinogen decarboxylase  27.48 
 
 
354 aa  52.8  0.000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3997  uroporphyrinogen decarboxylase  27.48 
 
 
354 aa  52.8  0.000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4488  uroporphyrinogen decarboxylase  27.48 
 
 
354 aa  52.8  0.000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.830156  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4028  uroporphyrinogen decarboxylase  27.48 
 
 
354 aa  52.8  0.000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00901601 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03827  hypothetical protein  27.48 
 
 
354 aa  52.8  0.000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4231  uroporphyrinogen decarboxylase  27.48 
 
 
354 aa  52.8  0.000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4540  uroporphyrinogen decarboxylase  27.48 
 
 
354 aa  52.8  0.000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4445  uroporphyrinogen decarboxylase  27.48 
 
 
354 aa  52.8  0.000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000531857 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4378  uroporphyrinogen decarboxylase  25.89 
 
 
354 aa  52.4  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.91714 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  24.62 
 
 
354 aa  52.8  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.104978 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1216  uroporphyrinogen decarboxylase  29.6 
 
 
350 aa  52.4  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4498  uroporphyrinogen decarboxylase  25.9 
 
 
354 aa  52.8  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0575835 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0836  uroporphyrinogen decarboxylase  26.45 
 
 
287 aa  52.8  0.00001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5118  uroporphyrinogen decarboxylase  26.35 
 
 
354 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1540  uroporphyrinogen decarboxylase  25.32 
 
 
354 aa  51.6  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0588582  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>