More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0016 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU3453  uroporphyrinogen decarboxylase  96.18 
 
 
340 aa  679    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0575742  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0015  uroporphyrinogen decarboxylase  89.12 
 
 
339 aa  639    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00367491  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0016  uroporphyrinogen decarboxylase  100 
 
 
340 aa  700    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.87416  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3245  uroporphyrinogen decarboxylase  90.29 
 
 
340 aa  644    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0016  uroporphyrinogen decarboxylase  83.53 
 
 
339 aa  598  1e-170  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.267289  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0015  uroporphyrinogen decarboxylase  83.24 
 
 
339 aa  598  1e-170  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0619  uroporphyrinogen decarboxylase  81.18 
 
 
340 aa  556  1e-157  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.624284  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0769  uroporphyrinogen decarboxylase  67.86 
 
 
343 aa  493  9.999999999999999e-139  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000649218  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5118  uroporphyrinogen decarboxylase  53.18 
 
 
354 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0414  uroporphyrinogen decarboxylase  52.6 
 
 
354 aa  360  1e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3008  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  53.2 
 
 
357 aa  361  1e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2734  uroporphyrinogen decarboxylase  52.89 
 
 
359 aa  360  2e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.961609  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1934  uroporphyrinogen decarboxylase  52.46 
 
 
365 aa  360  2e-98  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03874  uroporphyrinogen decarboxylase  53.18 
 
 
354 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3997  uroporphyrinogen decarboxylase  53.18 
 
 
354 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4445  uroporphyrinogen decarboxylase  53.18 
 
 
354 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000531857 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03827  hypothetical protein  53.18 
 
 
354 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4231  uroporphyrinogen decarboxylase  53.18 
 
 
354 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4488  uroporphyrinogen decarboxylase  53.18 
 
 
354 aa  358  9.999999999999999e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.830156  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5466  uroporphyrinogen decarboxylase  53.18 
 
 
354 aa  357  9.999999999999999e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.843277 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4028  uroporphyrinogen decarboxylase  53.18 
 
 
354 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00901601 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4540  uroporphyrinogen decarboxylase  53.18 
 
 
354 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5074  uroporphyrinogen decarboxylase  52.6 
 
 
354 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5124  uroporphyrinogen decarboxylase  52.89 
 
 
354 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0223  uroporphyrinogen decarboxylase  52.46 
 
 
354 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0392  uroporphyrinogen decarboxylase  52.6 
 
 
354 aa  355  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66550  uroporphyrinogen decarboxylase  52.45 
 
 
355 aa  356  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4947  uroporphyrinogen decarboxylase  52.6 
 
 
354 aa  355  5e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.136579  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0415  uroporphyrinogen decarboxylase  52.45 
 
 
355 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0123  uroporphyrinogen decarboxylase  50.87 
 
 
354 aa  355  6.999999999999999e-97  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180562  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00219  uroporphyrinogen decarboxylase  52.45 
 
 
355 aa  354  1e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4500  uroporphyrinogen decarboxylase  52.6 
 
 
354 aa  353  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00407137 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5771  uroporphyrinogen decarboxylase  51.87 
 
 
355 aa  353  2e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0219  uroporphyrinogen decarboxylase  52.46 
 
 
354 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4574  uroporphyrinogen decarboxylase  52.89 
 
 
354 aa  353  2.9999999999999997e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.300698 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4378  uroporphyrinogen decarboxylase  52.6 
 
 
354 aa  352  4e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.91714 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3867  uroporphyrinogen decarboxylase  53.78 
 
 
357 aa  352  4e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2681  uroporphyrinogen decarboxylase  51.73 
 
 
354 aa  352  4e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.418282 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0245  uroporphyrinogen decarboxylase  50.58 
 
 
355 aa  352  5e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2765  uroporphyrinogen decarboxylase  53.76 
 
 
365 aa  352  5e-96  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002177  uroporphyrinogen III decarboxylase  51.45 
 
 
355 aa  352  5e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0210  uroporphyrinogen decarboxylase  52.02 
 
 
354 aa  352  5.9999999999999994e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0124917 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4498  uroporphyrinogen decarboxylase  52.31 
 
 
354 aa  352  7e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0575835 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0448  uroporphyrinogen decarboxylase  50.58 
 
 
355 aa  351  8e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4411  uroporphyrinogen decarboxylase  52.31 
 
 
354 aa  351  8e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.356712  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0552  uroporphyrinogen decarboxylase  51.59 
 
 
355 aa  351  1e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00147846 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3713  uroporphyrinogen decarboxylase  52.46 
 
 
360 aa  351  1e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0272  uroporphyrinogen decarboxylase  50.59 
 
 
352 aa  350  2e-95  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.109144 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3849  uroporphyrinogen decarboxylase  51.88 
 
 
355 aa  350  2e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0351  uroporphyrinogen decarboxylase  51.88 
 
 
355 aa  349  4e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.777116  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0459  uroporphyrinogen decarboxylase  51.88 
 
