More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E1707 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010658  SbBS512_E1707  putative ggdef domain  100 
 
 		 128 aa  261  3e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.154698  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2123  hypothetical protein  99.21 
 
 		 296 aa  259  6.999999999999999e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0850031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2151  hypothetical protein  98.43 
 
 		 296 aa  258  1e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0685659  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2110  diguanylate cyclase  98.43 
 
 		 296 aa  258  2e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000973231  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1744  hypothetical protein  98.43 
 
 		 296 aa  258  2e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00489018  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1629  hypothetical protein  98.43 
 
 		 296 aa  257  3e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00134354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1625  hypothetical protein  96.85 
 
 		 296 aa  254  3e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000118322  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01494  hypothetical protein  96.06 
 
 		 296 aa  249  6e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01505  hypothetical protein  96.06 
 
 		 296 aa  249  6e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00205706  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1669  hypothetical protein  52.8 
 
 		 298 aa  134  5e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0465  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 340 aa  85.5  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.254562  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2446  diguanylate cyclase  51.81 
 
 		 341 aa  84.3  4e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0209282  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  50.56 
 
 		 464 aa  84.7  4e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1845  diguanylate cyclase  51.81 
 
 		 341 aa  84.3  5e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.103325  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00649  Putative signal protein with GGDEF domain  41.67 
 
 		 324 aa  83.6  8e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0817646  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1879  diguanylate cyclase  50.6 
 
 		 341 aa  83.6  9e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1831  diguanylate cyclase  51.81 
 
 		 341 aa  83.6  9e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0533362  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0172  GGDEF domain-containing protein  46.15 
 
 		 328 aa  82  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  50 
 
 		 638 aa  82  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0247  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.84 
 
 		 890 aa  82  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  46.32 
 
 		 555 aa  81.6  0.000000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  48.24 
 
 		 273 aa  81.3  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0457  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 349 aa  81.3  0.000000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  44.21 
 
 		 360 aa  81.3  0.000000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2962  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.35 
 
 		 847 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0327422  normal  0.517627 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  47.37 
 
 		 372 aa  80.5  0.000000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.59 
 
 		 310 aa  79.7  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0699  diguanylate cyclase  37.39 
 
 		 226 aa  79.3  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.642785 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 615 aa  79.7  0.00000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2490  diguanylate cyclase  46.99 
 
 		 341 aa  79.3  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.316308  normal  0.521612 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  40.52 
 
 		 565 aa  80.1  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2538  GGDEF domain-containing protein  48.24 
 
 		 648 aa  79.7  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000110944  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3309  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 514 aa  78.6  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.430472  hitchhiker  0.00145526 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  46.74 
 
 		 172 aa  79  0.00000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 351 aa  79  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1305  diguanylate cyclase  51.14 
 
 		 256 aa  78.6  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1598  diguanylate cyclase  48.31 
 
 		 257 aa  78.6  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1277  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 241 aa  78.6  0.00000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2111  diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 290 aa  78.2  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.672445  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 322 aa  78.6  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 451 aa  78.2  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 485 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.98 
 
 		 322 aa  78.6  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2276  diguanylate cyclase  48.31 
 
 		 257 aa  78.6  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40422  normal  0.360858 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  47.25 
 
 		 251 aa  78.6  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.65 
 
 		 917 aa  77.8  0.00000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4678  GGDEF  42.72 
 
 		 432 aa  77.8  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.82 
 
 		 860 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.711633  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1617  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.82 
 
 		 860 aa  77.8  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2596  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 343 aa  78.2  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2312  GGDEF domain-containing protein  39.64 
 
 		 341 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3458  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 518 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000037754 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3566  diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 561 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665818  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2126  diguanylate cyclase  45.78 
 
 		 341 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.128443  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 513 aa  77.4  0.00000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.49 
 
 		 463 aa  77  0.00000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  46.07 
 
 		 339 aa  77  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1741  diguanylate cyclase  46.99 
 
 		 341 aa  77  0.00000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0313  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.46 
 
 		 576 aa  77  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.36 
 
 		 308 aa  76.6  0.00000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 485 aa  77  0.00000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.52 
 
 		 341 aa  77  0.00000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  37.7 
 
 		 1073 aa  77  0.00000000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  43.33 
 
 		 489 aa  76.6  0.00000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.2 
 
 		 1486 aa  77  0.00000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3688  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.56 
 
 		 543 aa  76.6  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  43.16 
 
 		 708 aa  76.3  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2333  diguanylate cyclase  48.78 
 
 		 339 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.409469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 422 aa  76.6  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1587  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.39 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.275085  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.73 
 
 		 315 aa  76.3  0.0000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 480 aa  76.6  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  47.06 
 
 		 608 aa  76.6  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1169  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.11 
 
 		 596 aa  76.3  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0126253 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  36.15 
 
 		 355 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 485 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 517 aa  75.5  0.0000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0142  sensory box protein  40.45 
 
 		 1069 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  45.37 
 
 		 477 aa  75.5  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1551  GGDEF domain-containing protein  43.02 
 
 		 518 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.24 
 
 		 557 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1311  hypothetical protein  41.3 
 
 		 792 aa  75.5  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.32 
 
 		 558 aa  75.5  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1308  hypothetical protein  41.3 
 
 		 792 aa  75.9  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 498 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0224  diguanylate cyclase  45.36 
 
 		 332 aa  75.9  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0817  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 560 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  38.26 
 
 		 352 aa  75.9  0.0000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3024  diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 260 aa  76.3  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.104216  normal  0.207783 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.32 
 
 		 730 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.02 
 
 		 898 aa  75.5  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  40.4 
 
 		 234 aa  75.9  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  38.78 
 
 		 325 aa  75.5  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1479  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 341 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 485 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.78 
 
 		 306 aa  75.5  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1759  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 266 aa  75.5  0.0000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0198551  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1270  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 318 aa  75.1  0.0000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  43.62 
 
 		 628 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  43.62 
 
 		 628 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>