More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1187 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_1187  uroporphyrinogen decarboxylase  100 
 
 
353 aa  706    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006684  CNB00030  uroporphyrinogen decarboxylase, putative  55.56 
 
 
380 aa  385  1e-106  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  decreased coverage  0.000569927  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02733  uroporphyrinogen decarboxylase (AFU_orthologue; AFUA_1G05060)  51.96 
 
 
363 aa  375  1e-103  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3425  uroporphyrinogen decarboxylase  53.8 
 
 
342 aa  374  1e-102  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.014949  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6506  uroporphyrinogen decarboxylase  54.84 
 
 
339 aa  371  1e-102  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0123  uroporphyrinogen decarboxylase  51.3 
 
 
354 aa  370  1e-101  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180562  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6502  uroporphyrinogen decarboxylase  50.73 
 
 
341 aa  365  1e-100  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.607973 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1992  uroporphyrinogen decarboxylase  50.29 
 
 
351 aa  365  1e-100  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1058  uroporphyrinogen decarboxylase  50.43 
 
 
364 aa  363  3e-99  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46716  uroporphyrinogen decarboxylase  49.58 
 
 
362 aa  362  6e-99  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00457298 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  49.71 
 
 
351 aa  359  5e-98  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.551213 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0130  uroporphyrinogen decarboxylase  49.42 
 
 
351 aa  358  7e-98  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0339923  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3039  uroporphyrinogen decarboxylase  53.28 
 
 
360 aa  355  7.999999999999999e-97  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0174  uroporphyrinogen decarboxylase  48.26 
 
 
351 aa  355  7.999999999999999e-97  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2714  uroporphyrinogen decarboxylase  48.26 
 
 
351 aa  354  1e-96  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3020  uroporphyrinogen decarboxylase  53.06 
 
 
351 aa  352  4e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.404032  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0774  uroporphyrinogen decarboxylase  50.73 
 
 
344 aa  352  7e-96  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.352991 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0251  uroporphyrinogen decarboxylase  47.26 
 
 
351 aa  351  1e-95  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.821676  normal  0.456057 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2341  uroporphyrinogen decarboxylase  47.67 
 
 
351 aa  350  3e-95  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1934  uroporphyrinogen decarboxylase  50.73 
 
 
365 aa  349  3e-95  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02179  uroporphyrinogen decarboxylase  52.3 
 
 
354 aa  349  4e-95  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3008  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  51.74 
 
 
357 aa  349  4e-95  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0609  uroporphyrinogen decarboxylase  51.72 
 
 
354 aa  347  1e-94  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.884937  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2765  uroporphyrinogen decarboxylase  53.03 
 
 
365 aa  347  1e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0377  uroporphyrinogen decarboxylase  52.17 
 
 
361 aa  346  3e-94  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00215009  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1818  uroporphyrinogen decarboxylase  52.17 
 
 
402 aa  346  4e-94  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.935684  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0689  uroporphyrinogen decarboxylase  51.44 
 
 
354 aa  345  5e-94  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5118  uroporphyrinogen decarboxylase  49.42 
 
 
354 aa  343  2e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0245  uroporphyrinogen decarboxylase  49.86 
 
 
355 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002177  uroporphyrinogen III decarboxylase  49.86 
 
 
355 aa  342  5e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2681  uroporphyrinogen decarboxylase  50 
 
 
354 aa  341  1e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.418282 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0025  uroporphyrinogen decarboxylase  50.59 
 
 
356 aa  341  1e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00219  uroporphyrinogen decarboxylase  49.86 
 
 
355 aa  340  2e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0946  uroporphyrinogen decarboxylase  46.33 
 
 
341 aa  340  2e-92  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03630  uroporphyrinogen decarboxylase  45.61 
 
 
343 aa  340  2e-92  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0101  uroporphyrinogen decarboxylase  48.97 
 
 
341 aa  339  4e-92  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00641  uroporphyrinogen decarboxylase  48.85 
 
 
380 aa  338  5.9999999999999996e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0272  uroporphyrinogen decarboxylase  51.01 
 
 
352 aa  338  7e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.109144 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0414  uroporphyrinogen decarboxylase  48.84 
 
 
354 aa  338  7e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0448  uroporphyrinogen decarboxylase  48.55 
 
 
355 aa  338  9.999999999999999e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2779  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  51.02 
 
 
356 aa  338  9.999999999999999e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.313146 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0134  uroporphyrinogen decarboxylase  51.12 
 
 
372 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.106114  normal  0.310056 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0836  uroporphyrinogen decarboxylase  50.58 
 
 
354 aa  337  9.999999999999999e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.41854  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2005  uroporphyrinogen decarboxylase  47.54 
 
 
353 aa  337  1.9999999999999998e-91  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0116  uroporphyrinogen decarboxylase  50.57 
 
 
353 aa  335  5.999999999999999e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.754255  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2010  uroporphyrinogen decarboxylase  46.96 
 
 
352 aa  334  1e-90  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3524  uroporphyrinogen decarboxylase  50 
 
 
356 aa  334  2e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00974086 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2851  uroporphyrinogen decarboxylase  48.7 
 
 
355 aa  334  2e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.180798  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0468  uroporphyrinogen decarboxylase  48.41 
 