 
355 aa  349  4e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000960348 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0876  uroporphyrinogen decarboxylase  51.32 
 
 
354 aa  348  6e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0728  uroporphyrinogen decarboxylase  51.32 
 
 
354 aa  348  6e-95  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2590  uroporphyrinogen decarboxylase  48.67 
 
 
360 aa  348  7e-95  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2851  uroporphyrinogen decarboxylase  51.59 
 
 
355 aa  348  9e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.180798  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1580  uroporphyrinogen decarboxylase  50.71 
 
 
364 aa  348  9e-95  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3349  uroporphyrinogen decarboxylase  50.71 
 
 
364 aa  348  9e-95  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3022  uroporphyrinogen decarboxylase  50.71 
 
 
364 aa  348  9e-95  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0836  uroporphyrinogen decarboxylase  52.03 
 
 
354 aa  347  1e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.41854  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3963  uroporphyrinogen decarboxylase  50.71 
 
 
364 aa  347  1e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4036  uroporphyrinogen decarboxylase  50.71 
 
 
364 aa  348  1e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.617261  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00641  uroporphyrinogen decarboxylase  50.29 
 
 
380 aa  347  1e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3304  uroporphyrinogen decarboxylase  50.71 
 
 
364 aa  347  2e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45190  uroporphyrinogen decarboxylase  51.59 
 
 
355 aa  347  2e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2962  uroporphyrinogen decarboxylase  50.71 
 
 
405 aa  346  3e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0170  uroporphyrinogen decarboxylase  50.71 
 
 
405 aa  345  4e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1058  uroporphyrinogen decarboxylase  51.16 
 
 
364 aa  345  6e-94  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0112  uroporphyrinogen decarboxylase  50.43 
 
 
392 aa  345  7e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.226113  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3890  uroporphyrinogen decarboxylase  50.71 
 
 
366 aa  345  8e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  51.16 
 
 
354 aa  343  2e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.844287  normal  0.0137069 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0044  uroporphyrinogen decarboxylase  50.14 
 
 
366 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.629756  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3023  uroporphyrinogen decarboxylase  50.14 
 
 
378 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3020  uroporphyrinogen decarboxylase  49.42 
 
 
351 aa  342  4e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.404032  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4080  uroporphyrinogen decarboxylase  48.7 
 
 
356 aa  342  5e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5896  uroporphyrinogen decarboxylase  52.31 
 
 
354 aa  342  7e-93  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3292  uroporphyrinogen decarboxylase  49.57 
 
 
392 aa  340  2e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.136246  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1748  uroporphyrinogen decarboxylase  48.84 
 
 
348 aa  340  2.9999999999999998e-92  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.489043  normal  0.975855 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2944  uroporphyrinogen decarboxylase  49.57 
 
 
392 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0032555  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0111  uroporphyrinogen decarboxylase  49.57 
 
 
392 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0979299  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3546  uroporphyrinogen decarboxylase  49.7 
 
 
340 aa  339  5e-92  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  48.84 
 
 
351 aa  338  9.999999999999999e-92  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.551213 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0110  uroporphyrinogen decarboxylase  49.15 
 
 
375 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.760433  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3342  uroporphyrinogen decarboxylase  50.99 
 
 
363 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  49.42 
 
 
354 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.104978 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0101  uroporphyrinogen decarboxylase  49.15 
 
 
392 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0440  uroporphyrinogen decarboxylase  49.13 
 
 
354 aa  335  3.9999999999999995e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00115919 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0251  uroporphyrinogen decarboxylase  48.55 
 
 
351 aa  336  3.9999999999999995e-91  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.821676  normal  0.456057 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2989  uroporphyrinogen decarboxylase  47.29 
 
 
356 aa  335  3.9999999999999995e-91  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1540  uroporphyrinogen decarboxylase  50 
 
 
354 aa  335  5e-91  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0588582  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0705  uroporphyrinogen decarboxylase  49.71 
 
 
365 aa  335  5.999999999999999e-91  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0126  uroporphyrinogen decarboxylase  49 
 
 
375 aa  335  9e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3422  uroporphyrinogen decarboxylase  48.84 
 
 
354 aa  333  2e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0116  uroporphyrinogen decarboxylase  48.84 
 
 
353 aa  333  2e-90  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.754255  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0439  uroporphyrinogen decarboxylase  49.42 
 
 
354 aa  333  2e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3590  uroporphyrinogen decarboxylase  49.42 
 
 
354 aa  333  2e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0435  uroporphyrinogen decarboxylase  49.42 
 
 
354 aa  333  2e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1292  uroporphyrinogen decarboxylase  48.68 
 
 
356 aa  333  3e-90  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3406  uroporphyrinogen decarboxylase  49.42 
 
 
354 aa  333  3e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0174  uroporphyrinogen decarboxylase  48.55 
 
 
351 aa  333  3e-90  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3222  uroporphyrinogen decarboxylase  48.55 
 
 
354 aa  333  3e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.234724 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>