 
354 aa  334  2e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.551624  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0332  uroporphyrinogen decarboxylase  50.15 
 
 
350 aa  333  3e-90  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0475139  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3498  uroporphyrinogen decarboxylase  49.01 
 
 
367 aa  333  3e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.362674 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  47.38 
 
 
354 aa  332  4e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.104978 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0440  uroporphyrinogen decarboxylase  47.38 
 
 
354 aa  332  7.000000000000001e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00115919 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5074  uroporphyrinogen decarboxylase  48.84 
 
 
354 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3174  uroporphyrinogen decarboxylase  48.73 
 
 
367 aa  331  1e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.336159  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3422  uroporphyrinogen decarboxylase  48.26 
 
 
354 aa  330  2e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0392  uroporphyrinogen decarboxylase  48.55 
 
 
354 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0415  uroporphyrinogen decarboxylase  48.99 
 
 
355 aa  330  3e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5124  uroporphyrinogen decarboxylase  48.84 
 
 
354 aa  330  3e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0044  uroporphyrinogen decarboxylase  48.56 
 
 
366 aa  330  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.629756  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3023  uroporphyrinogen decarboxylase  48.85 
 
 
378 aa  329  4e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3303  uroporphyrinogen decarboxylase  48.73 
 
 
364 aa  329  4e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0163615  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4947  uroporphyrinogen decarboxylase  48.26 
 
 
354 aa  328  9e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.136579  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1502  uroporphyrinogen decarboxylase  46.98 
 
 
378 aa  327  2.0000000000000001e-88  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3342  uroporphyrinogen decarboxylase  48.3 
 
 
363 aa  327  2.0000000000000001e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3861  uroporphyrinogen decarboxylase  48.62 
 
 
370 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2734  uroporphyrinogen decarboxylase  48.7 
 
 
359 aa  327  2.0000000000000001e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.961609  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  49.85 
 
 
354 aa  327  2.0000000000000001e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.844287  normal  0.0137069 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3222  uroporphyrinogen decarboxylase  47.67 
 
 
354 aa  327  2.0000000000000001e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.234724 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0552  uroporphyrinogen decarboxylase  48.41 
 
 
355 aa  326  3e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00147846 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0482  uroporphyrinogen decarboxylase  47.97 
 
 
354 aa  327  3e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66550  uroporphyrinogen decarboxylase  49.86 
 
 
355 aa  326  3e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3890  uroporphyrinogen decarboxylase  47.99 
 
 
366 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3292  uroporphyrinogen decarboxylase  47.71 
 
 
392 aa  325  6e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.136246  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2944  uroporphyrinogen decarboxylase  48 
 
 
392 aa  325  6e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0032555  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0111  uroporphyrinogen decarboxylase  48 
 
 
392 aa  325  6e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0979299  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1681  uroporphyrinogen decarboxylase  46.83 
 
 
378 aa  325  8.000000000000001e-88  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0219  uroporphyrinogen decarboxylase  49.28 
 
 
354 aa  325  1e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5771  uroporphyrinogen decarboxylase  49.86 
 
 
355 aa  324  1e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3849  uroporphyrinogen decarboxylase  48.69 
 
 
355 aa  324  1e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3491  uroporphyrinogen decarboxylase  47.44 
 
 
367 aa  324  1e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000153179  normal  0.770244 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1599  uroporphyrinogen decarboxylase  47.31 
 
 
368 aa  324  1e-87  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00586302  hitchhiker  0.0000224711 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0427  uroporphyrinogen decarboxylase  46.4 
 
 
354 aa  324  1e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0110  uroporphyrinogen decarboxylase  48.16 
 
 
375 aa  323  2e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.760433  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0459  uroporphyrinogen decarboxylase  48.69 
 
 
355 aa  323  2e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000960348 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0223  uroporphyrinogen decarboxylase  49.28 
 
 
354 aa  324  2e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4080  uroporphyrinogen decarboxylase  48.98 
 
 
356 aa  324  2e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0126  uroporphyrinogen decarboxylase  48 
 
 
375 aa  323  2e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0101  uroporphyrinogen decarboxylase  48.16 
 
 
392 aa  324  2e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0351  uroporphyrinogen decarboxylase  48.69 
 
 
355 aa  323  2e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.777116  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0435  uroporphyrinogen decarboxylase  47.81 
 
 
354 aa  323  3e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3406  uroporphyrinogen decarboxylase  47.81 
 
 
354 aa  323  3e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0210  uroporphyrinogen decarboxylase  49.27 
 
 
354 aa  323  3e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0124917 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0821  uroporphyrinogen decarboxylase  46.48 
 
 
369 aa  322  4e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00198157  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4036  uroporphyrinogen decarboxylase  48.56 
 
 
364 aa  322  5e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.617261  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3134  uroporphyrinogen decarboxylase  48.34 
 
 
370 aa  322  5e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3920  uroporphyrinogen decarboxylase  48.1 
 
 
354 aa  322  5e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03874  uroporphyrinogen decarboxylase  49.27 
 
 
354 aa  322  6e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5466  uroporphyrinogen decarboxylase  49.27 
 
 
354 aa  322  6e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.843277 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4488  uroporphyrinogen decarboxylase  49.27 
 
 
354 aa  322  6e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.830156  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>